From kameyama @ pccluster.org Wed Nov 7 13:31:41 2007 From: kameyama @ pccluster.org (Kameyama Toyohisa) Date: Wed, 07 Nov 2007 13:31:41 +0900 Subject: [SCore-users-jp] Re: SCore6.0 =?iso-2022-jp?b?GyRCJU0lQyVIJW8hPCUvJSshPCVJGyhC?= In-Reply-To: <20071107034338.74492.qmail@web10005.mail.tnz.yahoo.co.jp> References: <20071107034338.74492.qmail@web10005.mail.tnz.yahoo.co.jp> Message-ID: <47313FAD.7000006@pccluster.org> 亀山です. 日本語の mail は score-users-jp を使用してください. kimura toshinori さんは書きました: > ソースからコンパイルしているのですが、計算ホストのコンパ > イル、インストールが終わって、再起動したところ、PM_Ethernet > のエラーがでて、立ち上がりません。 > > pm_ethernet_loader:no version for "struct_module" found: > kernel tainted. pm_ethernet_loader は pm_memory を使用しているのですが, pm_memory のコンパイルに失敗しているような気がします. score6-src/out.*/score.build に compile log があるのですが, そこで何かエラーが出ていないでしょうか? ちなみに, SCore の version は最新の 6.0.0.2 でしょうか? > ・ネットワークカードは、Intel Pro/1000かBroadcom Tigon3 > でないとだめですか?(今はMSIのオンボードのものです。) 残念ながら, SCore6 にはそれしか用意していません. > ・Intel Pro/1000は、GTとMTと2種類ありますが、どちらが確 > 実に動きますか? 6.0.0.2 でしたら, 多分どちらでも問題ないと思います. > ・ネットワークカードのドライバの修正は難しいのでしょうね > ?(漠然とした質問ですみません。Linuxの経験は8年位です > が・・・。どこかに修正の記事がありますか?) ソースの修正は, 基本的には, #include "pm_ethernet_client.h" をいれるだけです. このファイル (score6-src/SCore/pm-v2/arch/include にあります.) で PM/Ethernet で横取りする関数を置き換えます. 問題は, 動かなかったり, 性能がでなかったりしたときの対応で... > ・PM/Ethernetの機能を無効にするか何かで対策は出来ないの > でしょうか? Myrinet があるのでしたら, PM/Ethernet は使用しなくても 構わないのですが... Kameyama Toyohisa From kameyama @ pccluster.org Mon Nov 19 10:58:05 2007 From: kameyama @ pccluster.org (Kameyama Toyohisa) Date: Mon, 19 Nov 2007 10:58:05 +0900 Subject: [SCore-users-jp] Re: [score-info] SCore =?iso-2022-jp?b?GyRCJEskRCQkJEYkTjxBGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCTGQbKEI=?= In-Reply-To: <20071116093631.16908.qmail@web3907.mail.bbt.yahoo.co.jp> References: <20071116093631.16908.qmail@web3907.mail.bbt.yahoo.co.jp> Message-ID: <4740EDAD.4010805@pccluster.org> 亀山です. score-users @ pccluster.org は英語専用の mailling list です. 日本語での質問は score-users-jp @ pccluster.org に登録して行ってください. s043514 @ yahoo.co.jp さんは書きました: > 研究の参考資料として「Linuxで並列処理をしよう-SCore Version 6 で作るスー > パーコンピュータ-」の第2版を使用して実験を進めています。 > インストールを行う経過にあたり、所々疑問点や不明な点が出てきたので、ご質 > 問させていただきたくメールを出させていただきました。 > > まず、資料にEIT、RPM、ソース、この3つのインストール方法が書いてあったの > で、私たちはEITでのインストールの仕方でインストールを進めていったのです > が、PMネットワークの設定の所で、PM/Ethernetは各ホストのMACアドレスをネッ > トワーク情報ファイルに書く必要がありますが、このファイルを作成するために > 以下のコマンドを実行しました。 > ・・・実行したコマンド・・・ >       ↓ > # cd /opt/score/etc > # mkpmethernetconf -group pcc -speed 1000 > pm-ethernet.conf > > ・・・実行結果・・・ > ↓ > SCBD:Retrying to connect scoreboard server (server.pccluster.org :9950) > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Unable to connect server (server.pccluster.org:9950.errno=111) > > となってしまい、この原因がなんなのか分かりません。 mkpmethernetconf は pcc group に属する host を知るために, scoreboard に問い合わせに行きます. このメッセージは scoreboard に問い合わせに行ったけれど, scoreboard が 応答しなかったことを示しています. scoreboard の設定に関しましては, 7.5 PM ネットワークの設定 の一つ前の節に 7.6 SCore データベースの設定 で説明しているのですが, ここは実行しましたでしょうか? Kameyama Toyohisa From s043514 @ yahoo.co.jp Mon Nov 19 18:14:23 2007 From: s043514 @ yahoo.co.jp (=?iso-2022-jp?b?czA0MzUxNCAbJEIhdxsoQiB5YWhvby5jby5qcA==?=) Date: Mon, 19 Nov 2007 18:14:23 +0900 (JST) Subject: [SCore-users-jp] =?iso-2022-jp?b?GyRCJDRKVkV6JCIkaiQsJEgbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJCYkNCQ2JCQkXiQ5ISMkXiQ/JF4kPzxBTGQkLCQiJGokXiQ5GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCISMbKEI=?= Message-ID: <20071119091423.57372.qmail@web3904.mail.bbt.yahoo.co.jp> > 研究の参考資料として「Linuxで並列処理をしよう-SCore Version 6 で作るス ー > パーコンピュータ-」の第2版を使用して実験を進めています。 > インストールを行う経過にあたり、所々疑問点や不明な点が出てきたので、ご 質 > 問させていただきたくメールを出させていただきました。 > > まず、資料にEIT、RPM、ソース、この3つのインストール方法が書いてあった の > で、私たちはEITでのインストールの仕方でインストールを進めていったのです > が、PMネットワークの設定の所で、PM/Ethernetは各ホストのMACアドレスをネ ッ > トワーク情報ファイルに書く必要がありますが、このファイルを作成するため に > 以下のコマンドを実行しました。 > ・・・実行したコマンド・・・ >       ↓ > # cd /opt/score/etc > # mkpmethernetconf -group pcc -speed 1000 > pm-ethernet.conf > > ・・・実行結果・・・ > ↓ > SCBD:Retrying to connect scoreboard server (server.pccluster.org :9950) > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Still retrying・・・ > SCBD:Unable to connect server (server.pccluster.org:9950.errno=111) > > となってしまい、この原因がなんなのか分かりません。 >mkpmethernetconf は pcc group に属する host を知るために, >scoreboard に問い合わせに行きます. >このメッセージは scoreboard に問い合わせに行ったけれど, scoreboard が >応答しなかったことを示しています. >scoreboard の設定に関しましては, > 7.6 PM ネットワークの設定 >の一つ前の節に > 7.5 SCore データベースの設定 >で説明しているのですが, ここは実行しましたでしょうか? おっしゃられたように7.5SCoreデータベースの設定を確認し、少し変更しました。 7.5 SCoreデータベースの設定は以下のようにしました。                 scorehosts.dbファイルの中身         ↓      /* * SCore 5.0 socrehosts.db * generated by PCCC EIT 6.0 */ /*PM/myrinet*/ myrinet type=myrinet \ -firmware:file=/opt/score/share/lanai/lanaixp.mcp \ -config:file=/opt/score/etc/pm-myrinet.conf /*/ ethernet type=ethernet \ -config:file=/opt/score/etc/pm-ehternet.conf \ shmem0 type=shmem -node=0 shmem1 type=shmem -node=1 shmem2 type=shmem -node=2 shmem3 type=shmem -node=3 #define MSGB msgbserv=server.pccluster.org #define HOST spugen=Xeon speed=2800 smp=4 nickname=i386-centos4-linux2_6 #define NETWORK network=myrinet,ethernet,shmem0,shmem1,shmem2,shmem3 comp0.pccluster.org HOST NETWORK MSGB group=pcc このように設定し、下記のコマンドを実行しました。実行結果は以下のようになりました。 #chkconfig msgbserv on #service scoreboard restart Shutting down scoreboard services : [OK] Starting scoreboard services : [OK] #service msgbserv restart Host Lock services : ces : [OK] #cd /opt/score/etc #mkpmethernetconf -group pcc speed 1000 > pm-ethernet.conf connect to address 192.168.0.12 port 544: Connection refused Trying krb4 rsh..... connect to address 192.168.0.12 port 544: Connection refused trying normal rsh (/usr/bin/rsh) (192.168.0.12は計算ホストcomp0.pccluster.orgのIPアドレスです) 上記のようにコマンドmkpmethernetconf -group pcc speed 1000 > pm-ethernet.confを実行した時、今度はこのように結果が出てしまいうまく実行されません。rshが原因なのか、他にも問題があるのか、分かりません。 --------------------------------- New Design Yahoo! JAPAN 2008/01/01 -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... URL: From kameyama @ pccluster.org Tue Nov 20 10:42:48 2007 From: kameyama @ pccluster.org (Kameyama Toyohisa) Date: Tue, 20 Nov 2007 10:42:48 +0900 Subject: [SCore-users-jp] =?ISO-2022-JP?B?GyRCJDRKVkV6JCIkaiQsJEgkJhsoQg==?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJDQkNiQkJF4kOSEjJF4kPyReJD88QUxkJCwkIiRqJF4kOSEjGyhC?= In-Reply-To: <20071119091423.57372.qmail@web3904.mail.bbt.yahoo.co.jp> References: <20071119091423.57372.qmail@web3904.mail.bbt.yahoo.co.jp> Message-ID: <47423B98.5050008@pccluster.org> 亀山です. s043514 @ yahoo.co.jp さんは書きました: > >scoreboard の設定に関しましては, > > 7.6 PM ネットワークの設定 > >の一つ前の節に > > 7.5 SCore データベースの設定 > >で説明しているのですが, ここは実行しましたでしょうか? > > おっしゃられたように7.5SCoreデータベースの設定を確認し、少し変更しました。 > 7.5 SCoreデータベースの設定は以下のようにしました。 >                 > scorehosts.dbファイルの中身 >         ↓      > /* > * SCore 5.0 socrehosts.db > * generated by PCCC EIT 6.0 > */ > /*PM/myrinet*/ > myrinet type=myrinet \ > -firmware:file=/opt/score/share/lanai/lanaixp.mcp \ > -config:file=/opt/score/etc/pm-myrinet.conf > /*/ > ethernet type=ethernet \ > -config:file=/opt/score/etc/pm-ehternet.conf \ > shmem0 type=shmem -node=0 > shmem1 type=shmem -node=1 > shmem2 type=shmem -node=2 > shmem3 type=shmem -node=3 > #define MSGB msgbserv=server.pccluster.org > #define HOST spugen=Xeon speed=2800 smp=4 nickname=i386-centos4-linux2_6 spugen ではなく cpugen ですが... > #cd /opt/score/etc > #mkpmethernetconf -group pcc speed 1000 > pm-ethernet.conf > connect to address 192.168.0.12 port 544: Connection refused > Trying krb4 rsh..... > connect to address 192.168.0.12 port 544: Connection refused > trying normal rsh (/usr/bin/rsh) > (192.168.0.12は計算ホストcomp0.pccluster.orgのIPアドレスです) > > > 上記のようにコマンドmkpmethernetconf -group pcc speed 1000 > > pm-ethernet.confを実行した時、今度はこのように結果が出てしまいうまく実行 > されません。rshが原因なのか、他にも問題があるのか、分かりません。 多分, pm-ethernet.conf 自体はできているはずですけど... この message は /usr/kerberos/bin/rsh が出しています. Centos の default では kerberos を使用することを前提としているらしく, rsh/rlogin 関連は, まず kerberos のコマンドを試みて, 失敗したら 通常の rsh/rlogin を使用するようになっています. 上記の message はそのことを表示しています. これ以外に message がでなかった場合は, /usr/bin/rsh は正しく実行され, pm-ethernet.conf の中身も正しいものが入っていると思います. このメッセージが気になるのであれば, PATH から /usr/kerberos/bin を削除するか, 環境変数 SCORE_RSH に /usr/bin/rsh を設定してください. Kameyama Toyohisa From s043514 @ yahoo.co.jp Thu Nov 22 16:43:15 2007 From: s043514 @ yahoo.co.jp (=?iso-2022-jp?b?czA0MzUxNCAbJEIhdxsoQiB5YWhvby5jby5qcA==?=) Date: Thu, 22 Nov 2007 16:43:15 +0900 (JST) Subject: [SCore-users-jp] =?iso-2022-jp?b?GyRCO3ckPyRoJCYkSkZiTUYbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJE4lYSE8JWskciMzRnxEeEEwJEtBdyRDJEYkJCRrJCskYiQ3GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJGwkXiQ7JHMkLEZiTUYkcjJDJCgkRiRiJCYwbEVZQXckaSQ7GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEYkJCQ/JEAkLSReJDkhIxsoQg==?= Message-ID: <20071122074315.62949.qmail@web3902.mail.bbt.yahoo.co.jp> >多分, pm-ethernet.conf 自体はできているはずですけど... >この message は >/usr/kerberos/bin/rsh >が出しています. >Centos の default では kerberos を使用することを前提としているらしく, >rsh/rlogin 関連は, まず kerberos のコマンドを試みて, 失敗したら >通常の rsh/rlogin を使用するようになっています. >上記の message はそのことを表示しています. >これ以外に message がでなかった場合は, /usr/bin/rsh は正しく実行され, >pm-ethernet.conf の中身も正しいものが入っていると思います. >このメッセージが気になるのであれば, PATH から >/usr/kerberos/bin を削除するか, 環境変数 SCORE_RSH に >/usr/bin/rsh を設定してください. 返答ありがとうございます。 先日、仰られたとおり/usr/kerberos/binを削除したところ、正常に実行できました。ここまではすべてサーバホスト上で実行してきましたが、次にユーザホスト上で実行しようとしました。サーバーホストで「4.2 scoutコマンドを使ってみよう」の内容まではできました。しかし、ユーザホストでは「4.1準備」の「scoregroup -a」というコマンドを使うと、下記のようなエラーメッセージがでてしまいます。 ・・・エラーメッセージ・・・ SCBD: Unable to get scoreboard host info (server.pccluster.org) このような場合どうすればよいのでしょうか? また、私たちはユーザホストの設定についてはどうすれば良いのかわかりません。どのように設定すればよいのか教えていただけませんでしょうか。 ユーザホストで何かインストールするものはあるのでしょうか? また、デモプログラム実行を試みました。下記のように進めていきました。 ファイルの内容は、資料に記載されているデモプログラミングのmpi-hello.cです。 これを実行すべく、以下のようにやっていきました。 実行内容 コンパイル $cp /opt/score/example/scorebook/mpi/mpi-hallo.c . $mpicc -o mpi-hello mpi-hello.c 実行コマンド⇒結果 $scrun -nodes=1x4 ./mpi-hello SCore-D 6.0.0 connected <0:0> SCORE: Proglam signaled (Floating point exception) ここで上記のように<0:0> SCORE: Proglam signaled (Floating point exception)と表示されてしまい、正しい実行がされません。原因がなんなのか分からず困っています。 教えていただけませんでしょうか。よろしくお願いします。 --------------------------------- New Design Yahoo! JAPAN 2008/01/01 -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... URL: From kameyama @ pccluster.org Thu Nov 22 17:51:02 2007 From: kameyama @ pccluster.org (Kameyama Toyohisa) Date: Thu, 22 Nov 2007 17:51:02 +0900 Subject: [SCore-users-jp] =?ISO-2022-JP?B?GyRCO3ckPyRoJCYkSkZiTUYkThsoQg==?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJWEhPCVrJHIjM0Z8RHhBMCRLQXckQyRGJCQkayQrJGIkNyRsGyhC?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJF4kOyRzJCxGYk1GJHIyQyQoJEYkYiQmMGxFWUF3JGkkOyRGGyhC?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJCQkPyRAJC0kXiQ5ISMbKEI=?= In-Reply-To: <20071122074315.62949.qmail@web3902.mail.bbt.yahoo.co.jp> References: <20071122074315.62949.qmail@web3902.mail.bbt.yahoo.co.jp> Message-ID: <474542F6.8020509@pccluster.org> 亀山です. すみません, 前の mail は score-users-jp に投稿できなくて エラーになっていました... (この mail もそうですが, なんとか気がつきました.) s043514 @ yahoo.co.jp さんは書きました: > 返答ありがとうございます。 > 先日、仰られたとおり/usr/kerberos/binを削除したところ、正常に実行できま > した。ここまではすべてサーバホスト上で実行してきましたが、次にユーザホス > ト上で実行しようとしました。サーバーホストで「4.2 scoutコマンドを使って > みよう」の内容まではできました。しかし、ユーザホストでは「4.1準備」の > 「scoregroup -a」というコマンドを使うと、下記のようなエラーメッセージが > でてしまいます。 > ・・・エラーメッセージ・・・ > SCBD: Unable to get scoreboard host info (server.pccluster.org) > > このような場合どうすればよいのでしょうか? userhost で server.pccluster.org というホストが探せません. /etc/hosts, NIS, DNS あたりの問題だと思います. server host が cluster の外側と内側で host 名が異なり, user host が cluster の外側にある場合, 環境変数 SCBDSERV を外側の ホスト名にすれば, scoregroup は動くと思います. > また、私たちはユーザホストの設定についてはどうすれば良いのかわかりませ > ん。どのように設定すればよいのか教えていただけませんでしょうか。 > ユーザホストで何かインストールするものはあるのでしょうか? /opt/score/ の下の以下の directory (symbolic link だったら symbolic link 先も を install するか NFS mount してください. bin, demo, deploy, doc, example, install, lib, libexec, sbin, test, mpi そして, /opt/score/install の下で # ./setup -score_user を実行してください. Omni を使用したい場合は # ./setup -omni も実行してください. それから, server にある /etc/score.conf をコピーしてくだだい. (ここに SCBDSERV の設定があります. もしかしたら直す必要があるかも知れません.) あと, user host から compute host に直接 rsh などをするので, compute host の /etc/hosts.equiv などを直す必要があるかもしれません. > また、デモプログラム実行を試みました。下記のように進めていきました。 > ファイルの内容は、資料に記載されているデモプログラミングのmpi-hello.cです。 > これを実行すべく、以下のようにやっていきました。 > 実行内容 > コンパイル > $cp /opt/score/example/scorebook/mpi/mpi-hallo.c . > $mpicc -o mpi-hello mpi-hello.c > 実行コマンド⇒結果 > $scrun -nodes=1x4 ./mpi-hello > SCore-D 6.0.0 connected > <0:0> SCORE: Proglam signaled (Floating point exception) > > ここで上記のように<0:0> SCORE: Proglam signaled (Floating point > exception)と表示されてしまい、正しい実行がされません。原因がなんなのか分 > からず困っています。 mpi-hello を -g オプションでコンパイルし, $ mpicc -g -o mpi-hello mpi-hello.c debug オプションつきで実行すると, $scrun -nodes=1x4,debug ./mpi-hello gdb が立ち上がってくれると思います. (が, このエラーは mpi-hello 自体ではなくて, MPI かその下のような感じですが..) Kameyama Toyohisa From s043514 @ yahoo.co.jp Mon Nov 26 17:56:36 2007 From: s043514 @ yahoo.co.jp (=?iso-2022-jp?b?czA0MzUxNCAbJEIhdxsoQiB5YWhvby5jby5qcA==?=) Date: Mon, 26 Nov 2007 17:56:36 +0900 (JST) Subject: [SCore-users-jp] =?iso-2022-jp?b?GyRCJDkkJCReJDskcyEiJF4bKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJD88QUxkJCwkIiRqJF4kOSEjGyhC?= Message-ID: <20071126085636.72401.qmail@web3904.mail.bbt.yahoo.co.jp> >mpi-hello を -g オプションでコンパイルし, > $ mpicc -g -o mpi-hello mpi-hello.c >debug オプションつきで実行すると, > $scrun -nodes=1x4,debug ./mpi-hello >gdb が立ち上がってくれると思います. >(が, このエラーは mpi-hello 自体ではなくて, MPI かその下のような感じです >が..) 上記の通りに実行しましたがgdbが立ち上がることもなく下記のエラーメッセージが出できてしまいます。また、資料に書いてあるその他の実行方法を試してみましたが、 すべて前と同じように下記のエラーメッセージが出てきてしまいます。 ・・・エラーメッセージ・・・    ↓  SCore-D 6.0.0 connected <0:0> SCORE: Proglam signaled (Floating point exception) やはり、エラーはmpi-hello自体ではなく、上記で述べられたとおりMPIかその下が問題なのでしょうか、そうだとしたらどの部分を変えればよいのでしょうか。 よろしくお願いします。 --------------------------------- New Design Yahoo! JAPAN 2008/01/01 -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... URL: From s043514 @ yahoo.co.jp Mon Nov 26 18:27:06 2007 From: s043514 @ yahoo.co.jp (=?iso-2022-jp?b?czA0MzUxNCAbJEIhdxsoQiB5YWhvby5jby5qcA==?=) Date: Mon, 26 Nov 2007 18:27:06 +0900 (JST) Subject: [SCore-users-jp] SCore Message-ID: <20071126092706.78990.qmail@web3909.mail.bbt.yahoo.co.jp> >mpi-hello を -g オプションでコンパイルし, > $ mpicc -g -o mpi-hello mpi-hello.c >debug オプションつきで実行すると, > $scrun -nodes=1x4,debug ./mpi-hello >gdb が立ち上がってくれると思います. >(が, このエラーは mpi-hello 自体ではなくて, MPI かその下のような感じです >が..) 上記の通りに実行しましたがgdbが立ち上がることもなく下記のエラーメッセージが出できてしまいます。また、資料に書いてあるその他の実行方法を試してみましたが、 すべて前と同じように下記のエラーメッセージが出てきてしまいます。 ・・・エラーメッセージ・・・    ↓  SCore-D 6.0.0 connected <0:0> SCORE: Proglam signaled (Floating point exception) やはり、エラーはmpi-hello自体ではなく、上記で述べられたとおりMPIかその下が問題なのでしょうか、そうだとしたらどの部分を変えればよいのでしょうか。 よろしくお願いします。 --------------------------------- New Design Yahoo! JAPAN 2008/01/01 -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... URL: From kameyama @ pccluster.org Tue Nov 27 11:35:59 2007 From: kameyama @ pccluster.org (Kameyama Toyohisa) Date: Tue, 27 Nov 2007 11:35:59 +0900 Subject: [SCore-users-jp] SCore In-Reply-To: <20071126092706.78990.qmail@web3909.mail.bbt.yahoo.co.jp> References: <20071126092706.78990.qmail@web3909.mail.bbt.yahoo.co.jp> Message-ID: <474B828F.3050604@pccluster.org> 亀山です. s043514 @ yahoo.co.jp さんは書きました: > >mpi-hello を -g オプションでコンパイルし, > > $ mpicc -g -o mpi-hello mpi-hello.c > >debug オプションつきで実行すると, > > $scrun -nodes=1x4,debug ./mpi-hello > >gdb が立ち上がってくれると思います. > >(が, このエラーは mpi-hello 自体ではなくて, MPI かその下のような感じです > >が..) > > 上記の通りに実行しましたがgdbが立ち上がることもなく下記のエラーメッ > セージが出できてしまいます。また、資料に書いてあるその他の実行方法を試し > てみましたが、 > すべて前と同じように下記のエラーメッセージが出てきてしまいます。 すみません. 以下をチェックしてください. 1. scrun ではなく, 普通のコマンドとして実行した場合, 実行できますでしょうか? 2. scrun に scoretrace=0 もしくは scoredtrace=0 をつけると debug message が 出て何かわかるかも知れません. Kameyama Toyohisa