[SCore-users-jp] MPIについて

[Yukio Yamaishi]

皆様

はじめまして、山石と申します。

並列処理のド素人なので、初歩的な質問が多く、大変恐縮でございます。
現在WRFと呼ばれる気象モデルを動かしているが、MPIを使った並列について、
ご教授をいただければと思います。

各ノード2 CPU（実際はintel core 2）、4GBメモリー、合計8ノード、intel compiler 10、
OpenMPIおよびMPICHの環境です。


1. 例えばある領域に対して、予報計算を行うと、
"mpi -np N a.out"
       N : 5-16の場合はちゃんと計算が終了する。
       N: 1-2の場合も問題ない（core 2なので、実際この場合は１ノードのみ）
  N:   3-4の場合は問題あり。

mpirun noticed that job rank 2 with PID 3879 on node host-0-1 exited on
signal 11 (Segmentation fault).
1 additional process aborted (not shown)

   .bashrcに対して、ulimit -s unlimited や ulimit -s 819200000と設定してあります。

質問1: N: 3-4の設定に対して、問題サイズが大きすぎて解けないから、上記エラーになったのでしょうか？
    質問2：N:1-2では（実際1ノード）解けて、N:3-4なら解けない。5-16ならまた解けるという現象について、
どう解釈すれば宜しいのでしょうか？

関係あるかどうかは分かりませんが、例えば予報計算の領域を大きくすると、
N:1-2, N:16なら解けるが、それ以外は上記エラーが出力されます。


2. MPIに関するチューニングはどうすればいいのでしょう？

WRF本体にソースコードに手を入れることはできません。例えば mpirun などのコマンドを実行する際に、
送受信サイズを変更してみたりすることはできないのでしょうか？

ほかに何か触れるところはあるのでしょうか？


以上です。よろしくお願い致します。

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