From nakazono ＠ src.riken.jp Mon May 21 17:17:24 2007 From: nakazono ＠ src.riken.jp (Kazuyuki Nakazono) Date: Mon, 21 May 2007 17:17:24 +0900 Subject: [SCore-users-jp] =?iso-2022-jp?b?GyRCJE8kOCRhJF4kNyRGGyhC?= Message-ID: <20070521170245.C3AB.NAKAZONO@src.riken.jp> 初めてメールをさせていただきます。理研　中園と申します。以下の件について、ご存知の方がいらっしゃいましたら、ご助言をいただけると幸いでございます。現在、SCore(SCore-D 5.6.1) 上で pythonMPI をインストールして使用しようと考えております。 python2.2.3 と pythonMPI(pyMPI v1.0) を組み合わせてインストールを行い、動作確認を行いましたが、SCore が abort してしまいます。 SCore 上で、pythonMPI を使用することはできないのでしょうか？大変申し訳ありませんが、よろしくお願い申し上げます。 From kameyama ＠ pccluster.org Mon May 21 18:29:19 2007 From: kameyama ＠ pccluster.org (Kameyama Toyohisa) Date: Mon, 21 May 2007 18:29:19 +0900 Subject: pythonMPI (Re: [SCore-users-jp] =?ISO-2022-JP?B?GyRCJE8kOCRhGyhC?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJF4kNyRGGyhCKQ==?= In-Reply-To: <20070521170245.C3AB.NAKAZONO@src.riken.jp> References: <20070521170245.C3AB.NAKAZONO@src.riken.jp> Message-ID: <4651666F.7060504@pccluster.org> 亀山です. Kazuyuki Nakazono さんは書きました: > 以下の件について、ご存知の方がいらっしゃいましたら、 > ご助言をいただけると幸いでございます。 > > 現在、SCore(SCore-D 5.6.1) 上で pythonMPI をインストールして > 使用しようと考えております。 > > python2.2.3 と pythonMPI(pyMPI v1.0) を組み合わせてインストールを行い、 > 動作確認を行いましたが、SCore が abort してしまいます。 http://sourceforge.net/projects/pympi/ から pyMPI-2.4b4 を download し Centos 4.4 (Python 2.3.4), SCore 6.0.2.1 で install してみました. CC=mpicc ./configure --prefix=/home/kameyama/pympi make make install で install でき mpirun -np 2 ../pyMPI fractal.py で fractal.py が実行できました. SCore 5.x で動くかどうかは分かりませんけど... Kameyama Toyohisa From nakazono ＠ src.riken.jp Thu May 24 15:47:05 2007 From: nakazono ＠ src.riken.jp (Kazuyuki Nakazono) Date: Thu, 24 May 2007 15:47:05 +0900 Subject: pythonMPI (Re: [SCore-users-jp] =?ISO-2022-JP?B?GyRCJE8kOCRhJF4kNyRGGyhCKQ==?= In-Reply-To: <4651666F.7060504@pccluster.org> References: <20070521170245.C3AB.NAKAZONO@src.riken.jp> <4651666F.7060504@pccluster.org> Message-ID: <20070524153855.D9F8.NAKAZONO@src.riken.jp> 亀山様中園です。返信が遅れてしまい、大変申し訳ありませんでした。いろいろ Version を入れ替えて試してみたところ、 Score-D 5.4.0 pyMPI-1.3.a1 python 2.5 の組み合わせで、テストプログラムが実行できました。 # fractal.py は python 側でエラーとなりましたが、 # Score は abort しませんでしたご助言をしていただき、ありがとうございました。 On Mon, 21 May 2007 18:29:19 +0900 Kameyama Toyohisa wrote: > 亀山です. > > Kazuyuki Nakazono さんは書きました: > > 以下の件について、ご存知の方がいらっしゃいましたら、 > > ご助言をいただけると幸いでございます。 > > > > 現在、SCore(SCore-D 5.6.1) 上で pythonMPI をインストールして > > 使用しようと考えております。 > > > > python2.2.3 と pythonMPI(pyMPI v1.0) を組み合わせてインストールを行い、 > > 動作確認を行いましたが、SCore が abort してしまいます。 > > http://sourceforge.net/projects/pympi/ > から > pyMPI-2.4b4 > を download し Centos 4.4 (Python 2.3.4), SCore 6.0.2.1 で install > してみました. > CC=mpicc ./configure --prefix=/home/kameyama/pympi > make > make install > で install でき > mpirun -np 2 ../pyMPI fractal.py > で fractal.py が実行できました. > > SCore 5.x で動くかどうかは分かりませんけど... > > Kameyama Toyohisa > _/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/ 中園一幸独立行政法人理化学研究所遺伝子多型研究センター統計解析研究チーム(Team SG) TEL:03-5449-5708 FAX:03-5449-5564 _/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/ From kameyama ＠ pccluster.org Thu May 24 17:15:37 2007 From: kameyama ＠ pccluster.org (Kameyama Toyohisa) Date: Thu, 24 May 2007 17:15:37 +0900 Subject: pythonMPI (Re: [SCore-users-jp] =?ISO-2022-JP?B?GyRCJE8kOBsoQg==?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJGEkXiQ3JEYbKEIp?= In-Reply-To: <20070524153855.D9F8.NAKAZONO@src.riken.jp> References: <20070521170245.C3AB.NAKAZONO@src.riken.jp> <4651666F.7060504@pccluster.org> <20070524153855.D9F8.NAKAZONO@src.riken.jp> Message-ID: <465549A9.5040102@pccluster.org> 亀山です. Kazuyuki Nakazono さんは書きました: > いろいろ Version を入れ替えて試してみたところ、 > Score-D 5.4.0 > pyMPI-1.3.a1 > python 2.5 > の組み合わせで、テストプログラムが実行できました。こちらでも, SCore 5.6.1, redhat 8 (python 2.2.1), pyMPI 1.3a1 で成功しました. configure は CC=mpicc CFLAGS=-nostatic ./configure --prefix=/home04/kameyama/pympi1 にしました. python のほうが dynamic load を前提としているため, mpicc に -nostatic をつけて static link しないようにしました. (SCore 6 は static link しないほうが default になっています.) > # fractal.py は python 側でエラーとなりましたが、 > # Score は abort しませんでした local で動いて scrun pyMPI fractal.py で動かない場合は, server と compute host で python の version が違っているのかも知れません. configure のときに PYTHON=/usr/bin/python ... ./configure ... と python を指定して configure を実行すると動きました. INSTALL ファイルに書いてある --with-python=/usr/bin/python ではうまく行きませんでした. Kameyama Toyohisa From nakazono ＠ src.riken.jp Thu May 24 18:54:38 2007 From: nakazono ＠ src.riken.jp (Kazuyuki Nakazono) Date: Thu, 24 May 2007 18:54:38 +0900 Subject: pythonMPI (Re: [SCore-users-jp] =?ISO-2022-JP?B?GyRCJE8kOCRhJF4kNyRGGyhCKQ==?= In-Reply-To: <465549A9.5040102@pccluster.org> References: <20070524153855.D9F8.NAKAZONO@src.riken.jp> <465549A9.5040102@pccluster.org> Message-ID: <20070524185139.C06D.NAKAZONO@src.riken.jp> 亀山様中園です。下記のとおりに実装を行い、こちらでも成功いたしました。また、scrun pyMPI fractal.py も実行できました。ご助力、本当にありがとうございました。 On Thu, 24 May 2007 17:15:37 +0900 Kameyama Toyohisa wrote: > 亀山です. > > Kazuyuki Nakazono さんは書きました: > > いろいろ Version を入れ替えて試してみたところ、 > > Score-D 5.4.0 > > pyMPI-1.3.a1 > > python 2.5 > > > の組み合わせで、テストプログラムが実行できました。 > > こちらでも, SCore 5.6.1, redhat 8 (python 2.2.1), pyMPI 1.3a1 で > 成功しました. > > configure は > CC=mpicc CFLAGS=-nostatic ./configure --prefix=/home04/kameyama/pympi1 > にしました. > python のほうが dynamic load を前提としているため, > mpicc に -nostatic をつけて static link しないようにしました. > (SCore 6 は static link しないほうが default になっています.) > > > # fractal.py は python 側でエラーとなりましたが、 > > # Score は abort しませんでした > > local で動いて > scrun pyMPI fractal.py > で動かない場合は, server と compute host で python の > version が違っているのかも知れません. > configure のときに > PYTHON=/usr/bin/python ... ./configure ... > と python を指定して configure を実行すると動きました. > > INSTALL ファイルに書いてある > --with-python=/usr/bin/python > ではうまく行きませんでした. > > Kameyama Toyohisa > _/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/ 中園一幸独立行政法人理化学研究所遺伝子多型研究センター統計解析研究チーム(Team SG) TEL:03-5449-5708 FAX:03-5449-5564 _/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/