Re: [SCore-users-jp] MPIについて

[Yukio Yamaishi]

亀山様

ご返信、ありがとうございます。

ためしにopenmpi-default-hostfileに対して、1ノード１CPUと定義してみました。

#cat openmpi-default-hostfile
server cpu=1
host-0-0 cpu=1
host-0-1 cpu=1
     ;;
     ;;
host-0-6 cpu=1

mpirun -n N wrf.exeについて、

N=1 は成功、N=2-5,7は失敗、N=6, 8は成功


この問題サイズなら、そもそも6以上でないと解けないと言う意味でしょうか？
そうであれば、なぜN=1は成功するか？

なぜ7は失敗するのでしょうか？そもそも、奇数はだめ？

よろしくお願い致します。

山石


よろしくお願い致します。

2009/6/17 Kameyama Toyohisa <kameyama ＠ pccluster.org>

> 亀山です.
>
> WRF は見ていませんが...
>
> Yukio Yamaishi Wrote:
> > 1. 例えばある領域に対して、予報計算を行うと、
> > "mpi -np N a.out"
> >        N : 5-16の場合はちゃんと計算が終了する。
> >        N: 1-2の場合も問題ない（core 2なので、実際この場合は１ノードのみ）
> >   N:   3-4の場合は問題あり。
> >
> > mpirun noticed that job rank 2 with PID 3879 on node host-0-1 exited on
> > signal 11 (Segmentation fault).
> > 1 additional process aborted (not shown)
> >
> >    .bashrcに対して、ulimit -s unlimited や ulimit -s 819200000と設定してあります。
> >
> > 質問1: N: 3-4の設定に対して、問題サイズが大きすぎて解けないから、上記エラーになったのでしょうか？
> >     質問2：N:1-2では（実際1ノード）解けて、N:3-4なら解けない。5-16ならまた解けるという現象について、
> > どう解釈すれば宜しいのでしょうか？
>
> host をまたがると, ホスト間通信のためのリソースが必要になりますが,
> 1 process 2 GB で動いているのですから, 3 process でだけ動かない
> のでしたらともかく, 4 process で動かないのはおかしいような...
>
> 3 host で 3 プロセス動かすとか, 4 host で 4 process 動かす
> とかすれば問題サイズの問題かどうか切り分けられると思います.
>
> その前に debugger を起動するようにしてどこで segmentation fault
> を起こしているか確認するのが先でしょうけど...
>
> > 2. MPIに関するチューニングはどうすればいいのでしょう？
> >
> > WRF本体にソースコードに手を入れることはできません。例えば mpirun などのコマンドを実行する際に、
> > 送受信サイズを変更してみたりすることはできないのでしょうか？
> >
> > ほかに何か触れるところはあるのでしょうか？
>
> これは, 使用する mpi の種類と configuration に依存します.
> openmpi でしたら, run-time tuning FAQ というのがあります.
>    http://www.open-mpi.org/faq/?category=tuning
>
> Kameyama Toyohisa
>
>

-------------- next part --------------
HTMLの添付ファイルを保管しました...
URL: <http://new1.pccluster.org/pipermail/score-users-jp/attachments/20090617/9a4fcfb1/attachment.html>