[SCore-users-jp] about MD simulation

[Shimono Fumihiro]

はじめまして，京都工芸繊維大学の下野と申します．

この度，PCクラスタにおける並列処理に関する質問をさせていただ
きたく，メールを送らせていただきます．何卒よろしくお願い申し
上げます．
 
現在，分子動力学シミュレーションをPCクラスタで並列処理させる
場合の，PCの台数効果を妨げる要因について調べています．
マシン環境が整っていない状態でありますので，インターネットに
て調査を行っています．

PCの台数効果を妨げる最大の要因は，PC間の通信処理ということで，
調査をPC間の通信処理に絞って行っているところです．

インターネットでの調査によりますと，分子動力学シミュレーショ
ンを並列処理せずに，単体のPCで実行させる場合，解析処理により生
成した出力ファイルを次回の解析処理の入力ファイルにするとのこ
とでした．

そこで質問なのですが，分子動力学シミュレーションをPCクラスタで
並列実行させる場合，PC間の通信処理はどのように行われているのでし
ょうか？

＃ 単体のPCでの処理模様を参考にすると，各PCは解析結果をファイル
＃ に出力するようにして，その出力ファイルを他のPCに送信する，と
＃ 考えたりもしているのですが．

また，分子動力学シミュレーションの並列化についてですが，解析空
間を分割して各PCに割り当てて並列実行するという，空間分割法が最も
効率がよいという情報を見つけました．
世界的に有名な分子動力学シミュレーションである AMBER では，どの
ような方法がなされているのでしょうか？

何卒よろしくお願い申し上げます．

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京都工芸繊維大学大学院 下野文宏
E-mail: shimon6f ＠ ark.dj.kit.ac.jp
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