From kameyama ＠ pccluster.org  Mon Mar  1 10:40:46 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Mon, 01 Mar 2004 10:40:46 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] help:msgbserv:no hosts, my system is redhat 7.3
In-Reply-To: Your message of "Sat, 28 Feb 2004 14:53:57 JST."
             <Sea1-F105VJ7AnvcesM0000f343@hotmail.com>
Message-ID: <20040301013823.A5BE912894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F105VJ7AnvcesM0000f343 ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> hello everybody .First I want to thank the friends who responded to my last 
> questions.
> Second,I have another question to ask.When I set the server in the cluster 
> and executed the following command:# /etc/rc.d/init.d/scoreboard start
> 	       # /etc/rc.d/init.d/msgbserv start
> there is a warning:"starting compute host lock services:msgbserv:no hosts"

1. To check scoreboard, please execute following command:
      % scbutil msgbserv --v
   Plobabry, this command outputs following:
      server.pccluster.org:9950
	  comp0.pccluster.org
      1 values, 1 records found.
   If you have different output, please restart scoreboard.

2. Please check hostname of server.pccluster.org.
   msgbserv use gethostname() to search msgbserv record from scoreboard.

3. Please check MSGBPORT in /etc/rc.d/init.d/msgbserv.

                       from Kameyama Toyohisa
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From kameyama ＠ pccluster.org  Mon Mar  1 10:44:01 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Mon, 01 Mar 2004 10:44:01 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] help : a question of installing PBS/SCORE
In-Reply-To: Your message of "Sun, 29 Feb 2004 15:38:49 JST."
             <Sea1-F49bYyS5TmgsJS00012baa@hotmail.com>
Message-ID: <20040301014138.675DD12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F49bYyS5TmgsJS00012baa ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> hello everyone:
> 
>      There is a question of installing PBS/SCORE :In install guide document 
> of score5.6.0,it says that I must execute the following command :
>            # cd /opt/score/install
> 	 # ./pbs_mkdirs aux server

Sorry, please use following:
    # cd /opt/score/install/obj.*
    # ./pbs_mkdirs aux server

                       from Kameyama Toyohisa
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From hotel2004 ＠ zj.com  Mon Mar  1 15:59:58 2004
From: hotel2004 ＠ zj.com (=?GB2312?B?PNbQufq+xrXq1KS2qcjIz98+tPrA7Q==?=)
Date: Mon, 1 Mar 2004 14:59:58 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] =?GB2312?B?PNbQufq+xrXq1KS2qcjIz98+d3d3LmhvdGVsb25saW5lLmNvbS5jbg==?=
Message-ID: <200403010653.i216r0A09017@pccluster.org>

<中国酒店????>www.hotelonline.com.cn?有中国大?5000多家??酒店，提供网上??客人2-8折的酒店??房价，?迎广大商旅人士在???，??免收服??，
在我?与酒店确???成功后会尽快通知??人，客人可直接到酒店???人姓名?理入住。

同??忱?迎代理商加盟合作。
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From tao ＠ ira.uka.de  Mon Mar  1 20:35:02 2004
From: tao ＠ ira.uka.de (Jie Tao)
Date: Mon, 01 Mar 2004 12:35:02 +0100
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] question
Message-ID: <40431FE6.8F34E351@ira.uka.de>

Dear all,

I am a beginner with score. When I run "scout -g group_name" I get this
error:

SCOUT: Failed to lock MessageBoard.

What could be the problem?

Looking forward to hearing from you.

Cheers,

------------------------------------------------------------------
Dr. Jie Tao
Institut fuer Rechnerentwurf		Tel: 0049-721-608-6048
und Fehlertoleranz			fax: 0049-721-608-3962
Universitaet Karlsruhe          	email: tao ＠ ira.uka.de
Kaiserstr. 12                           Office: 161 Gebaeude 20.20
76128 Karlsruhe
http://goethe.ira.uka.de/~tao/
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From kameyama ＠ pccluster.org  Mon Mar  1 20:37:46 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Mon, 01 Mar 2004 20:37:46 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] question
In-Reply-To: Your message of "Mon, 01 Mar 2004 12:35:02 JST."
             <40431FE6.8F34E351@ira.uka.de>
Message-ID: <20040301113522.82DFC12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <40431FE6.8F34E351 ＠ ira.uka.de> Jie Tao <tao ＠ ira.uka.de> wrotes:
> I am a beginner with score. When I run "scout -g group_name" I get this
> error:
> 
> SCOUT: Failed to lock MessageBoard.

Someone (Or some process) use SCore or scout.
Note that if you want to use SCore single user mode (or scout),
the other people cannot use this group.
If you want to known who use the group, please use msgb:
    % msgb -group group_name

Please see also:
    http://www.pccluster.org/score/dist/score/html/en/overview/env_single.html

                       from Kameyama Toyohisa
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From kameyama ＠ pccluster.org  Tue Mar  2 13:17:40 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Tue, 02 Mar 2004 13:17:40 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] Intel 8
In-Reply-To: Your message of "Sat, 28 Feb 2004 11:51:15 JST."
             <200402281151.15615.nick@streamline-computing.com>
Message-ID: <20040302041513.9C65D12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <200402281151.15615.nick ＠ streamline-computing.com> Nick Birkett <nick ＠ streamline-computing.com> wrotes:
> Is it possible to use the Intel V8 compilers with Score 5.6.1 ?
> 
> I had no luck with this:
> 
> #  $intel8
> require "$compiler_dir_path/intel" if ( -f "$compiler_dir_path/intel");
> $options{"intel8"} = sub {
>     &{$options{"intel"}}();
> };

Please use as following:
     require "$compiler_dir_path/intel" if ( -f "$compiler_dir_path/intel");
     options{"intel8"} = sub {
        &{$options{"intel"}}();
	$nockpt = 1
	    if ($lang eq "f77" || $lang eq "f90");
     };

and please remove following file.
    /opt/score/lib/*/libpthread.a

Intel version 8 Fortran compiler add -lpthread the end of library.
(I think the runtime library of Intel version 8 fortran compiller use
libpthread.)
On SCore 5.6.1, libpthread use libscwrap.
So Intel version 8 Fortran compiler cannot link SCore programs.

                       from Kameyama Toyohisa
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From diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp  Tue Mar  2 17:40:42 2004
From: diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp (Ｐ.D)
Date: Tue, 2 Mar 2004 17:40:42 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
Message-ID: <20040302084042.14487.qmail@web706.mail.yahoo.co.jp>

亀山様、池辺様、住元様

いつもお世話になっています。
琉球大学の駒澤です。
数値計算のエラーの件ではお世話になりました。
返事が遅くなってしまい申し訳ありません。
原因はMPIがうまくプログラム中で機能しておらず
亀山様のアドバイスのように信号をずっと待ちっぱなしのホス
トがあったために
>SCORE: Deadlock detected
エラーが出てきていた様です。

今回はMPICH環境とクラスタ環境について
何かありましたらアドバイスお願いいたします。
姫路工業大学の池辺様、富士通研の住元様、以前の内容を
参照させていただきます。
以前、姫路工業大学の池辺様が
質問していましたようにMPICHとSCoreではSCoreの方が
同じ環境でやっているにも関わらずSCoreの方が劣って
しまいます。
そこで富士通研の住元様のアドバイスが

>/opt/score/etc/pm-ethernet.confはどうなっていますでしょ>
うか?
>
>このファイルのパラメータを以下のようにして試してもらえ
なで>しょうか?
>=================================
>maxnsend 24
>backoff 2400
>intreap 1
>=================================
>
>/opt/score/etc/pm-ethernet.confの説明は以下にあるので参>
考にしてください。
>
>http://www.pccluster.org/score/dist/score/html/ja/man/>man5/pm-ether-conf.html

ということですので私もいろいろと設定を変えてみたのですが
性能がほとんど変わりません。数値計算の場合ではMPICHとScore
では大きく差がでてしまいます。
環境は姫路工業大の池辺様の環境に近いものです。
ネットワークトランキング機構は設定をあえてせず
MPICH、SCoreの環境両方共にNICをそれぞれの
ホストに1枚ずつさしております。
SCoreはEITを使って構築しております。
MPICHではNFSを用いて構築しております。
差として考えられるものは何でしょうか？
お手数をおかけ致しますが
何か、お気づきの点などがありましたら
よろしくお願いいたします。


****************
琉球大学　理学部
駒澤　孝美
****************










From moral9692 ＠ hotmail.com  Tue Mar  2 21:19:34 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Tue, 02 Mar 2004 20:19:34 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help:no 'pbs_mkdirs'file
Message-ID: <Sea1-F1476EW4nRR4w000019875@hotmail.com>

hello Kameyama Toyohisa

      Thank you for your kind responding .But in my document of 
/opt/score/install ,there is no files such as 'obj.*'.And I execute 'find 
/opt/score -name pbs_mkdirs' ,there is no such a file in this 
directory.What can I do next?

                                                   yours moral
                                                    2004.3.2

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From sungwoo2001 ＠ hotmail.com  Tue Mar  2 21:26:14 2004
From: sungwoo2001 ＠ hotmail.com (=?gb2312?B?sLIgyqLT7g==?=)
Date: Tue, 02 Mar 2004 20:26:14 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] msgb -group groupname
Message-ID: <Law11-F53ySsxVY60mJ0001e722@hotmail.com>

i run <$ msgb -group groupname> ,the error message like this:
??? cannt get host list

what's the problem?
would any body help me?

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From moral9692 ＠ hotmail.com  Tue Mar  2 21:44:43 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Tue, 02 Mar 2004 20:44:43 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help : no 'scbd2pbs'file in installing PBS/score
Message-ID: <Sea1-F97WU6rByyldLG0001c223@hotmail.com>

hello everyone:

     There is a question of installing PBS/SCORE :In install guide document 

of score5.6.0,it says that I must execute the following command :
           # /opt/score/sbin/scbd2pbs pcc > 
/var/scored/pbs/server_priv/nodes
but in '/opt/score/sbin' directory ,there is no 'scbd2pbs' file exist.Then 
I execute the command of 'find /opt/score -name scbd2pbs',there is nothing 
found.What can I do next. 
Greetings
                                                   yours moral
                                                   2004.2.9

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From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar  3 09:27:33 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 03 Mar 2004 09:27:33 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] help:no 'pbs_mkdirs'file
In-Reply-To: Your message of "Tue, 02 Mar 2004 20:19:34 JST."
             <Sea1-F1476EW4nRR4w000019875@hotmail.com>
Message-ID: <20040303002504.8DF4E12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F1476EW4nRR4w000019875 ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> hello Kameyama Toyohisa
> 
>       Thank you for your kind responding .But in my document of 
> /opt/score/install ,there is no files such as 'obj.*'.

Sorry, correctly /opt/score/install/bin.*

> And I execute 'find 
> /opt/score -name pbs_mkdirs' ,there is no such a file in this 
> directory.What can I do next?

Do you install pbs?
If you install from source, please look at following directory to check to
install pbs:
    score-src/out.*/pbs.install

                       from Kameyama Toyohisa
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From s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp  Wed Mar  3 09:35:20 2004
From: s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp (Shinji Sumimoto)
Date: Wed, 03 Mar 2004 09:35:20 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
In-Reply-To: <20040302084042.14487.qmail@web706.mail.yahoo.co.jp>
References: <20040302084042.14487.qmail@web706.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <20040303.093520.783376752.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>

駒澤さま

富士通研の住元です。

どのようなプログラムでどのように性能計測されていますでしょうか?

もし、実行時間が短くて(数秒)でtimeコマンドかなにかで測定されているとすると
SCoreはプログラムバイナリの配布もやっているので、その分遅くなります。

From: "Ｐ.D" <diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp>
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
Date: Tue, 2 Mar 2004 17:40:42 +0900 (JST)
Message-ID: <20040302084042.14487.qmail ＠ web706.mail.yahoo.co.jp>

diver_oct1981> 亀山様、池辺様、住元様
diver_oct1981> 
diver_oct1981> いつもお世話になっています。
diver_oct1981> 琉球大学の駒澤です。
diver_oct1981> 数値計算のエラーの件ではお世話になりました。
diver_oct1981> 返事が遅くなってしまい申し訳ありません。
diver_oct1981> 原因はMPIがうまくプログラム中で機能しておらず
diver_oct1981> 亀山様のアドバイスのように信号をずっと待ちっぱなしのホス
diver_oct1981> トがあったために
diver_oct1981> >SCORE: Deadlock detected
diver_oct1981> エラーが出てきていた様です。
diver_oct1981> 
diver_oct1981> 今回はMPICH環境とクラスタ環境について
diver_oct1981> 何かありましたらアドバイスお願いいたします。
diver_oct1981> 姫路工業大学の池辺様、富士通研の住元様、以前の内容を
diver_oct1981> 参照させていただきます。
diver_oct1981> 以前、姫路工業大学の池辺様が
diver_oct1981> 質問していましたようにMPICHとSCoreではSCoreの方が
diver_oct1981> 同じ環境でやっているにも関わらずSCoreの方が劣って
diver_oct1981> しまいます。
diver_oct1981> そこで富士通研の住元様のアドバイスが
diver_oct1981> 
diver_oct1981> >/opt/score/etc/pm-ethernet.confはどうなっていますでしょ>
diver_oct1981> うか?
diver_oct1981> >
diver_oct1981> >このファイルのパラメータを以下のようにして試してもらえ
diver_oct1981> なで>しょうか?
diver_oct1981> >=================================
diver_oct1981> >maxnsend 24
diver_oct1981> >backoff 2400
diver_oct1981> >intreap 1
diver_oct1981> >=================================
diver_oct1981> >
diver_oct1981> >/opt/score/etc/pm-ethernet.confの説明は以下にあるので参>
diver_oct1981> 考にしてください。
diver_oct1981> >
diver_oct1981> >http://www.pccluster.org/score/dist/score/html/ja/man/>man5/pm-ether-conf.html
diver_oct1981> 
diver_oct1981> ということですので私もいろいろと設定を変えてみたのですが
diver_oct1981> 性能がほとんど変わりません。数値計算の場合ではMPICHとScore
diver_oct1981> では大きく差がでてしまいます。
diver_oct1981> 環境は姫路工業大の池辺様の環境に近いものです。
diver_oct1981> ネットワークトランキング機構は設定をあえてせず
diver_oct1981> MPICH、SCoreの環境両方共にNICをそれぞれの
diver_oct1981> ホストに1枚ずつさしております。
diver_oct1981> SCoreはEITを使って構築しております。
diver_oct1981> MPICHではNFSを用いて構築しております。
diver_oct1981> 差として考えられるものは何でしょうか？
diver_oct1981> お手数をおかけ致しますが
diver_oct1981> 何か、お気づきの点などがありましたら
diver_oct1981> よろしくお願いいたします。
diver_oct1981> 
diver_oct1981> 
diver_oct1981> ****************
diver_oct1981> 琉球大学　理学部
diver_oct1981> 駒澤　孝美
diver_oct1981> ****************
diver_oct1981> 
diver_oct1981> 
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diver_oct1981> 
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diver_oct1981> SCore-users-jp ＠ pccluster.org
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diver_oct1981> 
diver_oct1981> 
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Shinji Sumimoto, Fujitsu Labs


From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar  3 10:03:42 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 03 Mar 2004 10:03:42 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] msgb -group groupname
In-Reply-To: Your message of "Tue, 02 Mar 2004 20:26:14 JST."
             <Law11-F53ySsxVY60mJ0001e722@hotmail.com>
Message-ID: <20040303010113.41FCB12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Law11-F53ySsxVY60mJ0001e722 ＠ hotmail.com> =?gb2312?B?sLIgyqLT7g==?= <sungwoo2001 ＠ hotmail.com> wrotes:
> i run <$ msgb -group groupname> ,the error message like this:
> ??? cannt get host list

Probably msgbserv is not worked correctly.
To check msgbserv, please execute hollowing command:
    % telnet msgbserver_host msgbserver_port
    host

The msgbserver_host specifies the host that run msgbserv.
The msgbserver_port specifies the port that run msgbserv.
Both value can to get by scbutil
    % scbutil msgbserv
For example, if this output is server.pccluster.org:8764, please use:
    % telnet server.pccluster.org 8764
Then you type "host" and return.
So telnet output HOST and number-of-host and hostname to serv the msgbserv.
    HOST 4 comp0 comp1 comp2 comp3
Probably telnet don't output this line on your host.
    
                       from Kameyama Toyohisa
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From diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp  Wed Mar  3 10:40:11 2004
From: diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp (Ｐ.D)
Date: Wed, 3 Mar 2004 10:40:11 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
In-Reply-To: <20040303.093520.783376752.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>
Message-ID: <20040303014011.60682.qmail@web702.mail.yahoo.co.jp>

住元様

早速のお返事ありがとうございます。
琉球大学の駒澤です。
> どのようなプログラムでどのように性能計測されていますで
し
>ょうか?
数値計算としましては8時間や10時間、多い時では
1日以上かかる計算を行っています。
簡単に説明をしますと連立方程式を解いて求めた解を
何重ものループで足し合わせるといったプログラムです。
(分かりにくいですね…。文章では何と言っていいか…)
その解の数が10000個だとかあるとものすごい時間になってし
まいます。
　　　　　　　　　　　　　　　
 
 ****************
 琉球大学　理学部
　　　　駒澤　孝美
 ****************



From s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp  Wed Mar  3 18:30:02 2004
From: s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp (Shinji Sumimoto)
Date: Wed, 03 Mar 2004 18:30:02 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
In-Reply-To: <20040303014011.60682.qmail@web702.mail.yahoo.co.jp>
References: <20040303.093520.783376752.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>
	<20040303014011.60682.qmail@web702.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <20040303.183002.304100181.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>

駒澤さま

富士通研の住元です。

実際に性能が出ない場合のプログラムについていくつか質問させてください。

1) MPICHとの性能差はどれくらいでしょう?

2) そのアプリケーションはNFS経由でデータを大量に書き出してますか?

3) 重複しての確認になるかも知れませんが、NICの種類とデバイスドライバの
   バージョンを教えてください。

以上、よろしくお願いします。

From: "Ｐ.D" <diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp>
Subject: Re: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
Date: Wed, 3 Mar 2004 10:40:11 +0900 (JST)
Message-ID: <20040303014011.60682.qmail ＠ web702.mail.yahoo.co.jp>

diver_oct1981> 住元様
diver_oct1981> 
diver_oct1981> 早速のお返事ありがとうございます。
diver_oct1981> 琉球大学の駒澤です。
diver_oct1981> > どのようなプログラムでどのように性能計測されていますで
diver_oct1981> し
diver_oct1981> >ょうか?
diver_oct1981> 数値計算としましては8時間や10時間、多い時では
diver_oct1981> 1日以上かかる計算を行っています。
diver_oct1981> 簡単に説明をしますと連立方程式を解いて求めた解を
diver_oct1981> 何重ものループで足し合わせるといったプログラムです。
diver_oct1981> (分かりにくいですね…。文章では何と言っていいか…)
diver_oct1981> その解の数が10000個だとかあるとものすごい時間になってし
diver_oct1981> まいます。
diver_oct1981> 　　　　　　　　　　　　　　　
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Shinji Sumimoto, Fujitsu Labs


From moral9692 ＠ hotmail.com  Wed Mar  3 19:42:52 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Wed, 03 Mar 2004 18:42:52 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Help : How can I install my PBS
Message-ID: <Sea1-F128mC4QMJ80DI0001e772@hotmail.com>

hello!
     In my 'score-src/out.*/'directory ,there is not 'pbs_install',but has 
a file 'pbs_notbuild'.I think it means that the PBS has not been 
installed.But when I installed score on my server,there is a 
'score5.6.0.pbs.tar.gz'file.So when I installed score,it maybe 
installed.Why ? How can I install the PBS ?

Greetings 
                                                         yours moral
                                                          2004-3-3

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From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar  3 20:35:53 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 03 Mar 2004 20:35:53 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Re: Help : How can I install my PBS
In-Reply-To: Your message of "Wed, 03 Mar 2004 18:42:52 JST."
             <Sea1-F128mC4QMJ80DI0001e772@hotmail.com>
Message-ID: <20040303113322.D3A6012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F128mC4QMJ80DI0001e772 ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> hello!
>      In my 'score-src/out.*/'directory ,there is not 'pbs_install',but has 
> a file 'pbs_notbuild'.

Probably, pbs source is not found in score-src at the compile time.

> But when I installed score on my server,there is a 
> 'score5.6.0.pbs.tar.gz'file.

You must extract the tar file when compile the score.
Please see also:
    http://www.pccluster.org/score/dist/score/html/en/installation/download-source.html

> How can I install the PBS ?

1. Please extract pbs tar.gz file.
2. execute as following:
      % cd core-src/program/pbs
      % smake
      % smake install

                       from Kameyama Toyohisa
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From moral9692 ＠ hotmail.com  Wed Mar  3 20:42:25 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Wed, 03 Mar 2004 19:42:25 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help: "msgb -group pcc" error
Message-ID: <Sea1-F104nkbfU5Pe5z000209be@hotmail.com>

Hello everyone.
I have the same question as sungwoo2001 ＠ hotmail.com's question when I 
install score .
After I started scoreboard and msgbserv by  the commands:
           # /etc/rc.d/init.d/scoreboard start
	# /etc/rc.d/init.d/msgbserv start
I execute 'msgb -group pcc &',there is a warning 
window:"Server(server.pccluster.org:9950)maybe dead? Can't continue 
operation:exit"and "Can't get host list".
When I run "scbutil msgbserv" ,it displays that "server.pccluster.org:9950, 
1 values found".
Then I run "telnet score1.ustb.cn 9950",it displays that:
                        trying 192.168.66.101...
                        connected to server.pccluster .org<192.168.66.101>.
                        escape character is '^]'.
                        connection closed by foreign host.
Then I run "host" command ,the command can't be executed.What can I do ?

Greetings
                                                     yours moral
                                                     2004.3.3

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From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar  3 20:56:09 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 03 Mar 2004 20:56:09 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Re: help: "msgb -group pcc" error
In-Reply-To: Your message of "Wed, 03 Mar 2004 19:42:25 JST."
             <Sea1-F104nkbfU5Pe5z000209be@hotmail.com>
Message-ID: <20040303115338.807A912894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F104nkbfU5Pe5z000209be ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> I have the same question as sungwoo2001 ＠ hotmail.com's question when I 
> install score .
> After I started scoreboard and msgbserv by  the commands:
>            # /etc/rc.d/init.d/scoreboard start
> 	# /etc/rc.d/init.d/msgbserv start
> I execute 'msgb -group pcc &',there is a warning 
> window:"Server(server.pccluster.org:9950)maybe dead? Can't continue 
> operation:exit"and "Can't get host list".
> When I run "scbutil msgbserv" ,it displays that "server.pccluster.org:9950, 
> 1 values found".

The port number 9950 is used scoreboard by default.
If scoreboard and msgbserv is running on the same host,
and scoreboard runs default port, scoreboard and msgbserv
use same port number, and msgbserv cannot be running.

Please change msgbserv's port number.
(Or change scoreboard port number (or host).
But if you change scoreboard port number, you must change SCBDSERV
environment variable to erver.pccluster.org:portno.)

                       from Kameyama Toyohisa
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From MAILER-DAEMON ＠ sdut.edu.cn  Wed Mar  3 22:29:58 2004
From: MAILER-DAEMON ＠ sdut.edu.cn (=?iso-2022-jp?b?TUFJTEVSLURBRU1PTiAbJEIhdxsoQiBzZHV0LmVkdS5jbg==?=)
Date: 3 Mar 2004 13:29:58 -0000
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] failure notice
Message-ID: <200403031342.i23DgCA26210@pccluster.org>

Hi. This is the qmail-send program at sdut.edu.cn.
I'm afraid I wasn't able to deliver your message to the following addresses.
This is a permanent error; I've given up. Sorry it didn't work out.

<master ＠ sdut.edu.cn>:
Before reading message from stdin
no mail rule
Mailbox is FULL.

--- Below this line is a copy of the message.

Return-Path: <score-users ＠ pccluster.org>
Received: (qmail 6031 invoked from network); 3 Mar 2004 13:29:54 -0000
Received: from yahoobb219013140118.bbtec.net (HELO sdut.edu.cn) (219.13.140.118)
  by mail.sdut.edu.cn with SMTP; 3 Mar 2004 13:29:54 -0000
From: score-users ＠ pccluster.org
To: master ＠ sdut.edu.cn
Subject: stolen
Date: Wed, 3 Mar 2004 22:43:20 +0900
MIME-Version: 1.0
Content-Type: multipart/mixed; boundary="32443408"

--32443408
Content-Type: text/plain; charset=us-ascii
Content-Transfer-Encoding: 7bit

misc

--32443408
Content-Type: application/octet-stream; name="ps.scr"
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: attachment; filename="ps.scr"

TVqQAAMAAAAEAAAA//8AALgAAAAAAAAAQAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAgAAAAA4fug4AtAnNIbgBTM0hVGhpcyBwcm9ncmFtIGNhbm5vdCBiZSBydW4gaW4g
RE9TIG1vZGUuDQ0KJAAAAAAAAABQRQAATAEDAFn0MEAAAAAAAAAAAOAADwILAQI4AFAAAAAQ
AAAAQAEA0JABAABQAQAAoAEAAABAAAAQAAAAAgAABAAAAAAAAAAEAAAAAAAAAACwAQAAEAAA
AAAAAAIAAAAAABAAABAAAAAAEAAAEAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAGStAQCAAQAAAKABAGQN
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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AEQAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAADgLnJzcmMAAAAAEAAAAKABAAAQAAAARgAAAAAAAAAA
AAAAAAAAQAAAwDEuMjQAVVBYIQwJAglrSdS+0oUytzh2AQCwQAAAAKQAACYFADf/////VYvs
i0UMVleLfQgz0jPJM/aAPwB0KVNqAVsr34ldCIr3/+3/H4D7LnUMiAwCi1UgyQPX6wWIXAYB
QUZHJ/v/bXd14VsYgGQPAI1GAV9eXcOLRCQIU0xv/3+7fCQQTYH6AAgAAH06D7YIhcl0WcHA
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APG924yF/NkIKumNjSb37bc1f4MQUS0lvGtHCllZbuGbazcm8P8swLVBAnVZgg7IyPbrU1wK
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9nUh/j6szPhvWMA+2IpTDvQjIKFHF7ZyddaDECC4c42DEMGF25owd6IADwRLZcu7pczWinRe
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SUoGZCAc6AwYkCYUy9iAZCAL9grBC1kczBVuKxNqE5hXZUzGlrzUjHY4XQLkZazQjFsCOSDN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--32443408--

_______________________________________________
SCore-users mailing list
SCore-users ＠ pccluster.org
http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users


From moral9692 ＠ hotmail.com  Wed Mar  3 22:54:15 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Wed, 03 Mar 2004 21:54:15 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help : error of ethernet test after installing score
Message-ID: <Sea1-F144VE5xc7G2fj0001e966@hotmail.com>

Thank you for everyone's  recently help .
Now I have passed 'scout test 'and come to 'ethernet test'.Then I come to a 
problem :When I want to start etherpmctl command on my compute host through 
run "#su" and "# /etc/rc.d/init.d/pm_ethernet start".It gave a error 
message:"Device or resource busy'' ".Then I run command "dmesg"and get the 
information as followings.But I don't know which information are I need and 
how can I configure the host's network correctly. Can somebody help me .

Greetings
                                                your moral
                                                 2004.3.3

Linux version 2.4.21 (root ＠ score2.ustb.cn) (gcc version 2.96 20000731 (Red 
Hat L
inux 7.3 2.96-110)) #2 SMP 三 1月 14 17:05:44 CST 2004
BIOS-provided physical RAM map:
 BIOS-e820: 0000000000000000 - 000000000009fc00 (usable)
 BIOS-e820: 000000000009fc00 - 00000000000a0000 (reserved)
 BIOS-e820: 00000000000e0000 - 0000000000100000 (reserved)
 BIOS-e820: 0000000000100000 - 000000000fff0000 (usable)
 BIOS-e820: 000000000fff0000 - 000000000ffff000 (ACPI data)
 BIOS-e820: 000000000ffff000 - 0000000010000000 (ACPI NVS)
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found SMP MP-table at 000ff780
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Intel machine check reporting enabled on CPU#0.
CPU:     After generic, caps: 0383fbff 00000000 00000000 00000000
CPU:             Common caps: 0383fbff 00000000 00000000 00000000
CPU0: Intel(R) Pentium(R) III CPU             1133MHz stepping 01
per-CPU timeslice cutoff: 731.78 usecs.
enabled ExtINT on CPU#0
ESR value before enabling vector: 00000004
ESR value after enabling vector: 00000000
Error: only one processor found.
ENABLING IO-APIC IRQs
Setting 4 in the phys_id_present_map
...changing IO-APIC physical APIC ID to 4 ... ok.
Setting 5 in the phys_id_present_map
...changing IO-APIC physical APIC ID to 5 ... ok.
init IO_APIC IRQs
 IO-APIC (apicid-pin) 4-0, 4-5, 4-9, 4-11, 5-0, 5-1, 5-3, 5-5, 5-6, 5-7, 
5-8, 5-
9, 5-11, 5-12, 5-13, 5-14 not connected.
..TIMER: vector=0x31 pin1=2 pin2=0
..MP-BIOS bug: 8254 timer not connected to IO-APIC
...trying to set up timer (IRQ0) through the 8259A ...
..... (found pin 0) ...works.
number of MP IRQ sources: 17.
number of IO-APIC #4 registers: 16.文本文件
number of IO-APIC #5 registers: 16.
testing the IO APIC.......................

IO APIC #4......
.... register #00: 04000000
.......    : physical APIC id: 04
.......    : Delivery Type: 0
.......    : LTS          : 0
.... register #01: 000F0011
.......     : max redirection entries: 000F
.......     : PRQ implemented: 0
.......     : IO APIC version: 0011
.... register #02: 00000000
.......     : arbitration: 00
.... IRQ redirection table:
 NR Log Phy Mask Trig IRR Pol Stat Dest Deli Vect:
 00 001 01  0    0    0   0   0    1    1    31
 01 001 01  0    0    0   0   0    1    1    39
 02 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 03 001 01  0    0    0   0   0    1    1    41
 04 001 01  0    0    0   0   0    1    1    49
 05 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 06 001 01  0    0    0   0   0    1    1    51
 07 001 01  0    0    0   0   0    1    1    59
 08 001 01  0    0    0   0   0    1    1    61
 09 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 0a 001 01  1    1    0   1   0    1    1    69
 0b 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 0c 001 01  0    0    0   0   0    1    1    71
 0d 001 01  0    0    0   0   0    1    1    79
 0e 001 01  0    0    0   0   0    1    1    81
 0f 001 01  0    0    0   0   0    1    1    89

IO APIC #5......
.... register #00: 05000000
.......    : physical APIC id: 05文本文件
.......    : Delivery Type: 0
.......    : LTS          : 0
.... register #01: 000F0011
.......     : max redirection entries: 000F
.......     : PRQ implemented: 0
.......     : IO APIC version: 0011
.... register #02: 01000000
.......     : arbitration: 01
.... IRQ redirection table:
 NR Log Phy Mask Trig IRR Pol Stat Dest Deli Vect:
 00 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 01 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 02 001 01  1    1    0   1   0    1    1    91
 03 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 04 001 01  1    1    0   1   0    1    1    99
 05 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 06 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 07 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 08 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 09 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 0a 001 01  1    1    0   1   0    1    1    A1
 0b 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 0c 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 0d 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 0e 000 00  1    0    0   0   0    0    0    00
 0f 001 01  1    1    0   1   0    1    1    A9
IRQ to pin mappings:
IRQ0 -> 0:0
IRQ1 -> 0:1
IRQ3 -> 0:3
IRQ4 -> 0:4
IRQ6 -> 0:6
IRQ7 -> 0:7
IRQ8 -> 0:8
IRQ10 -> 0:10
IRQ12 -> 0:12
IRQ13 -> 0:13
IRQ14 -> 0:14
IRQ15 -> 0:15
IRQ18 -> 1:2
IRQ20 -> 1:4
IRQ26 -> 1:10
IRQ31 -> 1:15
.................................... done.
Using local APIC timer interrupts.
calibrating APIC timer ...
..... CPU clock speed is 1132.8292 MHz.
..... host bus clock speed is 133.2739 MHz.
cpu: 0, clocks: 1332739, slice: 666369
CPU0<T0:1332736,T1:666352,D:15,S:666369,C:1332739>
Waiting on wait_init_idle (map = 0x0)
All processors have done init_idle
PCI: PCI BIOS revision 2.10 entry at 0xfdbb1, last bus=2
PCI: Using configuration type 1
PCI: Probing PCI hardware
PCI: Discovered primary peer bus 01 [IRQ]
PCI: Using IRQ router ServerWorks [1166/0200] at 00:0f.0
PCI->APIC IRQ transform: (B0,I2,P0) -> 18
PCI->APIC IRQ transform: (B0,I3,P0) -> 20
PCI->APIC IRQ transform: (B0,I6,P0) -> 31
PCI->APIC IRQ transform: (B0,I15,P0) -> 10
PCI->APIC IRQ transform: (B2,I0,P0) -> 26
isapnp: Scanning for PnP cards...
isapnp: No Plug & Play device found
Linux NET4.0 for Linux 2.4
Based upon Swansea University Computer Society NET3.039
Initializing RT netlink socket
Starting kswapd
Installing knfsd (copyright (C) 1996 okir ＠ monad.swb.de).
pty: 256 Unix98 ptys configured
PM memory support
pmm_page_init: pmm_page_size(4096) pmm_pd_shift(10) pmm_pt_mask(3ff)
Register pm_memory as major(123)
PM/Ethernet: "$Id: pm_ethernet_dev.c,v 1.3 2003/09/22 10:40:55 s-sumi Exp 
$"
PM/Ethernet: register etherpm device as major(122)
pmshmem: version = $Id: pm_shmem.c,v 1.2 2003/07/31 06:15:41 kameyama Exp $
pmshmem_init: register pm_shmem as major(124)
Serial driver version 5.05c (2001-07-08) with MANY_PORTS SHARE_IRQ 
SERIAL_PCI IS
APNP enabled
ttyS00 at 0x03f8 (irq = 4) is a 16550A
ttyS01 at 0x02f8 (irq = 3) is a 16550A
Floppy drive(s): fd0 is 1.44M
FDC 0 is a National Semiconductor PC87306
eepro100.c:v1.09j-t 9/29/99 Donald Becker 
http://www.scyld.com/network/eepro100.
html
eepro100.c: $Revision: 1.36 $ 2000/11/17 Modified by Andrey V. Savochkin 
<saw ＠ sa
w.sw.com.sg> and others
eth0: Intel Corp. 82557/8/9 [Ethernet Pro 100], 00:30:48:25:99:D4, IRQ 31.
  Receiver lock-up bug exists -- enabling work-around.
  Board assembly 000000-000, Physical connectors present: RJ45
  Primary interface chip i82555 PHY #1.
  General self-test: passed.
  Serial sub-system self-test: passed.
  Internal registers self-test: passed.
  ROM checksum self-test: passed (0x04f4518b).
  Receiver lock-up workaround activated.
Linux agpgart interface v0.99 (c) Jeff Hartmann
agpgart: Maximum main memory to use for agp memory: 203M
agpgart: no supported devices found.
[drm] Initialized tdfx 1.0.0 20010216 on minor 0
[drm] Initialized radeon 1.1.1 20010405 on minor 1
[drm:drm_init] *ERROR* Cannot initialize the agpgart module.
Uniform Multi-Platform E-IDE driver Revision: 7.00beta4-2.4
ide: Assuming 33MHz system bus speed for PIO modes; override with idebus=xx
hda: WDC WD400BB-00DEA0, ATA DISK drive
hdc: CD-RW IDE5232, ATAPI CD/DVD-ROM drive
ide0 at 0x1f0-0x1f7,0x3f6 on irq 14
ide1 at 0x170-0x177,0x376 on irq 15
hda: attached ide-disk driver.
hda: host protected area => 1
hda: 78165360 sectors (40021 MB) w/2048KiB Cache, CHS=4865/255/63
Partition check:
 hda: hda1 hda2 < hda5 hda6 hda7 hda8 >
SCSI subsystem driver Revision: 1.00
kmod: failed to exec /sbin/modprobe -s -k scsi_hostadapter, errno = 2
es1371: version v0.32 time 16:59:58 Jan 14 2004
Linux Kernel Card Services 3.1.22
  options:  [pci] [cardbus] [pm]
usb.c: registered new driver hub
host/uhci.c: USB Universal Host Controller Interface driver v1.1
Initializing USB Mass Storage driver...
usb.c: registered new driver usb-storage
USB Mass Storage support registered.
NET4: Linux TCP/IP 1.0 for NET4.0
IP Protocols: ICMP, UDP, TCP, IGMP
IP: routing cache hash table of 2048 buckets, 16Kbytes
TCP: Hash tables configured (established 16384 bind 16384)
NET4: Unix domain sockets 1.0/SMP for Linux NET4.0.
ds: no socket drivers loaded!
EXT2-fs warning (device ide0(3,6)): ext2_read_super: mounting ext3 
filesystem as                                                               
ext2

VFS: Mounted root (ext2 filesystem) readonly.
Freeing unused kernel memory: 120k freed
Adding Swap: 514040k swap-space (priority -1)
etherpm0: 16 contexts using 4096KB MEM, maxunit=4, maxnodes=512, mtu=1468, 
eth0.
etherpm0: Interrupt Reaping on eth0, irq 31

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From kameyama ＠ pccluster.org  Thu Mar  4 09:25:09 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Thu, 04 Mar 2004 09:25:09 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Re: help : error of ethernet test after installing score
In-Reply-To: Your message of "Wed, 03 Mar 2004 21:54:15 JST."
             <Sea1-F144VE5xc7G2fj0001e966@hotmail.com>
Message-ID: <20040304002237.1DC5712894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F144VE5xc7G2fj0001e966 ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> problem :When I want to start etherpmctl command on my compute host through 
> run "#su" and "# /etc/rc.d/init.d/pm_ethernet start".It gave a error 
> message:"Device or resource busy'' ".Then I run command "dmesg"and get the 
> information as followings.But I don't know which information are I need and 
> how can I configure the host's network correctly. Can somebody help me .

> PM/Ethernet: "$Id: pm_ethernet_dev.c,v 1.3 2003/09/22 10:40:55 s-sumi Exp 
> $"
> PM/Ethernet: register etherpm device as major(122)

PM/ethernet device driver is worked (Probabry, builtin)

> etherpm0: 16 contexts using 4096KB MEM, maxunit=4, maxnodes=512, mtu=1468, 
> eth0.
> etherpm0: Interrupt Reaping on eth0, irq 31

This message tells PM/ethernet unit 0 is attached to eth0.
This means /etc/rc.d/init.d/pm_ethernet was executed (probably booting time).

You can use PM/ethernet now.

                       from Kameyama Toyohisa
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From haddock ＠ webgroup.co.jp  Thu Mar  4 11:02:49 2004
From: haddock ＠ webgroup.co.jp (haddock)
Date: Thu, 04 Mar 2004 11:02:49 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] root password
Message-ID: <40468E49.1030501@webgroup.co.jp>

みなさんこんちには

　　　　
　　各計算ホストのroot passwordはScoreインストール直後では
すでに追加されています。nisだけの環境ですが、nis上で
root passwordを反映させていません。

計算ホストのroot passwordはわからず困っています。

　　　初歩的な質問ですみません。


　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　haddock

　　

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From kameyama ＠ pccluster.org  Thu Mar  4 11:03:39 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Thu, 04 Mar 2004 11:03:39 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] root password
In-Reply-To: Your message of "Thu, 04 Mar 2004 11:02:49 JST."
             <40468E49.1030501@webgroup.co.jp>
Message-ID: <20040304020106.D625C12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

日本語での mail は
    score-users-jp ＠ pccluster.org
を使用してください.

In article <40468E49.1030501 ＠ webgroup.co.jp> haddock <haddock ＠ webgroup.co.jp> wrotes:
> 　　各計算ホストのroot passwordはScoreインストール直後では
> すでに追加されています。nisだけの環境ですが、nis上で
> root passwordを反映させていません。

EIT を使用した場合, compute host の root password は
server (EIT を実行した host) の root password と同じものに
設定しています.

                       from Kameyama Toyohisa


From haddock ＠ webgroup.co.jp  Thu Mar  4 11:15:33 2004
From: haddock ＠ webgroup.co.jp (haddock)
Date: Thu, 04 Mar 2004 11:15:33 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] root password
In-Reply-To: <20040304020106.D625C12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <20040304020106.D625C12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <40469145.40100@webgroup.co.jp>

亀山様


　　　　失礼いたしました。

　 server のパスワードをunshadowし、
hostの root passwordと比較してみたら
一致しました。

　rootに変身できないのはおそらく
元々server上のrootは長いパスワードを
使用していたので、nisになったとたん文字
数制限で引っかかってしまっています。

　　お騒がせしてすみません。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　haddock
kameyama ＠ pccluster.org wrote:

>亀山です.
>
>日本語での mail は
>    score-users-jp ＠ pccluster.org
>を使用してください.
>
>In article <40468E49.1030501 ＠ webgroup.co.jp> haddock <haddock ＠ webgroup.co.jp> wrotes:
>  
>
>>　　各計算ホストのroot passwordはScoreインストール直後では
>>すでに追加されています。nisだけの環境ですが、nis上で
>>root passwordを反映させていません。
>>    
>>
>
>EIT を使用した場合, compute host の root password は
>server (EIT を実行した host) の root password と同じものに
>設定しています.
>
>                       from Kameyama Toyohisa
>
>  
>



From kameyama ＠ pccluster.org  Thu Mar  4 11:19:30 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Thu, 04 Mar 2004 11:19:30 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] root password
In-Reply-To: Your message of "Thu, 04 Mar 2004 11:15:33 JST."
             <40469145.40100@webgroup.co.jp>
Message-ID: <20040304021657.7722B12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.
In article <40469145.40100 ＠ webgroup.co.jp> haddock <haddock ＠ webgroup.co.jp> wrotes:
> 　rootに変身できないのはおそらく
> 元々server上のrootは長いパスワードを
> 使用していたので、nisになったとたん文字
> 数制限で引っかかってしまっています。

そういうことでしたら, compute host で md5 が有効になっていない
ためだと思います.
(root password は NIS のものを使用していませんので...)

md5 を有効にするために, server の
    /etc/pam.d/system-auth
を compute host にコピーしてみてください.

EIT を実行した場合, server から root での rsh/rcp はできるようにして
ありますので,
    server# rcp /etc/pam.d/system-auth compute_host:/etc/pam.d
でコピーできると思います.

                       from Kameyama Toyohisa


From haddock ＠ webgroup.co.jp  Thu Mar  4 11:47:51 2004
From: haddock ＠ webgroup.co.jp (haddock)
Date: Thu, 04 Mar 2004 11:47:51 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] root password
In-Reply-To: <20040304021657.7722B12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <20040304021657.7722B12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <404698D7.7040708@webgroup.co.jp>

亀山様


　　　無理矢理にrunlevel 1 で計算ホストのパスワードを
変えてしまいました。３台しかないので楽でした。
　

　　ご親切にどうもありがとうございました。

余談ですが、現在scoreはだれによって開発されているのでしょうか。
ホームページには開発者の情報がのっていないようですが


　　　　　　　　　　　　　　　　　　　haddock　

kameyama ＠ pccluster.org wrote:

>亀山です.
>In article <40469145.40100 ＠ webgroup.co.jp> haddock <haddock ＠ webgroup.co.jp> wrotes:
>  
>
>>　rootに変身できないのはおそらく
>>元々server上のrootは長いパスワードを
>>使用していたので、nisになったとたん文字
>>数制限で引っかかってしまっています。
>>    
>>
>
>そういうことでしたら, compute host で md5 が有効になっていない
>ためだと思います.
>(root password は NIS のものを使用していませんので...)
>
>md5 を有効にするために, server の
>    /etc/pam.d/system-auth
>を compute host にコピーしてみてください.
>
>EIT を実行した場合, server から root での rsh/rcp はできるようにして
>ありますので,
>    server# rcp /etc/pam.d/system-auth compute_host:/etc/pam.d
>でコピーできると思います.
>
>                       from Kameyama Toyohisa
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>
>  
>



From moral9692 ＠ hotmail.com  Fri Mar  5 00:15:53 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Thu, 04 Mar 2004 23:15:53 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help: SCore-D Test Procedure warning
Message-ID: <Sea1-F611XuZi0me3ab00026f5f@hotmail.com>

hello everyone.I have some questions ,thank you for your kindness.

(1)  When I finished installing score and come to SCore-D Test Procedure 
,there are some warning .I run the following commands one by one:
         # /etc/rc.d/init.d/scoreboard start
	# /etc/rc.d/init.d/msgbserv start
           # export SCBDSERV sercer.pccluster.org
	# cd /opt/score/etc
	# /opt/score/deploy/mkpmethernetconf  -speed 100 -g pcc > pm-ethernet.conf
          $ msgb -group pcc & 
          $ scout -g pcc
          $ scout
         # cd /opt/score/example/mttl
         # scrun -nodes=1 ./hello
Then the output is :
SCore-D 5.6.0 connected.
<0> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (/opt/score/example/mttl), 
and se
t to /var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
<0:0> SCORE: One node ready.
hello, world (from node 0)

Then I run :"# scrun -nodes=2 ./hello".The result is that:

SCore-D 5.6.0 connected.
<0> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (/opt/score/example/mttl), 
and se
t to /var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
<1> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (/opt/score/example/mttl), 
and se
t to /var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
<0:0> SCORE: 2 nodes (2x1) ready.
hello, world (from node 1)
hello, world (from node 0)

And the follow commands:$ mpc++ -o hello hello.cc 
                        $ scrun -nodes=1 ./hello
                        $ scrun -nodes=4 ./hello
have the warnings as above."WARNING Unable to change directory 
(/opt/score/example/mttl), and set to /var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1."
Is this warning affect my score cluster?how can I solve it?



(2)After executing above cammands ,I start SCORE-D.
 #/bin/su -
# export SCBDSERV=`hostname`
# export PATH=$PATH:/opt/score/bin:/opt/score/sbin:/opt/score/deploy
# scout -g pcc
# scored
# cd /opt/score/example/mttl
# scrun -scored=score3,nodes=1 ./hello

Then another warning display:
 
SCore-D 5.6.0 connected (jid=2).
<0> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (/opt/score/example/mttl), 
and set to /var/scored/multiuser/session-0/jobs/jid-2.
<0:0> SCORE: One node ready.
hello, world (from node 0)

I open the directory of "/var/scored/".there are not the files of 
"/multiuser"and"/singleuser". Then I think the SCORE-D has not been 
installed on my server.I want to ask: 1.does this warning mean my SCORE-D 
has not been installed?
                      2.how can make sure my SCORE-D  has been installed?
                      3.if it has not been not installed yet,how can I 
install it?
                      4.does the SCORE-D will be only installed on 
server,but not hosts?




(3)If the warnings above are not importmant,I test the procedure of 
"Demonstrations".But the result window is only displayed on one 
host,nothing happened on the other host .
The list of what I executed and what were displayed are as follows:

[root ＠ score1 root]# xhost +
access control disabled, clients can connect from any host
[root ＠ score1 root]# scout -g pcc
SCOUT: Spawning done.
SCOUT: session started.
[root ＠ score1 root]# scrun -nodes=2 /opt/score/demo/bin/mandel
SCore-D 5.6.0 connected.
<0:0> SCORE: 2 nodes (2x1) ready.
_IceTransSocketUNIXConnect: Cannot connect to non-local host score1.ustb.cn
Warning: Tried to connect to session manager, Could not open network socket
Warning: Unable to load any usable fontset
:: -size 320x240 -re 0.000000 -im 0.000000 -radius 2.000000
end: 0 sec 163 msec 598 usec

what 's  wrong with it? I think the wrong is related to (1)and(2) 's 
warning .Doesn't it?
How can I deal with it ,and display the result window on every hosts in my 
cluster?


Greetings
                                                         yours moral
                                                          2004.3.4

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From hori ＠ swimmy-soft.com  Fri Mar  5 09:53:03 2004
From: hori ＠ swimmy-soft.com (Atsushi HORI)
Date: Fri, 5 Mar 2004 09:53:03 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] help: SCore-D Test Procedure warning
In-Reply-To: <Sea1-F611XuZi0me3ab00026f5f@hotmail.com>
References: <Sea1-F611XuZi0me3ab00026f5f@hotmail.com>
Message-ID: <3161325183.hori0000@swimmy-soft.com>

Hi,

>I open the directory of "/var/scored/".there are not the files of 
>"/multiuser"and"/singleuser". Then I think the SCORE-D has not been 
>installed on my server.I want to ask: 

>1.does this warning mean my SCORE-D has not been installed?

No. SCore-D "properly" installed. The /var/scored directory must 
exists on "compute host", not server host.

The warning message "<0> SCORE-D:WARNING Unable to change directory 
.." says that SCore-D tries to move (change) current directory to 
where the scrun command is invoked but the directory does not exists 
on the compute hosts, so SCore-D sets the current directory to the 
SCore-D working directory (/var/scored).

>(3)If the warnings above are not importmant,I test the procedure of 
>"Demonstrations".But the result window is only displayed on one 
>host,nothing happened on the other host .
>The list of what I executed and what were displayed are as follows:
>
>[root ＠ score1 root]# xhost +
>access control disabled, clients can connect from any host
>[root ＠ score1 root]# scout -g pcc
>SCOUT: Spawning done.
>SCOUT: session started.
>[root ＠ score1 root]# scrun -nodes=2 /opt/score/demo/bin/mandel
>SCore-D 5.6.0 connected.
><0:0> SCORE: 2 nodes (2x1) ready.
>_IceTransSocketUNIXConnect: Cannot connect to non-local host score1.ustb.cn
>Warning: Tried to connect to session manager, Could not open network socket
>Warning: Unable to load any usable fontset
>:: -size 320x240 -re 0.000000 -im 0.000000 -radius 2.000000
>end: 0 sec 163 msec 598 usec

This is not relevant problem to the sbove your question. I supposed 
that your X server on the server host is NOT properly configured (or 
X window server is not running).

----
Atsushi HORI
Swimmy Software, Inc.

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From kameyama ＠ pccluster.org  Fri Mar  5 09:58:48 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Fri, 05 Mar 2004 09:58:48 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Re: help: SCore-D Test Procedure warning
In-Reply-To: Your message of "Thu, 04 Mar 2004 23:15:53 JST."
             <Sea1-F611XuZi0me3ab00026f5f@hotmail.com>
Message-ID: <20040305005612.7AACA12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F611XuZi0me3ab00026f5f ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> (3)If the warnings above are not importmant,I test the procedure of 
> "Demonstrations".But the result window is only displayed on one 
> host,nothing happened on the other host .
> The list of what I executed and what were displayed are as follows:

The demonstration program displayed only one windows.
The mandel program compute using all compute ost, and display it.

> [root ＠ score1 root]# scrun -nodes=2 /opt/score/demo/bin/mandel

Please exeute the following, too:
[root ＠ score1 root]# scrun -nodes=4 /opt/score/demo/bin/mandel

And please compare both speed.

                       from Kameyama Toyohisa
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From haddock ＠ webgroup.co.jp  Fri Mar  5 10:19:20 2004
From: haddock ＠ webgroup.co.jp (haddock)
Date: Fri, 05 Mar 2004 10:19:20 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Can't start msgb
Message-ID: <4047D598.6050209@webgroup.co.jp>

みなさんこんにちは

　　　
　　　　　cluster groupをpccとし、msgb -group pcc
を実行すると下記のようなエラーがはかれています。

　　NIS onlyの環境なので、なんとなくFQDNの問題に
思えるのですが、何かよいアドバイスがあればご教授
をお願いしたいと思います。

　　　　　　　　　　　　　　　　　haddock


$scout -g pcc
SCOUT: Spawning done.
SCOUT: session started.　　　
$ msgb -group pcc
No such host group pcc





From kameyama ＠ pccluster.org  Fri Mar  5 10:54:32 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Fri, 05 Mar 2004 10:54:32 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Can't start msgb
In-Reply-To: Your message of "Fri, 05 Mar 2004 10:19:20 JST."
             <4047D598.6050209@webgroup.co.jp>
Message-ID: <20040305015156.7F66712894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <4047D598.6050209 ＠ webgroup.co.jp> haddock <haddock ＠ webgroup.co.jp> wrotes:
> 　　　　　cluster groupをpccとし、msgb -group pcc
> を実行すると下記のようなエラーがはかれています。
> 
> $scout -g pcc
> SCOUT: Spawning done.
> SCOUT: session started.　　　
> $ msgb -group pcc
> No such host group pcc

scout で group が使用できていることから考えて
hostname 関係の問題ではないような気がします.
まず, msgb 自体の問題かどうかを切り分けるために...

1. scout の 外で
      % msgb -group pcc
   を行った場合, 成功するでしょうか?
2. scout 内で
      % scorehosts pcc
   を行った場合はどうなるでしょうか?

もし 1. が成功で 2. が失敗のとき, scout の中と外で
環境変数 SCBDSERV の値を見てください.
scout を起動すると, .bashrc などを読み直しますので,
手動で環境変数をいじると値が異なっている可能性があります.

                       from Kameyama Toyohisa


From haddock ＠ webgroup.co.jp  Fri Mar  5 11:33:01 2004
From: haddock ＠ webgroup.co.jp (haddock)
Date: Fri, 05 Mar 2004 11:33:01 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Can't start msgb
In-Reply-To: <20040305015156.7F66712894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <20040305015156.7F66712894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <4047E6DD.8040806@webgroup.co.jp>

亀山様


　　　　　ご返事をありがとうございます。


>
>1. scout の 外で
>      % msgb -group pcc
>   を行った場合, 成功するでしょうか?
>

　　失敗します。
　　$ msgb -group pcc
　　No such host group pcc

>2. scout 内で
>      % scorehosts pcc
>   を行った場合はどうなるでしょうか?
>

$ scorehosts pcc
WARNING: ai00.webgroup.co.jp is not an official name.
WARNING: ai01.webgroup.co.jp is not an official name.
WARNING: ai02.webgroup.co.jp is not an official name.
ai00.webgroup.co.jp ai01.webgroup.co.jp ai02.webgroup.co.jp
3 hosts found.


手動で環境変数を変えておらず、.bashrcの中に
SCBDSERV=ai　export SCBDSERVと定義しております。
officialnameを実行してもaiとでてきます。

$telnet ai 8764
Trying 172.30.130.13...
Connected to ai (172.30.130.13).
Escape character is '^]'.
host
HOST 3 ai00 ai01 ai02

$scbinfo msgbserv
セグメンテーション違反です

$ scbutil msgbserv
ai:8764
1 values found.
$ scbutil msgbserv --v
ai:8764
ai00.webgroup.co.jp
ai01.webgroup.co.jp
ai02.webgroup.co.jp
1 values, 3 records found.

Scoreをはじめて３日目なので初歩的な質問ばかりですみません。


　　　　　　　　　　　　　　　　　　haddock





From kameyama ＠ pccluster.org  Fri Mar  5 12:00:25 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Fri, 05 Mar 2004 12:00:25 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Can't start msgb
In-Reply-To: Your message of "Fri, 05 Mar 2004 11:33:01 JST."
             <4047E6DD.8040806@webgroup.co.jp>
Message-ID: <20040305025749.39F3012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <4047E6DD.8040806 ＠ webgroup.co.jp> haddock <haddock ＠ webgroup.co.jp> wrotes:
> $ scorehosts pcc
> WARNING: ai00.webgroup.co.jp is not an official name.
> WARNING: ai01.webgroup.co.jp is not an official name.
> WARNING: ai02.webgroup.co.jp is not an official name.

この WARNING が悪さをしているようです.
msgb は scorehosts の出力を使用しているのですが,
scorehosts は scorehosts.db でかかれた hostname が official name

NIS only ということなので, NIS の場合を書きます.
NIS の hosts ファイルの最初にかかれている hostname が
officialname になります.
たとえば, hosts ファイルに
    172.30.130.13	ai ai.webgroup.co.jp
とかかれていれば, ai が officialname に
    172.30.130.13	ai.webgroup.co.jp ai
とかかれていれば. ai.webgroup.co.jp が officialname になります.

scorehosts.db の名前を, この official name に変更しなければ
いけないのですが, SCore 5.6.x ですと, official name が
FQDN でないと, (厳密には, "." が含まれていないと)
うまく立ち上がらないようです.
ですので, officialname を scorehosts.db の記述に合わせることができれば
それがもっとも望ましいと思います.

msgb だけであれば, msgb 内の scorehosts を
-q オプションをつけて起動するようにすればなんとかなりそうですが,
そのほかのコマンドで影響がでそうな...

                       from Kameyama Toyohisa


From moral9692 ＠ hotmail.com  Fri Mar  5 17:52:23 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Fri, 05 Mar 2004 16:52:23 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help: SCore-D Test Procedure warning
Message-ID: <Sea1-F97z1enAqpfkNs0002ae71@hotmail.com>

hello, thank you for your kindness.

You said :"
No. SCore-D "properly" installed. The /var/scored directory must 
exists on "compute host", not server host."

It can't change the directory.But as what you said ,can I think what you 
said means there is nothing wrong and  my  score run correctly?

Greetings 
                                                 yours moral
                                                 2004.3.5

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From kameyama ＠ pccluster.org  Fri Mar  5 18:13:56 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Fri, 05 Mar 2004 18:13:56 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] help: SCore-D Test Procedure warning
In-Reply-To: Your message of "Fri, 05 Mar 2004 16:52:23 JST."
             <Sea1-F97z1enAqpfkNs0002ae71@hotmail.com>
Message-ID: <20040305091119.592C612894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F97z1enAqpfkNs0002ae71 ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> You said :"
> No. SCore-D "properly" installed. The /var/scored directory must 
> exists on "compute host", not server host."
> 
> It can't change the directory.But as what you said ,can I think what you 
> said means there is nothing wrong and  my  score run correctly?

Yes.
score runs correctly.
If you want to remove this messasge,
please change directory to your home directory,
(probably, this directory is shares server host and compute hosts.)
and execute "scrun" comand on the directory.

                       from Kameyama Toyohisa
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From moral9692 ＠ hotmail.com  Fri Mar  5 21:25:26 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Fri, 05 Mar 2004 20:25:26 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help:System Test of Demonstrations  errors
Message-ID: <Sea1-F253IbiUltPqXU0002bc86@hotmail.com>

hello! Due to your help ,I will complete installing score soon.

now I have some questions about "System Test of Demonstrations".
First I run the following command one after anoter:
# /etc/rc.d/init.d/scoreboard restart
# /etc/rc.d/init.d/msgbserv restart
# export SCBDSERV=score1.ustb.cn
# cd /opt/score/etc
# /opt/score/deploy/mkpmethernetconf -speed 100 -g pcc > pm-ethernet
# scorehosts -l -g pcc
# sceptic -v -g pcc
# msgb -group pcc &
all of these command were executed correctly.

(1)
Then I start "System Test of Demonstrations ".
# xhost +score1.ustb.cn                 (score1.ustb.cn is my cluster 
server)
   score1.ustb.cn being added to access control list
# xhost +
   access control disabled, clients can connect from any host
# scout -g pcc
    SCOUT: Spawning done.
    SCOUT: session started.
# scout                  (I have two compute hosts named score2.ustb.cn 
score3.ustb.cn)
  [score2-3]: 
  SCOUT(5.6.0): Ready.

Then I run "# scrun -nodes=2 /opt/score/demo/bin/mandel" .The result 
displayed is :
"
SCore-D 5.6.0 connected.
<0:0> SCORE: 2 nodes (2x1) ready.
_IceTransSocketUNIXConnect: Cannot connect to non-local host score1.ustb.cn
Warning: Tried to connect to session manager, Could not open network socket
Warning: Unable to load any usable fontset
:: -size 320x240 -re 0.000000 -im 0.000000 -radius 2.000000
end: 0 sec 163 msec 598 usec
"
and the " Demonstrations  window" is displayed on the compute host of 
score2.ustb.cn.But on the compute host of score3.ustb.cn ,nothing have 
displayed.


Then I execute :"# scrun -nodes=2,scored=score3.ustb.cn 
/opt/score/demo/bin/mandel".The result is :
"
FEP: Unable to connect with SCore-D (score3.ustb.cn)
SCore-D 5.6.0 connected.
<0> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (/opt/score/etc), and set to 
/var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
<1> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (/opt/score/etc), and set to 
/var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
<0:0> SCORE: 2 nodes (2x1) ready.
_IceTransSocketUNIXConnect: Cannot connect to non-local host score1.ustb.cn
Warning: Tried to connect to session manager, Could not open network socket
Warning: Unable to load any usable fontset
:: -size 320x240 -re 0.000000 -im 0.000000 -radius 2.000000
end: 0 sec  82 msec  47 usec
<0:0> ULT: Exception Signal (1)

"


(2)
After that ,I try test of "Mandelbrot using MPICH-SCore".
I run "# mpirun -np 2 /opt/score/demo/bin/pmandel" on my server. the result 
is as follows:
"
SCore-D 5.6.0 connected.
<0> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (/opt/score/etc), and set to 
/var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
<1> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (/opt/score/etc), and set to 
/var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
<0:0> SCORE: 2 nodes (2x1) ready.
Xlib: connection to "score2.ustb.cn:0.0" refused by server
Xlib: No protocol specified

Xlib: connection to "score2.ustb.cn:0.0" refused by server
Xlib: No protocol specified

Xlib: connection to "score2.ustb.cn:0.0" refused by server
Xlib: No protocol specified

Xlib: connection to "score2.ustb.cn:0.0" refused by server
Xlib: No protocol specified

Xlib: connection to "score2.ustb.cn:0.0" refused by server
Xlib: No protocol specified

One or more processes could not connect
to the display.  Exiting.

Could not open display
Failed to connect to score2.ustb.cn:0 from score3.ustb.cn

"

These are problem which I came to.Can you tell me how can I solve it ,and 
how can I configure it correctly? By the way ,my system is redhat7.3 and I 
have one server host and two compute hosts.

Greetings 
                                                 yours moral
                                                 2004.3.5

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免?下? MSN Explorer:   http://explorer.msn.com/lccn/  

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From diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp  Sat Mar  6 19:37:35 2004
From: diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp (Ｐ.D)
Date: Sat, 6 Mar 2004 19:37:35 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
In-Reply-To: <20040303.183002.304100181.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>
Message-ID: <20040306103735.96890.qmail@web705.mail.yahoo.co.jp>

住元様

いつもお世話になります琉球大学の駒澤です。
お返事遅れてしまいまして大変申し訳ありません。

> 1) MPICHとの性能差はどれくらいでしょう?
に関しましては姫野ベンチマークで
$./paramset M 1 1 4
と設定をしまして4台同士で計った結果
MPICH：512.3MFlops
SCore:467.2MFlops
の差がでてきます。

> 2)そのアプリケーションはNFS経由でデータを大量に書き出
し
>てますか?
に関しましては自分で作った数値計算でただのMPIプログラム
で
しすのでそこまで大量のデータの送受信は行っていないと思う
のですが。一回の送受信で多い時で1000個のデータ程度です。

> 3)重複しての確認になるかも知れませんが、NICの種類とデ
バ
>イスドライバのバージョンを教えてください。
に関しましては
・CPU：Pentium IV2.66GHz
・メモリ:DDR512-2100-2.5(OEM)512MB 
・マザーボード：GA-8SG667,SiS 648 chipset(GIGABYTE)
・NIC：FA310TX REV-D2(NETGEAR)
・MPICH環境：1.2.5.2
・SCore環境:5.6.0
という環境でおこなっています
あれから少し自分なりに姫野ベンチを用いて解析を行ってみた
のですがMPICHとSCoreのMFlops数の伸びがMPICHは台数を増や
すにつれ落ちているのに比べSCoreは一定の伸びを見せており
ます。このことからMPICHはある程度の台数で頭打ちになって
しまいSCoreの利点は台数を増やしていった時にみえてくるの
ではと考えられます。この点はいかがでしょうか。
また、NPBをベンチマークとしてとろうとしたのですが
例えばlu.2.Aを生成しようと考えた場合エラーが出てきて
しまいます。
方法*******************************************
cd NPB2.4.1/NPB2.4-MPI/config
make.defをコピーで作成し以下のように設定を変更
MPIF77		=/opt/score/bin/mpif77
FLINK		=/opt/score/bin/mpif77
MPICC		=/opt/score/bin/mpicc
CLINK		=/opt/score/bin/mpicc
その後makeします。
$make LU NPROCS=2 CLASS=A
しかし、/NPB2.4-MPI/LU/init_comm.oにエラーがあると
言われてしまいます。
何か良い解決方法があればこの点につきましても
アドバイスをいただけると大変助かります。それでは
お手数ですがなにとぞよろしくお願いいたします。
　　　　　
 ****************
 琉球大学　理学部
　　駒澤　孝美
 ****************




From viruscan ＠ dlut.edu.cn  Sun Mar  7 11:11:42 2004
From: viruscan ＠ dlut.edu.cn (=?iso-2022-jp?b?dmlydXNjYW4gGyRCIXcbKEIgZGx1dC5lZHUuY24=?=)
Date: Sun, 07 Mar 2004 10:11:42 +0800
Subject: [SCore-users-jp] Virus in mail from you.
Message-ID: <20040307021142.9AA62214FCD@maila.dlut.edu.cn>

Our virus checker has found potentially malicious code in a mail by
you. Delivery has been stopped. For further questions, please contact
viruscan ＠ dlut.edu.cn.

	                  Network Center
			  Dalian Unviersity of Technology, China

厘断議押蕎殊霞罷周窟?低窟僕議喨周淫根辛嬬議押蕎賜具吭旗鷹。緩喨周議
誘弓厮将瓜鋤峭。泌惚低嗤諒籾?萩才 viruscan ＠ dlut.edu.cn 選狼。

                          寄銭尖垢寄僥利大嶄伉

The recipient(s) for this message were:
緩喨周議辺佚繁葎:
ygh ＠ dlut.edu.cn


The message has been quarantined as 404a84de-6b27.


CLAM Anti Virus found:
 Worm.SomeFool.Gen-2

------------------------------------------------------------------------
Message headers follow:
Return-Path: <score-users-jp ＠ pccluster.org>
Received: from dlut.edu.cn (unknown [202.118.74.249])
	by maila.dlut.edu.cn (Postfix) with ESMTP id 581FF213F43
	for <ygh ＠ dlut.edu.cn>; Sun,  7 Mar 2004 10:11:40 +0800 (CST)
From: score-users-jp ＠ pccluster.org
To: ygh ＠ dlut.edu.cn
Subject: private?
Date: Sun, 7 Mar 2004 10:15:15 +0800
MIME-Version: 1.0
Content-Type: multipart/mixed;
	boundary="----=_NextPart_000_0006_0000361B.00000D78"
X-Priority: 3
X-MSMail-Priority: Normal
Message-Id: <20040307021140.581FF213F43 ＠ maila.dlut.edu.cn>
X-Spam-Checker-Version: SpamAssassin 2.63 (2004-01-11) on maila
X-Spam-Status: No, hits=-0.1 required=5.0 tests=BAYES_00,MICROSOFT_EXECUTABLE,
	MISSING_MIMEOLE,MSGID_FROM_MTA_SHORT,NO_REAL_NAME,PRIORITY_NO_NAME 
	autolearn=no version=2.63
X-Spam-Level: 


From moral9692 ＠ hotmail.com  Sun Mar  7 15:47:07 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Sun, 07 Mar 2004 14:47:07 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help: problems of installing PBS
Message-ID: <Sea1-F171UMu80n3uxe00030ae7@hotmail.com>

Hello!

   I have some questions when I installed PBS.The procedure I install PBS 
is as follows:

   (First) I create a file named"/opt/score/etc/pbs_server_name"on every 
computers in my cluster and wrote "score1.ustb.cn" in it(it is my server 's 
name).

   (Second) I run:"# cd /opt/score/install
	      # ./pbs_mkdirs aux server
	   # cp dedicated_time holidays resource_group sched_config \
	    /var/scored/pbs/sched_priv
              % /opt/score/sbin/scbd2pbs pcc > 
/var/scored/pbs/server_priv/nodes

   In this step,I didn't have "/sched_priv "and "/server_priv/nodes" 
directory .I created it myself.

   (Third) I run command on my compute hosts:score2.ustb.cn and 
score3.ustb.cn by
               # /opt/score/install/pbs_mkdirs aux mom
           then I create "mom_priv/config"file by hand and wrote "
           $logevent 0x1ff
	$clienthost score1.ustb.cn
           "  in the file
   (Fourth) I go back to my server:score1.ustb.cn and create 
"mom_priv/config " by hand .then I wrote "
          $logevent 0x1ff
	$clienthost score1.ustb.cn
	$clienthost score2.ustb.cn
           $clienthost score3.ustb.cn
     " in this file.

   (Fifth) I initiated PBS on my every computers
         I run "% su
	# /etc/rc.d/init.d/pbs_mom start
           " on both my server and compute hosts.
    then the problem appear.
        On compute hosts ,the result is :"starting pbs_mom:pbs_mom:is not 
installed."
        On server  hosts ,the result is :"starting pbs_mom: failed"

why did this problem happen? how can I solve it?
if pbs_mom really has not been installed on compute hosts ,how can I 
install it ?
why did my server fail to start pbs_mom after I have installed PBS on the 
server?
why so many directories I must create it myself,such as"mom_priv 
","/server_priv"and "sched_priv"?Do you think there maybe something wrong?

Greetings
                                                  yours moral
                                                  2004.3.7

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From moral9692 ＠ hotmail.com  Sun Mar  7 17:13:07 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Sun, 07 Mar 2004 16:13:07 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help : I can't mount after updating kernel from linux2.4.18 to linux 2.4.21
Message-ID: <Sea1-F1554Y7HpVUaUj00030ee8@hotmail.com>

hello ! Thank you for your help .
  
     I have a question about command "mount" .When I install score on my 
compute hosts,I update the kernel of the linux from linux2.4.18 to linux 
2.4.21.But after that ,I can't use command of "mount" to mount all 
device?Especially I can't mount my cd-rom.It take a lot of trouble to me 
.Someone tell me it is because the kernel configuration.But I can't make 
sure it.
     How can solve it ? If it is due to kernel configuration,how can I 
configure it correctly?
 
Greetings
                                                                   yours 
moral
                                                                    2004.3.7

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From kameyama ＠ pccluster.org  Mon Mar  8 09:41:44 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Mon, 08 Mar 2004 09:41:44 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Re: help : I can't mount after updating kernel from linux2.4.18 to linux 2.4.21
In-Reply-To: Your message of "Sun, 07 Mar 2004 16:13:07 JST."
             <Sea1-F1554Y7HpVUaUj00030ee8@hotmail.com>
Message-ID: <20040308003858.A316312894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F1554Y7HpVUaUj00030ee8 ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
>      I have a question about command "mount" .When I install score on my 
> compute hosts,I update the kernel of the linux from linux2.4.18 to linux 
> 2.4.21.But after that ,I can't use command of "mount" to mount all 
> device?

How do you update kernel?
By the SCore rpm?
Or By the hand?
If you don't know how to update, please tell me to following command's output:
    % uname -a

Is the CD-ROM device (or other unmounted device) connected by IDE?
Or SCSI?

                       from Kameyama Toyohisa
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From kameyama ＠ pccluster.org  Mon Mar  8 10:06:02 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Mon, 08 Mar 2004 10:06:02 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Re: help: problems of installing PBS
In-Reply-To: Your message of "Sun, 07 Mar 2004 14:47:07 JST."
             <Sea1-F171UMu80n3uxe00030ae7@hotmail.com>
Message-ID: <20040308010317.13DEE12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F171UMu80n3uxe00030ae7 ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
> 	# /etc/rc.d/init.d/pbs_mom start
>            " on both my server and compute hosts.
>     then the problem appear.
>         On compute hosts ,the result is :"starting pbs_mom:pbs_mom:is not 
> installed."
>         On server  hosts ,the result is :"starting pbs_mom: failed"
> 
> why did this problem happen? how can I solve it?
> if pbs_mom really has not been installed on compute hosts ,how can I 
> install it ?

pbs_mom is in /opt/score/pbs/`config.nickname`/sbin/ on the server host.
Please copy following files on the compute hosts:
    /opt/score/pbs/`config.nickname`/sbin/pbs_mom
    /opt/score/pbs/`config.nickname`/sbin/pbs_rcp
    /opt/score/pbs/`config.nickname`/bin/chk_tree

> why did my server fail to start pbs_mom after I have installed PBS on the 
> server?

Please check:
    /var/scored/pbs/mom_priv/mom_logs

> why so many directories I must create it myself,such as"mom_priv 
> ","/server_priv"and "sched_priv"?Do you think there maybe something wrong?

These  directories are create by pbs_mkdirs command.
Please check the command.
source file is following:
   score-src/program/pbs/src/buildutils/pbs_mkdirs.in

                       from Kameyama Toyohisa
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From kameyama ＠ pccluster.org  Mon Mar  8 10:43:26 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Mon, 08 Mar 2004 10:43:26 +0900
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
In-Reply-To: Your message of "Sat, 06 Mar 2004 19:37:35 JST."
             <20040306103735.96890.qmail@web705.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <20040308014040.EA69612894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <20040306103735.96890.qmail ＠ web705.mail.yahoo.co.jp> "Ｐ.D" <diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp> wrotes:
> > 3)重複しての確認になるかも知れませんが、NICの種類とデ
> バ
> >イスドライバのバージョンを教えてください。
> に関しましては
> ・CPU：Pentium IV2.66GHz
> ・メモリ:DDR512-2100-2.5(OEM)512MB 
> ・マザーボード：GA-8SG667,SiS 648 chipset(GIGABYTE)
> ・NIC：FA310TX REV-D2(NETGEAR)

関係ないかもしれません, Web を探したら,
    http://www.procyon.org/linux/files.html
というページをみつけました.
    実は互換チップ（Lite-On 82C168）を積んでいて MAC アドレスが正しく認識されません。
という記述があり, SCore で使用している kernel にも該当部分が
あるようなのですが, EIT で install できているのでしたら問題ないはずですが...

> また、NPBをベンチマークとしてとろうとしたのですが
> 例えばlu.2.Aを生成しようと考えた場合エラーが出てきて
> しまいます。
> 方法*******************************************
> cd NPB2.4.1/NPB2.4-MPI/config
> make.defをコピーで作成し以下のように設定を変更
> MPIF77		=/opt/score/bin/mpif77
> FLINK		=/opt/score/bin/mpif77
> MPICC		=/opt/score/bin/mpicc
> CLINK		=/opt/score/bin/mpicc
> その後makeします。
> $make LU NPROCS=2 CLASS=A
> しかし、/NPB2.4-MPI/LU/init_comm.oにエラーがあると
> 言われてしまいます。

具体的にエラーメッセージがわかれば原因がわかると思いますが...
FMPI_INC, FMPI_LIB などがそのまま -I/usr/local/include ...
のようなものが残っていて, そこにほかの mpi の header file などが残っていると
そのバージョンの MPI library を使用しようとするかもしれません.
このあたりは空白にしておいて mpif77/mpicc に任せておくのが無難だと思います.
あと. RAND は randi8 だとうまく動かなくて,
randdp に変更しておく必要があったと思います.

                       from Kameyama Toyohisa


From moral9692 ＠ hotmail.com  Mon Mar  8 13:08:12 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Mon, 08 Mar 2004 12:08:12 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help:PBS problem
Message-ID: <Sea1-F127HHNWRzSmHW000361e2@hotmail.com>

hello,thank you for your responding.

      why did the command of "./pbs_mkdirs aux server" create no directory 
on my server after it was run.

Greetings
                      moral

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From haddock ＠ webgroup.co.jp  Mon Mar  8 15:38:30 2004
From: haddock ＠ webgroup.co.jp (haddock)
Date: Mon, 08 Mar 2004 15:38:30 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Can't start msgb
In-Reply-To: <20040305025749.39F3012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <20040305025749.39F3012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <404C14E6.8020504@webgroup.co.jp>

亀山様


　　　ご教授の通りでした。

　　ありがとうございました。


　　　　　　　　　　　　　　　haddoc

kameyama ＠ pccluster.org wrote:

>亀山です.
>
>In article <4047E6DD.8040806 ＠ webgroup.co.jp> haddock <haddock ＠ webgroup.co.jp> wrotes:
>  
>
>>$ scorehosts pcc
>>WARNING: ai00.webgroup.co.jp is not an official name.
>>WARNING: ai01.webgroup.co.jp is not an official name.
>>WARNING: ai02.webgroup.co.jp is not an official name.
>>    
>>
>
>この WARNING が悪さをしているようです.
>msgb は scorehosts の出力を使用しているのですが,
>scorehosts は scorehosts.db でかかれた hostname が official name
>
>NIS only ということなので, NIS の場合を書きます.
>NIS の hosts ファイルの最初にかかれている hostname が
>officialname になります.
>たとえば, hosts ファイルに
>    172.30.130.13	ai ai.webgroup.co.jp
>とかかれていれば, ai が officialname に
>    172.30.130.13	ai.webgroup.co.jp ai
>とかかれていれば. ai.webgroup.co.jp が officialname になります.
>
>scorehosts.db の名前を, この official name に変更しなければ
>いけないのですが, SCore 5.6.x ですと, official name が
>FQDN でないと, (厳密には, "." が含まれていないと)
>うまく立ち上がらないようです.
>ですので, officialname を scorehosts.db の記述に合わせることができれば
>それがもっとも望ましいと思います.
>
>msgb だけであれば, msgb 内の scorehosts を
>-q オプションをつけて起動するようにすればなんとかなりそうですが,
>そのほかのコマンドで影響がでそうな...
>
>                       from Kameyama Toyohisa
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>SCore-users-jp mailing list
>SCore-users-jp ＠ pccluster.org
>http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users-jp
>
>  
>



From diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp  Mon Mar  8 16:51:16 2004
From: diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp (Ｐ.D)
Date: Mon, 8 Mar 2004 16:51:16 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
In-Reply-To: <20040308014040.EA69612894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <20040308075116.64609.qmail@web701.mail.yahoo.co.jp>

亀山様

琉球大学の駒澤です。
お返事ありがとうございました。

> FMPI_INC, FMPI_LIB などがそのまま
> -I/usr/local/include ...
> のようなものが残っていて, そこにほかの mpi の header
> file などが残っていると
> そのバージョンの MPI library
> を使用しようとするかもしれません.
> このあたりは空白にしておいて mpif77/mpicc
> に任せておくのが無難だと思います.

とアドバイスの通り行いましたところ、lu.2.Aを作成すること
が出来ました。また、能力の差について等は

>     http://www.procyon.org/linux/files.html
> というページをみつけました.

を参考させていただきます。
また、何かありましたらアドバイス等よろしくお願いいたしま
す。本当にありがとうございました。
　　　　　　　　　　　　　　　駒澤


From hnsyljiajia ＠ hotmail.com  Wed Mar 10 12:58:34 2004
From: hnsyljiajia ＠ hotmail.com (li jia)
Date: Wed, 10 Mar 2004 11:58:34 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help: My new kernel cannot identify Ethernet !
Message-ID: <BAY9-F47Q2b2j6McHEf000715ed@hotmail.com>

   Hello everyone , I have a question to ask:
   After updating my kernel , I installed a Lenovo 10/100Mbps Fast Ethernet 
PCI Adapter in Linux 2.4.18, because the system cannot identify it , I 
install the driver by hand . After the system restart , it can identify it 
automatically now .But after I enter Linux 2.4.21 , it cannot automatically 
identify the Enthernet. Once I enter the system , I have to run : 
   # insmod tulip .
   How can I settle the problem ? Thank you !
 
Greetings!
         
                                                                            
hnsyljiajia
                                                                            
 
                                                                            
   10/3/04

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SCore-users ＠ pccluster.org
http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users


From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar 10 13:19:43 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 10 Mar 2004 13:19:43 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] help: My new kernel cannot identify Ethernet !
In-Reply-To: Your message of "Wed, 10 Mar 2004 11:58:34 JST."
             <BAY9-F47Q2b2j6McHEf000715ed@hotmail.com>
Message-ID: <20040310041651.9301E12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <BAY9-F47Q2b2j6McHEf000715ed ＠ hotmail.com> "li jia" <hnsyljiajia ＠ hotmail.com> wrotes:
>    After updating my kernel , I installed a Lenovo 10/100Mbps Fast Ethernet 
> PCI Adapter in Linux 2.4.18, because the system cannot identify it , I 
> install the driver by hand . After the system restart , it can identify it 
> automatically now .But after I enter Linux 2.4.21 , it cannot automatically 
> identify the Enthernet. Once I enter the system , I have to run : 
>    # insmod tulip .
>    How can I settle the problem ? Thank you !

The device driver must be installed by kernel version.
If you install the driver on 2.4.18, and you don't install on 2.4.21,
you must install the driver on 2.4.21, too.

                       from Kameyama Toyohisa
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From tyokoi ＠ jodco.co.jp  Wed Mar 10 13:24:14 2004
From: tyokoi ＠ jodco.co.jp (Takeshi Yokoi)
Date: Wed, 10 Mar 2004 13:24:14 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help: My new kernel cannot identify
 Ethernet !
In-Reply-To: <BAY9-F47Q2b2j6McHEf000715ed@hotmail.com>
References: <BAY9-F47Q2b2j6McHEf000715ed@hotmail.com>
Message-ID: <404E986E.4050901@jodco.co.jp>

Hi

Just check your /etc/modules.conf .
That likes following,

alias eth0 tulip

takeshi
li jia wrote:

> Hello everyone , I have a question to ask:
> After updating my kernel , I installed a Lenovo 10/100Mbps Fast
> Ethernet PCI Adapter in Linux 2.4.18, because the system cannot
> identify it , I install the driver by hand . After the system restart
> , it can identify it automatically now .But after I enter Linux 2.4.21
> , it cannot automatically identify the Enthernet. Once I enter the
> system , I have to run : # insmod tulip .
> How can I settle the problem ? Thank you !
>
> Greetings!
> hnsyljiajia
>
> 10/3/04
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From s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp  Wed Mar 10 14:05:07 2004
From: s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp (Shinji Sumimoto)
Date: Wed, 10 Mar 2004 14:05:07 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
In-Reply-To: <20040306103735.96890.qmail@web705.mail.yahoo.co.jp>
References: <20040303.183002.304100181.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>
	<20040306103735.96890.qmail@web705.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <20040310.140507.596525675.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>

駒澤さま

富士通研の住元です。

From: "Ｐ.D" <diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp>
Subject: Re: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
Date: Sat, 6 Mar 2004 19:37:35 +0900 (JST)
Message-ID: <20040306103735.96890.qmail ＠ web705.mail.yahoo.co.jp>

diver_oct1981> 住元様
diver_oct1981> 
diver_oct1981> いつもお世話になります琉球大学の駒澤です。
diver_oct1981> お返事遅れてしまいまして大変申し訳ありません。
diver_oct1981> 
diver_oct1981> > 1) MPICHとの性能差はどれくらいでしょう?
diver_oct1981> に関しましては姫野ベンチマークで
diver_oct1981> $./paramset M 1 1 4
diver_oct1981> と設定をしまして4台同士で計った結果
diver_oct1981> MPICH：512.3MFlops
diver_oct1981> SCore:467.2MFlops
diver_oct1981> の差がでてきます。

diver_oct1981> 
diver_oct1981> > 2)そのアプリケーションはNFS経由でデータを大量に書き出
diver_oct1981> し
diver_oct1981> >てますか?
diver_oct1981> に関しましては自分で作った数値計算でただのMPIプログラム
diver_oct1981> で
diver_oct1981> しすのでそこまで大量のデータの送受信は行っていないと思う
diver_oct1981> のですが。一回の送受信で多い時で1000個のデータ程度です。
diver_oct1981> 
diver_oct1981> > 3)重複しての確認になるかも知れませんが、NICの種類とデ
diver_oct1981> バ
diver_oct1981> >イスドライバのバージョンを教えてください。
diver_oct1981> に関しましては
diver_oct1981> ・CPU：Pentium IV2.66GHz
diver_oct1981> ・メモリ:DDR512-2100-2.5(OEM)512MB 
diver_oct1981> ・マザーボード：GA-8SG667,SiS 648 chipset(GIGABYTE)
diver_oct1981> ・NIC：FA310TX REV-D2(NETGEAR)
diver_oct1981> ・MPICH環境：1.2.5.2
diver_oct1981> ・SCore環境:5.6.0
diver_oct1981> という環境でおこなっています
diver_oct1981> あれから少し自分なりに姫野ベンチを用いて解析を行ってみた
diver_oct1981> のですがMPICHとSCoreのMFlops数の伸びがMPICHは台数を増や
diver_oct1981> すにつれ落ちているのに比べSCoreは一定の伸びを見せており
diver_oct1981> ます。このことからMPICHはある程度の台数で頭打ちになって
diver_oct1981> しまいSCoreの利点は台数を増やしていった時にみえてくるの
diver_oct1981> ではと考えられます。この点はいかがでしょうか。

ネットワークは100BTのドライバはtulipでよろしいでしょうか?  2年前に評価
したところでは、純粋のtulipを使った場合でも2.4付属のtulip.cはあまり性
能が良くありませんでした。

そうだとすると、

maxnsend 24 
backoff 2400

の設定よりも

maxnsend 16 
backoff 3600

の方が性能が出やすいと思います。

あと、
scrun -nodes=4x1,mpi_eager=1000000 a.out
ではどうでしょうか?

SCoreのtulipドライバは性能が高く、安定して動作するようにデバイスドライ
バにいくつか修正しています。ですが、この最適化が互換チップで有効かどう
かは検証できていません。

diver_oct1981> また、NPBをベンチマークとしてとろうとしたのですが
diver_oct1981> 例えばlu.2.Aを生成しようと考えた場合エラーが出てきて
diver_oct1981> しまいます。
diver_oct1981> 方法*******************************************
diver_oct1981> cd NPB2.4.1/NPB2.4-MPI/config
diver_oct1981> make.defをコピーで作成し以下のように設定を変更
diver_oct1981> MPIF77		=/opt/score/bin/mpif77
diver_oct1981> FLINK		=/opt/score/bin/mpif77
diver_oct1981> MPICC		=/opt/score/bin/mpicc
diver_oct1981> CLINK		=/opt/score/bin/mpicc
diver_oct1981> その後makeします。
diver_oct1981> $make LU NPROCS=2 CLASS=A
diver_oct1981> しかし、/NPB2.4-MPI/LU/init_comm.oにエラーがあると
diver_oct1981> 言われてしまいます。
diver_oct1981> 何か良い解決方法があればこの点につきましても
diver_oct1981> アドバイスをいただけると大変助かります。それでは
diver_oct1981> お手数ですがなにとぞよろしくお願いいたします。
diver_oct1981> 　　　　　
diver_oct1981>  ****************
diver_oct1981>  琉球大学　理学部
diver_oct1981> 　　駒澤　孝美
diver_oct1981>  ****************
diver_oct1981> 
diver_oct1981> 
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diver_oct1981> 
diver_oct1981> 
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Shinji Sumimoto, Fujitsu Labs


From diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp  Thu Mar 11 02:39:25 2004
From: diver_oct1981 ＠ yahoo.co.jp (Ｐ.D)
Date: Thu, 11 Mar 2004 02:39:25 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] MPICH 環境と SCore 環境の比較
In-Reply-To: <20040310.140507.596525675.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>
Message-ID: <20040310173925.56483.qmail@web701.mail.yahoo.co.jp>

住元様

いつもお世話になります。
琉球大学の駒澤です。
早速のお返事ありがとうございます。
> ネットワークは100BTのドライバはtulipでよろしいでしょう
>か?
に関しましては住元様のおっしゃる通りtulipです。

>  2年前に評価
>
したところでは、純粋のtulipを使った場合でも2.4付属のtulip.c
はあまり性
> 能が良くありませんでした。
> 
> そうだとすると、
> 
> maxnsend 24 
> backoff 2400
> 
> の設定よりも
> 
> maxnsend 16 
> backoff 3600
> 
> の方が性能が出やすいと思います。
> 
> あと、
> scrun -nodes=4x1,mpi_eager=1000000 a.out
> ではどうでしょうか?
> 
この設定にして早速試してみたいと思います。
また結果が出次第、ご報告等致したいと思いますので
よろしくお願いいたします。

 ****************
  琉球大学　理学部
　駒澤　孝美
 ****************



From t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp  Thu Mar 11 14:48:25 2004
From: t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp (kimura toshinori)
Date: Thu, 11 Mar 2004 14:48:25 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] mpicc で作成したプログラムの実行時エラー
Message-ID: <20040311054825.95840.qmail@web1010.mail.yahoo.co.jp>

岡山科学技術専門学校の木村と申します。

SCoreに興味を持ち，
サーバホスト１台，計算ホスト８台，ユーザホスト１台
のシステムを作ろうとしています。
書籍「Linuxで並列処理をしよう」にしたがってインストール
しました。
次のようなプログラムをユーザホストで作りました。

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>
main(int argc,char **argv)
{
  int nprocs,rank;
  MPI_Init(&argc,&argv);
  MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&nprocs);
  MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&rank);
  printf("hello world from rank %d of %d\n",rank,nprocs);
  MPI_Finalize();
}

コンパイルは正常に行われました。

scout -g pcc
mpicc -o mpihello mpihello.c

しかしこれを実行すると次のようなwarningが出ます。

scrun ./mpihello
SCore-D 5.6.1 connected.
<0> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (root/c),
and set to /var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
<7>  SCORE-D:WARNING Unable to change directory (root/c),
and set to /var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
・・・・・・
<0:0> SCORE: 8 nodes (8x1) ready.
hello world from rank 3 of 8
hello world form rank 5 of 8
・・・・・・

WARNINGメッセージの意味は何でしょうか？
これを出なくするにはどうしたらよいのでしょうか？
よろしくお願いします。


From kameyama ＠ pccluster.org  Thu Mar 11 15:06:16 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Thu, 11 Mar 2004 15:06:16 +0900
Subject: [SCore-users-jp] mpicc で作成したプログラムの実行時エラー
In-Reply-To: Your message of "Thu, 11 Mar 2004 14:48:25 JST."
             <20040311054825.95840.qmail@web1010.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <20040311060320.4C7A812894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <20040311054825.95840.qmail ＠ web1010.mail.yahoo.co.jp> kimura toshinori <t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp> wrotes:
> 
> しかしこれを実行すると次のようなwarningが出ます。
> 
> scrun ./mpihello
> SCore-D 5.6.1 connected.
> <0> SCORE-D:WARNING Unable to change directory (root/c),
> and set to /var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
> <7>  SCORE-D:WARNING Unable to change directory (root/c),
> and set to /var/scored/singleuser/0/jobs/jid-1.
> ・・・・・・
> <0:0> SCORE: 8 nodes (8x1) ready.
> hello world from rank 3 of 8
> hello world form rank 5 of 8
> ・・・・・・
> 
> WARNINGメッセージの意味は何でしょうか？
> これを出なくするにはどうしたらよいのでしょうか？

SCore がプログラムを動かすときに, current directory を
scrun を起動した directory にしようとします.
これはプログラムから current directory のファイルをアクセスする
ことを考慮したためです.

しかし, SCore は, プログラムを compute host で動かします.
これはほとんどの場合, scrun を起動した host とは異なります.
そのため, scrun を起動した directory に変更できないことがあります.
(木村さんが実行したのがこの場合に該当します.)

そこで, SCore は scrun を起動した directory に変更できなかったとき,
SCore のために確保した directory に移動して実行しますが,
current directory のファイルをアクセスするプログラムを考慮して,
上記の WARNING を出力します.

つまり, これをださなくするためには, scrun を実行するホストと
compute host の両方にある directiory でコマンドを起動すれば
良いわけです.
また, (上記の場合は. たとえば /tmp も含まれますが,)
current directory のファイルをアクセスすることを考慮すると, /home
など, NFS で両方の host から同じファイルが見られる場所で起動することを
お薦めします.

                       from Kameyama Toyohisa


From yoshihiro551230 ＠ bc.wakwak.com  Thu Mar 11 19:49:34 2004
From: yoshihiro551230 ＠ bc.wakwak.com (Yoshihiro ISHIKAWA)
Date: Thu, 11 Mar 2004 19:49:34 +0900
Subject: [SCore-users-jp] sc_consoleコマンドを使うと例外信号が出る
Message-ID: <00fb01c40756$8aaecd30$6f501da0@airfoceone>

SCoreメーリングリストの皆様

岩手大学の石川と申します．いつもお世話になっております．

件名にあるように，sc_consoleコマンドを使ってscoredを操作
しようとすると，例外シグナルが出てしまいます．

この問題に関して原因がお分かりになりましたら，アドバイス
をお願いいたします．

具体的には，コマンドラインで，

$ sc_console cluster07

のように，コンソールを立ち上げると，scoredを立ち上げた
コンソールに

<7> ULT : Excelption Signal (11)

と出力され，SCoredが停止します．cluster07はscoreサーバです．

以上です．よろしくお願い致します．

====================================
岩手大学大学院工学研究科機械工学専攻
航空宇宙システム部門/船崎・山田研究室
修士課程１年　石川慶拓 Yoshihiro Ishikawa
mail yoshihiro551230 ＠ bc.wakwak.com
====================================




From moral9692 ＠ hotmail.com  Thu Mar 11 20:28:05 2004
From: moral9692 ＠ hotmail.com (moral moral)
Date: Thu, 11 Mar 2004 19:28:05 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] help:PM/Ethernet Test Procedure ERROR
Message-ID: <Sea1-F41Nr4zCcT7J7m0004374e@hotmail.com>

Hello!

     I had three computers before.One is the score server.The others are 
score compute hosts. They had the same hadware such as mainboard,NIC and 
practise very well as a cluster.But recently,I bought a new computer which 
has different mainboard and NIC with the three. I wanted to add the new 
computer to my cluster.Then the problem appeared.After runing "./scstest 
-network ethernet" command,it displayed "time out" error,  when I pratise 
the "PM/Ethernet Test Procedure".Forthermore,my SCORE-D can't be opened 
either.
    Do you think it is due to the different hardware between them?
    How can I solve it and make them act as a cluster? 
 
Greetings 
                                                             moral
                                                          2004.3.11

_________________________________________________________________
享用世界上最大的?子?件系?― MSN Hotmail。  http://www.hotmail.com  

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From kameyama ＠ pccluster.org  Fri Mar 12 10:10:54 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Fri, 12 Mar 2004 10:10:54 +0900
Subject: [SCore-users-jp] sc_consoleコマンドを使うと例外信号が出る
In-Reply-To: Your message of "Thu, 11 Mar 2004 19:49:34 JST."
             <00fb01c40756$8aaecd30$6f501da0@airfoceone>
Message-ID: <20040312010756.3F78012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <00fb01c40756$8aaecd30$6f501da0 ＠ airfoceone> "Yoshihiro ISHIKAWA" <yoshihiro551230 ＠ bc.wakwak.com> wrotes:
> この問題に関して原因がお分かりになりましたら，アドバイス
> をお願いいたします．
> 
> 具体的には，コマンドラインで，
> 
> $ sc_console cluster07
> 
> のように，コンソールを立ち上げると，scoredを立ち上げた
> コンソールに
> 
> <7> ULT : Excelption Signal (11)
> 
> と出力され，SCoredが停止します．cluster07はscoreサーバです．

distribution と SCore の version はいくつでしょうか?
redhat 8.0 で DNS を使用するとそのような減少がおこったことは
わかっているのですが...
(host を NIS から見たときは起こらなかったです.)

                       from Kameyama Toyohisa


From sonoda_y ＠ itg.hitachi.co.jp  Fri Mar 12 10:23:36 2004
From: sonoda_y ＠ itg.hitachi.co.jp (=?iso-2022-jp?b?c29ub2RhX3kgGyRCIXcbKEIgaXRnLmhpdGFjaGkuY28uanA=?=)
Date: Fri, 12 Mar 2004 10:23:36 +0900
Subject: [SCore-users-jp] sc_ consoleコマンドを使うと例外信号が出る
Message-ID: <200403120123.KAA09208@smgw01.itg.hitachi.co.jp.>

--GMAILSMTPBOUND01040312102345
Content-Type: text/plain; charset=ISO-2022-JP

日立製作所の園田と申します。

>> と出力され，SCoredが停止します．cluster07はscoreサーバです．
>
>distribution と SCore の version はいくつでしょうか?
>redhat 8.0 で DNS を使用するとそのような減少がおこったことは
>わかっているのですが...
>(host を NIS から見たときは起こらなかったです.)

私も同じような現象に悩まされました。
もし、Red Hat 8をお使いであれば、glibcを2.3.2-4.80.8に
アップデートしてみてください。
http://www.redhat.co.jp/support/errata/RHSA/RHSA-2003-325J.html
私の場合はそれで発生しなくなりました。

# glibcをアップデートするとopensshがcoreを吐くようになったので、
# openssh, openssl等もバージョンを上げないといけないかもしれません。

---
園田 吉英
(株)日立製作所 ソフトウェア事業部
サイエンスグリッドテクノロジセンタ
E-mail: sonoda_y ＠ itg.hitachi.co.jp

--GMAILSMTPBOUND01040312102345--


From kameyama ＠ pccluster.org  Fri Mar 12 10:35:42 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Fri, 12 Mar 2004 10:35:42 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Re: help:PM/Ethernet Test Procedure ERROR
In-Reply-To: Your message of "Thu, 11 Mar 2004 19:28:05 JST."
             <Sea1-F41Nr4zCcT7J7m0004374e@hotmail.com>
Message-ID: <20040312013243.F2E5312894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <Sea1-F41Nr4zCcT7J7m0004374e ＠ hotmail.com> "moral moral" <moral9692 ＠ hotmail.com> wrotes:
>      I had three computers before.One is the score server.The others are 
> score compute hosts. They had the same hadware such as mainboard,NIC and 
> practise very well as a cluster.But recently,I bought a new computer which 
> has different mainboard and NIC with the three. I wanted to add the new 
> computer to my cluster.Then the problem appeared.After runing "./scstest 
> -network ethernet" command,it displayed "time out" error,  when I pratise 
> the "PM/Ethernet Test Procedure".Forthermore,my SCORE-D can't be opened 
> either.

At first PM/ethernet can use on new host.
    % rpminit newhost ethernet
If any message is outputed, please look at this message.

Please test point to point test about new host.
To get hostnumber, Please look at pm-ethernet config file.
Fpr example:
    0	00:00:00:00:00:00 oldhost1
    1	00:00:00:00:00:01 oldhost2
    2	00:00:00:00:00:02 newhost
The host number of newhost is 2.
And please run pmtest on newhost:
    % rpmtest newhost ethernet -reply
And ping from oldhost to newhost (host number 2).
    % rpmtest oldhost1 ethernet -dest 2 -ping
    % rpmtest oldhost2 ethernet -dest 2 -ping

                       from Kameyama Toyohisa
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From yoshihiro551230 ＠ bc.wakwak.com  Fri Mar 12 20:32:21 2004
From: yoshihiro551230 ＠ bc.wakwak.com (Yoshihiro ISHIKAWA)
Date: Fri, 12 Mar 2004 20:32:21 +0900
Subject: [SCore-users-jp] sc_consoleコマンドを使うと例外信号が出る
References: <20040312010756.3F78012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <015701c40825$af5e9500$6f501da0@airfoceone>

亀山様，園田様

岩手大学の石川です．

この度はアドバイスありがとうございました．
SCoreのバージョンは5.4を使っていたのですが，
近々，5.6にバージョンアップするとともに，Redhat
Linux　9.0か，FedoraCore2にしようかと考えて
おります．

glibcのバージョンの問題であれば，OSをアップデート
することで解決できるかもしれませんので，そうして
みたいと思います．

また何かあれば質問したいと思いますので，
その時はよろしくお願い致します．

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岩手大学大学院工学研究科機械工学専攻
航空宇宙システム部門/船崎・山田研究室
修士課程１年　石川慶拓 Yoshihiro Ishikawa
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From kameyama ＠ pccluster.org  Fri Mar 12 21:13:59 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Fri, 12 Mar 2004 21:13:59 +0900
Subject: [SCore-users-jp] sc_consoleコマンドを使うと例外信号が出る
In-Reply-To: Your message of "Fri, 12 Mar 2004 20:32:21 JST."
             <015701c40825$af5e9500$6f501da0@airfoceone>
Message-ID: <20040312121059.30FC012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <015701c40825$af5e9500$6f501da0 ＠ airfoceone> "Yoshihiro ISHIKAWA" <yoshihiro551230 ＠ bc.wakwak.com> wrotes:
> SCoreのバージョンは5.4を使っていたのですが，
> 近々，5.6にバージョンアップするとともに，Redhat
> Linux　9.0か，FedoraCore2にしようかと考えて
> おります．

一般的に, distribution を新しくしたから不具合が減るということでもないのですが...
SCore 5.6.1 は redhat 9 までは一応対応していますが,
Fedora には対応していません.
(Fedora Core 1 でコンパイルするには若干のソースの修正が必要でした.)

特に Fedora Core 2 はまだ正式リリースもされていませんし,
kernel が 2.6 系になるのですが, SCore はまだ kernel 2.6 に対応していません.

                       from Kameyama Toyohisa


From essb01 ＠ sse.co.jp  Mon Mar 15 18:21:35 2004
From: essb01 ＠ sse.co.jp (technical-center)
Date: Mon, 15 Mar 2004 18:21:35 +0900
Subject: [SCore-users-jp] pm-myrinet / pm-ethenet
Message-ID: <000601c40a6e$ea3c57c0$0f321eac@98NX>

住商エレクトロニクスの菅野と申します。
いつもお世話になっております。

現在、SCore5.6.1のセットアップをしているのですが、
以下がうまく動作しません。何か設定を変更する必要が
ございますでしょうか？
念のため、関係ありそうなファイルを添付します。

１．PM-Myrinet

Score5.6.1にて、PM-Myrinetのテストを動かすと、
以下のように何回かに一度は、動作するのですが、
ほとんどエラーで動作しません。

Myrinetのエンクロージャは、64ポート用で、
ボードは、M3-SW16-8Fです。ボードは、1枚のみにしたり、
8枚全てセットしたり、いろいろ試しても同様です。

lanaixp.interruptbugfix.mcp
は、所定のディレクトリにコピーし、scorehosts.dbも編集しています。
計算ノードをシャットダウン、サーバをrebootし、計算ノードを
再起動しても同様です。


# ./rpmtest comp00 myrinetxp -dest 0 -ping
8	4.16347e-06
# ./rpmtest comp00 myrinetxp -dest 0 -ping
[0] chan=0, crc=0, unknown=0, nres=0, arep=0
[0] recv: recv=0, ack=0, nack=0, write=0, wack=0, read=0, rreply=0,
discard=0
[0] recv: put_addr=16, get_addr=0
[0] recv: error=0(0), data=0:0(0) 1:0(0) 2:0(0) 3:0(0) 4:0(0) 5:0(0) 6:0(0)
7:0(0)
[0] send: send=0, ack=0, nack=0, write=0, wack=0, read=0, rreply=0,
resend=0,0
[0] send: request=0, disable=0, deactivated=0, last_write=(0, 0),
last_read=(0, 0)
[0] send: putp=1, getp=1, relp=1
[0] send: error=0(0), data=0:0(0) 1:0(0) 2:0(0) 3:0(0) 4:0(0) 5:0(0) 6:0(0)
7:0(0)
[0] retry: count=0, putp=0, getp=0, request=0

[0] reply: putp=0, getp=0, request=0

waiting ack

waiting to send

message ack info
[0] REL-MSG:(0) sack=0, rack=1, stat=8
rma ack info
pmReceive: Connection timed out(110)

２．PM-Ethernet

pm-ethernet.confファイルにて、intreapをoffにしても、計算ノードの
/procを見ると、onのままです。/etc/init.d/pm_ethernetを
直接編集して、offにすると、offになります。
pm-ethernet.confファイルの編集だけではだめなのでしょうか？

以上、宜しくお願い致します。

-------------- next part --------------
テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました...
ファイル名: pcc.tar
型:         application/octet-stream
サイズ:     10240 バイト
説明:       無し
URL:        <http://new1.pccluster.org/pipermail/score-users-jp/attachments/20040315/5b3e66ea/attachment.obj>

From david.werner ＠ iws.uni-stuttgart.de  Mon Mar 15 20:47:49 2004
From: david.werner ＠ iws.uni-stuttgart.de (David Werner)
Date: Mon, 15 Mar 2004 12:47:49 +0100
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Replacement with sparenodes
Message-ID: <20040315124749.A15632@flamingo.bauingenieure.uni-stuttgart.de>

Hello together, 

I have a question regarding the replacement with 
sparenodes.  We have in our cluster due to hardware problems 
a lot of hassle. And so we defined three nodes to be spare 
and let run via sc_watch some replacement routine. 
What now happens is that at first a one node was automatically
excluded replaced due to problem and some days later 
another node fails and again I would expect that it can be replaced. 
But this does not happen: 
The nodes which are sparenodes are node40, node41 and node42.

At first node19 failed. It was replaced by node41. 
Now node12 failed and the scored did not start through:
From syslog I get the following messages: 

	12/Mar/2004 19:58:23 SYSLOG: /opt/score/deploy/scored
	12/Mar/2004 19:58:23 SYSLOG: SCore-D 5.6.0 $Id: init.cc,v 1.69 2003/09/26 07:16:45 hori Exp $
	12/Mar/2004 19:58:23 SYSLOG: Compile option(s):
	12/Mar/2004 19:58:23 SYSLOG: SCore-D network: ethernet-x3/ethernet
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG: Cluster[0]: (0..41)x1.i386-redhat7-linux2_4.i686.1800
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG:   Memory: 1010[MB], Swap: 1028[MB], Disk: 6046[MB]
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG:   Network[0]: ethernet-x3/ethernet
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG:   Queue[1] activated, time-sharing scheduling
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG:   Queue[2] activated, time-sharing scheduling
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG: Session ID: 0
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG: Server Host: node31.cluster
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG: Backup Host: node7.cluster
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG: <27> SCore-D:WARNING Host node12.cluster is replaced by node41.cluster.
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG: <27> SCore-D:WARNING Host node41.cluster is replaced by node40.cluster.
	12/Mar/2004 19:58:24 SYSLOG: <27> SCore-D:ERROR Unable to continue session-0.


When I list the hosts with "scorehosts -g pcc -r". 
I get a list that shows me that now 
node41 is in place for node12 and node40 is in place for node19. 
This also is to me not so logical, as I would expect that 
node41 should be stay at the place of node19.
Where I deviated from the documentation is that we restart 
in a failure situation all scored daemons on the score server 
that is msgbserv, scoreboard, sc_syslog and scbcast. 
I did this because someone reported to me that sc_syslog sometimes
silently disappears when scored is restarted.
Am I wrong to restart all those daemons? (I can imagine that 
one must not restart msgbserv).
Or have I reckon with a similiar behaviour when I do not? 
That would render the use of more then one sparenode in 
many cases as useless.
I'll try to do this afternoon some tests. I only tested 
the replacement with one host before.
Any comments? 
Our scorehosts.db-file is to this mail attached.

Greetings, 
	David


-------------- next part --------------
文字コード指定の無い添付文書を保管しました...
名前: scorehosts.db
URL:  <http://new1.pccluster.org/pipermail/score-users-jp/attachments/20040315/82e99311/attachment.ksh>

From kodama.t ＠ olive.livedoor.com  Tue Mar 16 21:01:29 2004
From: kodama.t ＠ olive.livedoor.com (=?iso-2022-jp?b?a29kYW1hLnQgGyRCIXcbKEIgb2xpdmUubGl2ZWRvb3IuY29t?=)
Date: Tue, 16 Mar 2004 21:01:29 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] OpenPBSについて
Message-ID: <200403161201.i2GC1TAH053291@SMTP.MyNET.JP>

PC Cluster サポート御中

私、児玉と申します。
お世話になっております。

一つ問題点が起こってしまいましたので、ご教授ください。

問題点
OpenPBSの動作がうまくいかない。

SCore5.6.1＋RedHat7.3の構成で、SCoreクラスタを構築しております。
SCore5.6.1では、EITがOpenPBSパッケージをインストールしないため、
OpenPBSをコンパイルさせました。
インストールは終了しましたが、以下の手順で動作確認させると、





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From t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp  Tue Mar 16 21:12:19 2004
From: t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp (kimura toshinori)
Date: Tue, 16 Mar 2004 21:12:19 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] eit 計算ホスト設定時エラーと Permission エラー
Message-ID: <20040316121219.13676.qmail@web1003.mail.yahoo.co.jp>

岡山科学技術専門学校の木村と申します。
eitを用いて計算ホストをインストールしているのですが，
全ての計算ホストへのSystemの転送が終わった後，eitの画面
にてnextを押すと，ターミナル画面に
Starting pbs_mom:pbs_mom:another mom [FAILED]
と表示されています。
どこに問題が有るのでしょうか？

環境
RedHat7.3
SCore5.6.0
書籍「Linuxで並列処理をしよう」に従ってインストール

もう一つ問題が有るのですが・・・
ユーザーホストにて，
xhost +
msgb -group pcc &
scout -g pcc
とやった時点にて
Permission denied.
となります。どこに原因が有るのでしょうか？
NISの設定でしょうか？
ユーザはrootでも，kimuraでもエラーです。

ヒント的なものでもよろしいですので，よろしくお願いします
。



From kodama.t ＠ olive.livedoor.com  Tue Mar 16 21:39:43 2004
From: kodama.t ＠ olive.livedoor.com (=?iso-2022-jp?b?a29kYW1hLnQgGyRCIXcbKEIgb2xpdmUubGl2ZWRvb3IuY29t?=)
Date: Tue, 16 Mar 2004 21:39:43 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] OpenPBSについて
Message-ID: <200403161239.i2GCdhAH054402@SMTP.MyNET.JP>

This is a multi-part message in MIME format.

--SmartMail
Content-Type: text/plain;
	charset="iso-2022-jp"
Content-Transfer-Encoding: 7bit

PC Cluster サポート御中

児玉と申します。
お世話になっております。

先ほどは途中でメールを送ってしまい、申し訳御座いませんでした。
再度メールを書かせていただきますので、先ほどのメールは
破棄してください。

問題点
OpenPBSの動作がうまくいかない。

現象
OpenPBSの動作確認方法として、以下の手順を踏みました。

   #  msgb -group xxxxx (xxxxxはScoreのグループ名)
   #  cd /opt/score.image/NPB
   #  tar zxvf NPB.binary.tar.gz
   #  sc_qsub -nodes=4 cg.B.4

sc_qsubコマンドでJobを流したところ、
単に、「1: test1.test.org」という表示だけが返ってきます。
jobを流すと、実行された幾つかのノードは「赤色」に変わる
と思うのですが、ずっと「青色」のままです。

#　SCore-DやScoutなどを実行すると、実行時に「赤色」
　 に変化します。

また、qsubコマンドでシェルプログラムを実行しても、
同様の現象が見られました。

このような現象が起こってしまうのは、どこに問題があるのでしょうか。
（恐らく、どこかの設定に不備があるのではないかと思うのですが。。。）

OpenPBSをインストール方法、およびインストール後の設定ファイルを
添付いたします。

他に何か必要な情報が御座いましたら、ご連絡いただければ幸いです。


以上、よろしくお願い申し上げます。


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--SmartMail
Content-Type: text/plain;
	name="=?iso-2022-jp?B?b3BlbnBicy1pbnN0YWxsLnR4dA==?="
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: attachment;
	filename="=?iso-2022-jp?B?b3BlbnBicy1pbnN0YWxsLnR4dA==?="
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YW1lYC9wYnNfbWtkaXJzIGNsdXN0ZXItYWxsOi9vcHQvc2NvcmUvaW5zdGFsbC9iaW4uY29uZmln
Lm5pY2tuYW1lYA0KIyByY3AtYWxsIC9vcHQvc2NvcmU1LjYuMC9pbnN0YWxsL2RlZGljYXRlZF90
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Oi9vcHQvc2NvcmUvaW5zdGFsbA0KIyByY3AtYWxsIC9vcHQvc2NvcmU1LjYuMC9pbnN0YWxsL3Nj
aGVkX2NvbmZpZyBjbHVzdGVyLWFsbDovb3B0L3Njb3JlL2luc3RhbGwNCiMgL29wdC9zY29yZS9p
bnN0YWxsL3NldHVwIC1wYnNfY29tbW9uDQojIHNjb3V0IC9vcHQvc2NvcmUvaW5zdGFsbC9zZXR1
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b3V0IC9vcHQvc2NvcmUvaW5zdGFsbC9zZXR1cCAtcGJzX2NvbXANCiMgL29wdC9zY29yZS9pbnN0
YWxsL3NldHVwIC1wYnNfc2VydmVyDQoNCiMgg2aBW4OCg5OC8I3EikqCtYLcgreBQg0KDQojIHNj
b3V0IC9ldGMvcmMuZC9pbml0LmQvcGJzX21vbSBzdGFydA0KIyAvZXRjL3JjLmQvaW5pdC5kL3Bi
c19tb20gc3RhcnQNCiMgL2V0Yy9yYy5kL2luaXQuZC9wYnNfc2VydmVyIHN0YXJ0DQojIC9ldGMv
cmMuZC9pbml0LmQvcGJzX3NjaGVkIHN0YXJ0DQoNCiMgc2NvdXQggvCPSZe5grWC3IK3gUINCg0K
IyBeRA0KDQoNCg==

--SmartMail
Content-Type: text/plain;
	name="=?iso-2022-jp?B?b3BlbnBicy1zZXR0ZWkudHh0?="
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: attachment;
	filename="=?iso-2022-jp?B?b3BlbnBicy1zZXR0ZWkudHh0?="
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dXN0ZXItYWxsIHNjb3JlIA0KY2x1c3RlcjAxNy50ZXN0LmpwIAkgY2x1c3Rlci1hbGwgc2NvcmUg
DQpjbHVzdGVyMDE4LnRlc3QuanAgCSBjbHVzdGVyLWFsbCBzY29yZSANCmNsdXN0ZXIwMTkudGVz
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ZSANCmNsdXN0ZXIwMjUudGVzdC5qcCAJIGNsdXN0ZXItYWxsIHNjb3JlIA0KY2x1c3RlcjAyNi50
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LWFsbCBzY29yZSANCmNsdXN0ZXIwMjgudGVzdC5qcCAJIGNsdXN0ZXItYWxsIHNjb3JlIA0KY2x1
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CSBjbHVzdGVyLWFsbCBzY29yZSANCmNsdXN0ZXIwMzEudGVzdC5qcCAJIGNsdXN0ZXItYWxsIHNj
b3JlIA0KY2x1c3RlcjAzMi50ZXN0LmpwIAkgY2x1c3Rlci1hbGwgc2NvcmUgDQpjbHVzdGVyMDMz
LnRlc3QuanAgCSBjbHVzdGVyLWFsbCBzY29yZSANCmNsdXN0ZXIwMzQudGVzdC5qcCAJIGNsdXN0
ZXItYWxsIHNjb3JlIA0KY2x1c3RlcjAzNS50ZXN0LmpwIAkgY2x1c3Rlci1hbGwgc2NvcmUgDQpj
bHVzdGVyMDM2LnRlc3QuanAgCSBjbHVzdGVyLWFsbCBzY29yZSANCmNsdXN0ZXIwMzcudGVzdC5q
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--SmartMail--



From kodama ＠ dtc.co.jp  Tue Mar 16 22:52:30 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Tue, 16 Mar 2004 22:52:30 +0900
Subject: [SCore-users-jp] OpenPBSについて
Message-ID: <4057069E.1070508@dtc.co.jp>

児玉です。

たびたび申し訳御座いません。

先ほど添付させていただいたファイルが、文字化けを起こしているようですので、
再度、文中にてお送りいたします。

\ /opt/score/etc/pbs_server_name

[root ＠ cluster000 mom_priv]# more /opt/score/etc/pbs_server_name
cluster000.test.jp
[root ＠ cluster000 root]# scout cat /opt/score/etc/pbs_server_name
[cluster001-9,cluster010-9,cluster020-9,cluster030-9,cluster040-9,cluster050-9,cluster060-9,is
tbs070-9,cluster080-9,cluster090-9,cluster100-9,cluster110-1]:
cluster000.test.jp

\ /var/scored/spbs/server_priv/nodes (master server)

[root ＠ cluster000 mom_priv]# more /var/scored/pbs/server_priv/nodes
#
# `nodes' file for pbs_server, generated by scbd2pbs.
#
cluster001.test.jp cluster-all score
cluster002.test.jp cluster-all score
cluster003.test.jp cluster-all score
cluster004.test.jp cluster-all score
cluster005.test.jp cluster-all score
cluster006.test.jp cluster-all score
cluster007.test.jp cluster-all score
cluster008.test.jp cluster-all score
cluster009.test.jp cluster-all score
cluster010.test.jp cluster-all score
cluster011.test.jp cluster-all score
cluster012.test.jp cluster-all score
cluster013.test.jp cluster-all score
cluster014.test.jp cluster-all score
cluster015.test.jp cluster-all score
cluster016.test.jp cluster-all score
cluster017.test.jp cluster-all score
cluster018.test.jp cluster-all score
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cluster020.test.jp cluster-all score
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cluster030.test.jp cluster-all score
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cluster032.test.jp cluster-all score
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cluster050.test.jp cluster-all score
cluster051.test.jp cluster-all score
cluster052.test.jp cluster-all score
cluster053.test.jp cluster-all score
cluster054.test.jp cluster-all score
cluster055.test.jp cluster-all score
cluster056.test.jp cluster-all score
cluster057.test.jp cluster-all score
cluster058.test.jp cluster-all score
cluster059.test.jp cluster-all score
cluster060.test.jp cluster-all score
cluster061.test.jp cluster-all score
cluster062.test.jp cluster-all score
cluster063.test.jp cluster-all score
cluster064.test.jp cluster-all score
cluster065.test.jp cluster-all score
cluster066.test.jp cluster-all score
cluster067.test.jp cluster-all score
cluster068.test.jp cluster-all score
cluster069.test.jp cluster-all score
cluster070.test.jp cluster-all score
cluster071.test.jp cluster-all score
cluster072.test.jp cluster-all score
cluster073.test.jp cluster-all score
cluster074.test.jp cluster-all score
cluster075.test.jp cluster-all score
cluster076.test.jp cluster-all score
cluster077.test.jp cluster-all score
cluster078.test.jp cluster-all score
cluster079.test.jp cluster-all score
cluster080.test.jp cluster-all score
cluster081.test.jp cluster-all score
cluster082.test.jp cluster-all score
cluster083.test.jp cluster-all score
cluster084.test.jp cluster-all score
cluster085.test.jp cluster-all score
cluster086.test.jp cluster-all score
cluster087.test.jp cluster-all score
cluster088.test.jp cluster-all score
cluster089.test.jp cluster-all score
cluster090.test.jp cluster-all score
cluster091.test.jp cluster-all score
cluster092.test.jp cluster-all score
cluster093.test.jp cluster-all score
cluster094.test.jp cluster-all score
cluster095.test.jp cluster-all score
cluster096.test.jp cluster-all score
cluster097.test.jp cluster-all score
cluster098.test.jp cluster-all score
cluster099.test.jp cluster-all score
cluster100.test.jp cluster-all score
cluster101.test.jp cluster-all score
cluster102.test.jp cluster-all score
cluster103.test.jp cluster-all score
cluster104.test.jp cluster-all score
cluster105.test.jp cluster-all score
cluster106.test.jp cluster-all score
cluster107.test.jp cluster-all score
cluster108.test.jp cluster-all score
cluster109.test.jp cluster-all score
cluster110.test.jp cluster-all score
cluster111.test.jp cluster-all score

\ /var/scored/pbs/mom_priv/config (master server)

[root ＠ cluster000 mom_priv]# more /var/scored/pbs/mom_priv/config
$logevent 0x1ff
$clienthost cluster000.test.jp
$clienthost cluster001.test.jp
$clienthost cluster002.test.jp
$clienthost cluster003.test.jp
$clienthost cluster004.test.jp
$clienthost cluster005.test.jp
$clienthost cluster006.test.jp
$clienthost cluster007.test.jp
$clienthost cluster008.test.jp
$clienthost cluster009.test.jp
$clienthost cluster010.test.jp
$clienthost cluster011.test.jp
$clienthost cluster012.test.jp
$clienthost cluster013.test.jp
$clienthost cluster014.test.jp
$clienthost cluster015.test.jp
$clienthost cluster016.test.jp
$clienthost cluster017.test.jp
$clienthost cluster018.test.jp
$clienthost cluster019.test.jp
$clienthost cluster020.test.jp
$clienthost cluster021.test.jp
$clienthost cluster022.test.jp
$clienthost cluster023.test.jp
$clienthost cluster024.test.jp
$clienthost cluster025.test.jp
$clienthost cluster026.test.jp
$clienthost cluster027.test.jp
$clienthost cluster028.test.jp
$clienthost cluster029.test.jp
$clienthost cluster030.test.jp
$clienthost cluster031.test.jp
$clienthost cluster032.test.jp
$clienthost cluster033.test.jp
$clienthost cluster034.test.jp
$clienthost cluster035.test.jp
$clienthost cluster036.test.jp
$clienthost cluster037.test.jp
$clienthost cluster038.test.jp
$clienthost cluster039.test.jp
$clienthost cluster040.test.jp
$clienthost cluster041.test.jp
$clienthost cluster042.test.jp
$clienthost cluster043.test.jp
$clienthost cluster044.test.jp
$clienthost cluster045.test.jp
$clienthost cluster046.test.jp
$clienthost cluster047.test.jp
$clienthost cluster048.test.jp
$clienthost cluster049.test.jp
$clienthost cluster050.test.jp
$clienthost cluster051.test.jp
$clienthost cluster052.test.jp
$clienthost cluster053.test.jp
$clienthost cluster054.test.jp
$clienthost cluster055.test.jp
$clienthost cluster056.test.jp
$clienthost cluster057.test.jp
$clienthost cluster058.test.jp
$clienthost cluster059.test.jp
$clienthost cluster060.test.jp
$clienthost cluster061.test.jp
$clienthost cluster062.test.jp
$clienthost cluster063.test.jp
$clienthost cluster064.test.jp
$clienthost cluster065.test.jp
$clienthost cluster066.test.jp
$clienthost cluster067.test.jp
$clienthost cluster068.test.jp
$clienthost cluster069.test.jp
$clienthost cluster070.test.jp
$clienthost cluster071.test.jp
$clienthost cluster072.test.jp
$clienthost cluster073.test.jp
$clienthost cluster074.test.jp
$clienthost cluster075.test.jp
$clienthost cluster076.test.jp
$clienthost cluster077.test.jp
$clienthost cluster078.test.jp
$clienthost cluster079.test.jp
$clienthost cluster080.test.jp
$clienthost cluster081.test.jp
$clienthost cluster082.test.jp
$clienthost cluster083.test.jp
$clienthost cluster084.test.jp
$clienthost cluster085.test.jp
$clienthost cluster086.test.jp
$clienthost cluster087.test.jp
$clienthost cluster088.test.jp
$clienthost cluster089.test.jp
$clienthost cluster090.test.jp
$clienthost cluster091.test.jp
$clienthost cluster092.test.jp
$clienthost cluster093.test.jp
$clienthost cluster094.test.jp
$clienthost cluster095.test.jp
$clienthost cluster096.test.jp
$clienthost cluster097.test.jp
$clienthost cluster098.test.jp
$clienthost cluster099.test.jp
$clienthost cluster100.test.jp
$clienthost cluster101.test.jp
$clienthost cluster102.test.jp
$clienthost cluster103.test.jp
$clienthost cluster104.test.jp
$clienthost cluster105.test.jp
$clienthost cluster106.test.jp
$clienthost cluster107.test.jp
$clienthost cluster108.test.jp
$clienthost cluster109.test.jp
$clienthost cluster110.test.jp
$clienthost cluster111.test.jp

/var/scored/pbs/mom_priv/config (client server)
[root ＠ cluster000 openpbs]# scout cat /var/scored/pbs/mom_priv/config
[cluster001-9,cluster010-9,cluster020-9,cluster030-9,cluster040-9,cluster050-9,cluster060-9,
cluster070-9,cluster080-9,cluster090-9,cluster100-9,cluster110-1]:
$logevent 0x1ff
$clienthost cluster000.test.jp

インストール方法

# OpenPBS をコンパイルします。

# cd /opt/score/score-src/contrib/flab/program/openpbs
# smake

# scout 環境に入ります。

# scout -g cluster-all

# PBS のデーモンを停止します。

# /etc/rc.d/init.d/pbs_sched stop
# /etc/rc.d/init.d/pbs_server stop
# /etc/rc.d/init.d/pbs_mom stop
# scout /etc/rc.d/init.d/pbs_mom stop

# PBS モジュールを削除します。

# rpm -e `rpm -qa | grep pbs | grep score`
# scout 'rpm -e `rpm -qa | grep pbs | grep score`'

# OpenPBS をインストールします。

# cd /opt/score/score-src/contrib/flab/program/openpbs
# smake install
# rcp-all /opt/score/pbs/`config.nickname`/sbin/pbs_mom
cluster-all:/opt/score/pbs/`config.nickname`/sbin
# rcp-all /opt/score/pbs/`config.nickname`/sbin/pbs_rcp
cluster-all:/opt/score/pbs/`config.nickname`/sbin
# rcp-all /opt/score/pbs/`config.nickname`/bin/chk_tree
cluster-all:/opt/score/pbs/`config.nickname`/bin
# rcp-all /opt/score/deploy/pbs_mom cluster-all:/opt/score/deploy
# rcp-all /opt/score/deploy/pbs_rcp cluster-all:/opt/score/deploy
# rcp-all /opt/score/deploy/chk_tree cluster-all:/opt/score/deploy
# scout mkdir /opt/score/install/bin.config.nickname`
# rcp-all /opt/score/install/bin.config.nickname`/pbs_mkdirs
cluster-all:/opt/score/install/bin.config.nickname`
# rcp-all /opt/score5.6.0/install/dedicated_time
cluster-all:/opt/score/install
# rcp-all /opt/score5.6.0/install/holidays cluster-all:/opt/score/install
# rcp-all /opt/score5.6.0/install/resource_group
cluster-all:/opt/score/install
# rcp-all /opt/score5.6.0/install/sched_config
cluster-all:/opt/score/install
# /opt/score/install/setup -pbs_common
# scout /opt/score/install/setup -pbs_common
# /opt/score/install/setup -pbs_comp
# scout /opt/score/install/setup -pbs_comp
# /opt/score/install/setup -pbs_server

# デーモンを再開します。

# scout /etc/rc.d/init.d/pbs_mom start
# /etc/rc.d/init.d/pbs_mom start
# /etc/rc.d/init.d/pbs_server start
# /etc/rc.d/init.d/pbs_sched start

# scout を終了します。

# ^D

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Toshiyuki Kodama
kodama.t ＠ olive.livedoor.com




From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar 17 10:23:39 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 17 Mar 2004 10:23:39 +0900
Subject: [SCore-users-jp] eit 計算ホスト設定時エラーと Permission エラー
In-Reply-To: Your message of "Tue, 16 Mar 2004 21:12:19 JST."
             <20040316121219.13676.qmail@web1003.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <20040317012025.39C7D12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <20040316121219.13676.qmail ＠ web1003.mail.yahoo.co.jp> kimura toshinori <t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp> wrotes:
> 岡山科学技術専門学校の木村と申します。
> eitを用いて計算ホストをインストールしているのですが，
> 全ての計算ホストへのSystemの転送が終わった後，eitの画面
> にてnextを押すと，ターミナル画面に
> Starting pbs_mom:pbs_mom:another mom [FAILED]
> と表示されています。
> どこに問題が有るのでしょうか？

多分, eit を起動するより前に pbs_mom が動いていたものと
推測します.
(SCore を install してから eit を起動するまでの間で reboot したとか...)
多分そんなに問題はないとは思いますが,
    /etc/rc.d/init.d/pbs_mom stop
    /etc/rc.d/init.d/pbs_mom start
と, 失敗した daemon を再起動したほうがよいかもしれません.

> もう一つ問題が有るのですが・・・
> ユーザーホストにて，
> xhost +
> msgb -group pcc &
> scout -g pcc
> とやった時点にて
> Permission denied.
> となります。どこに原因が有るのでしょうか？

多分, hostname がらみの問題だと思います.
scout を起動するためには, 基本的には server と compute host すべての
間で相互に rsh できなければなりません.
(実際には, scoutd があると若干事情が違いますが...)
まず, 一般ユーザで
    % rsh-all -g pcc date
は実行できるか確かめてください.
多分, どれかの host が
    Permission denied.
になると思います.
そしたら, その host があやしいです.
(といっても EIT で install したのでしたらすべて同じ設定だと思いますが...)
その host に rlogin してみてください.
チェックするファイルはとりあえず
    /etc/hosts.equiv
です.
(root の場合は
    /root/.rhosts
を見ますが, scoutd が上がっていれば scout には関係ないはず.)
このファイルにあるホストからの一般ユーザからの rsh はパスワードなしで
うけつけます.
このファイルに scout を起動する host があるかどうか確認してください.
rlogin した場合は, w でみるとどこから rlogin したことになっているか
わかります.
(ここで出てくる hostname は officialname ではないようですが...)
その名前と, /etc/hosts.equiv に書いた host が一致しているか確認してください.
特に scout を実行する host に NIC が 2 つついている場合,
違った NIC のほうの名前が書かれている可能性があり得ます.
もし, /etc/hosts.equiv の hostname が違っていたら, 書き換えたあと
    /etc/rc.d/init.d/scoutd restart
で scoutd を起動し直してください.

                       from Kameyama Toyohisa


From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar 17 10:39:45 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 17 Mar 2004 10:39:45 +0900
Subject: [SCore-users-jp] OpenPBSについて
In-Reply-To: Your message of "Tue, 16 Mar 2004 21:39:43 JST."
             <200403161239.i2GCdhAH054402@SMTP.MyNET.JP>
Message-ID: <20040317013630.C64A112894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <200403161239.i2GCdhAH054402 ＠ SMTP.MyNET.JP> kodama.t ＠ olive.livedoor.com wrotes:
> sc_qsubコマンドでJobを流したところ、
> 単に、「1: test1.test.org」という表示だけが返ってきます。
> jobを流すと、実行された幾つかのノードは「赤色」に変わる
> と思うのですが、ずっと「青色」のままです。

qstat の結果はどうなっているでしょうか?

> このような現象が起こってしまうのは、どこに問題があるのでしょうか。
> （恐らく、どこかの設定に不備があるのではないかと思うのですが。。。）

多分,
    /var/scored/pbs/*logs/*
をみればもう少し情報がつかめると思いますが...

                       from Kameyama Toyohisa


From s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp  Wed Mar 17 11:53:00 2004
From: s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp (Shinji Sumimoto)
Date: Wed, 17 Mar 2004 11:53:00 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] pm-myrinet / pm-ethenet
In-Reply-To: <000601c40a6e$ea3c57c0$0f321eac@98NX>
References: <000601c40a6e$ea3c57c0$0f321eac@98NX>
Message-ID: <20040317.115300.730563554.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>

菅野さま

富士通研の住元です。

From: "technical-center" <essb01 ＠ sse.co.jp>
Subject: [SCore-users-jp] pm-myrinet / pm-ethenet
Date: Mon, 15 Mar 2004 18:21:35 +0900
Message-ID: <000601c40a6e$ea3c57c0$0f321eac ＠ 98NX>

essb01> 住商エレクトロニクスの菅野と申します。
essb01> いつもお世話になっております。
essb01> 
essb01> 現在、SCore5.6.1のセットアップをしているのですが、
essb01> 以下がうまく動作しません。何か設定を変更する必要が
essb01> ございますでしょうか？
essb01> 念のため、関係ありそうなファイルを添付します。
essb01> 
essb01> １．PM-Myrinet
essb01> 
essb01> Score5.6.1にて、PM-Myrinetのテストを動かすと、
essb01> 以下のように何回かに一度は、動作するのですが、
essb01> ほとんどエラーで動作しません。
essb01> 
essb01> Myrinetのエンクロージャは、64ポート用で、
essb01> ボードは、M3-SW16-8Fです。ボードは、1枚のみにしたり、
essb01> 8枚全てセットしたり、いろいろ試しても同様です。
essb01> 
essb01> lanaixp.interruptbugfix.mcp
essb01> は、所定のディレクトリにコピーし、scorehosts.dbも編集しています。
essb01> 計算ノードをシャットダウン、サーバをrebootし、計算ノードを
essb01> 再起動しても同様です。
essb01> 
essb01> 
essb01> # ./rpmtest comp00 myrinetxp -dest 0 -ping
essb01> 8	4.16347e-06
essb01> # ./rpmtest comp00 myrinetxp -dest 0 -ping
essb01> [0] chan=0, crc=0, unknown=0, nres=0, arep=0
essb01> [0] recv: recv=0, ack=0, nack=0, write=0, wack=0, read=0, rreply=0,
essb01> discard=0
essb01> [0] recv: put_addr=16, get_addr=0
essb01> [0] recv: error=0(0), data=0:0(0) 1:0(0) 2:0(0) 3:0(0) 4:0(0) 5:0(0) 6:0(0)
essb01> 7:0(0)
essb01> [0] send: send=0, ack=0, nack=0, write=0, wack=0, read=0, rreply=0,
essb01> resend=0,0
essb01> [0] send: request=0, disable=0, deactivated=0, last_write=(0, 0),
essb01> last_read=(0, 0)
essb01> [0] send: putp=1, getp=1, relp=1
essb01> [0] send: error=0(0), data=0:0(0) 1:0(0) 2:0(0) 3:0(0) 4:0(0) 5:0(0) 6:0(0)
essb01> 7:0(0)
essb01> [0] retry: count=0, putp=0, getp=0, request=0
essb01> 
essb01> [0] reply: putp=0, getp=0, request=0
essb01> 
essb01> waiting ack
essb01> 
essb01> waiting to send
essb01> 
essb01> message ack info
essb01> [0] REL-MSG:(0) sack=0, rack=1, stat=8
essb01> rma ack info
essb01> pmReceive: Connection timed out(110)

おそらく、ループバックの試験と思われますが、2ノード通信でも同じ状況で
しょうか? MyrinetXPについては、いくつか不具合が見つかり現在修正中です。

修正は次のdistributionでの配布になりますが、住商エレクトロニクスはPCク
ラスタコンソーシアム会員企業ですので、修正については別途ご相談ください。

essb01> ２．PM-Ethernet
essb01> 
essb01> pm-ethernet.confファイルにて、intreapをoffにしても、計算ノードの
essb01> /procを見ると、onのままです。/etc/init.d/pm_ethernetを
essb01> 直接編集して、offにすると、offになります。
essb01> pm-ethernet.confファイルの編集だけではだめなのでしょうか？

設定ファイルは実行時にしか読まれないので、設定ファイルを変更するのに加
えて、プログラムを実行しないと反映されません。

実行しても反映されないのであれば、オプションが間違っている可能性があります。

以上、よろしくお願いします。
------
Shinji Sumimoto, Fujitsu Labs


From kodama ＠ dtc.co.jp  Wed Mar 17 13:23:16 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Wed, 17 Mar 2004 13:23:16 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: <4057069E.1070508@dtc.co.jp>
References: <4057069E.1070508@dtc.co.jp>
Message-ID: <4057D2B4.4090708@dtc.co.jp>

児玉で御座います。

＞　qstat の結果はどうなっているでしょうか?

        Job id        Name           User         Time Use S Queue
	------------- ------------- ------------- -------- - -----
	1.cluster001.test.jp      cg.B.4       test      00:00:00 Q default
	2.cluster001.test.jp      test.sh       test      00:00:00 Q default

下は、# qsub test.sh　コマンドを実行した結果になります。
どちらもステータスは「Q」となっており、ジョブが実行できていない
ように感じます。

＞多分,
＞    /var/scored/pbs/*logs/*
＞をみればもう少し情報がつかめると思いますが...

かしこまりました。
こちらの情報を参照し、ご連絡差し上げます。


以上、よろしくお願い申し上げます。


---------------------------------------------------
Toshiyuki Kodama
kodama.t ＠ olive.livedoor.com





From s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp  Wed Mar 17 13:53:36 2004
From: s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp (Shinji Sumimoto)
Date: Wed, 17 Mar 2004 13:53:36 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: <4057D2B4.4090708@dtc.co.jp>
References: <4057069E.1070508@dtc.co.jp>
	<4057D2B4.4090708@dtc.co.jp>
Message-ID: <20040317.135336.607970986.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>

富士通研の住元です。

各ノードのpbs_momは正常に動いていますでしょうか?

X-windowが必要ですが、xpbsmon を使えば簡単に分かります。
各ノードはUPの状態になっていますでしょうか?

From: Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp>
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
Date: Wed, 17 Mar 2004 13:23:16 +0900
Message-ID: <4057D2B4.4090708 ＠ dtc.co.jp>

kodama> 児玉で御座います。
kodama> 
kodama> ＞　qstat の結果はどうなっているでしょうか?
kodama> 
kodama>         Job id        Name           User         Time Use S Queue
kodama> 	------------- ------------- ------------- -------- - -----
kodama> 	1.cluster001.test.jp      cg.B.4       test      00:00:00 Q default
kodama> 	2.cluster001.test.jp      test.sh       test      00:00:00 Q default
kodama> 
kodama> 下は、# qsub test.sh　コマンドを実行した結果になります。
kodama> どちらもステータスは「Q」となっており、ジョブが実行できていない
kodama> ように感じます。
kodama> 
kodama> ＞多分,
kodama> ＞    /var/scored/pbs/*logs/*
kodama> ＞をみればもう少し情報がつかめると思いますが...
kodama> 
kodama> かしこまりました。
kodama> こちらの情報を参照し、ご連絡差し上げます。
kodama> 
kodama> 
kodama> 以上、よろしくお願い申し上げます。
kodama> 
kodama> 
kodama> ---------------------------------------------------
kodama> Toshiyuki Kodama
kodama> kodama.t ＠ olive.livedoor.com
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kodama> SCore-users-jp mailing list
kodama> SCore-users-jp ＠ pccluster.org
kodama> http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users-jp
kodama> 
kodama> 
------
Shinji Sumimoto, Fujitsu Labs


From kodama ＠ dtc.co.jp  Wed Mar 17 16:23:14 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Wed, 17 Mar 2004 16:23:14 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: <20040317.135336.607970986.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>
References: <4057069E.1070508@dtc.co.jp>	<4057D2B4.4090708@dtc.co.jp> <20040317.135336.607970986.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>
Message-ID: <4057FCE2.5040803@dtc.co.jp>

This is a multi-part message in MIME format.
--------------020906030705020506020409
Content-Type: text/plain; charset=ISO-2022-JP
Content-Transfer-Encoding: 7bit

住元様、亀山様

児玉と申します。
お世話になります。

下記情報、ありがとうございます。
下記ご質問の結果を報告いたします。

Shinji Sumimoto様が書きました。

>富士通研の住元です。
>
>各ノードのpbs_momは正常に動いていますでしょうか?
>
>X-windowが必要ですが、xpbsmon を使えば簡単に分かります。
>各ノードはUPの状態になっていますでしょうか?
>  
>
マスタノード（cluster000上）で、xpbsmomコマンドを実行しました。
実行後分かったことは、次の二つです。

・　ジョブを実行した直後、4nodeのPBS_MOMが正常に
　「INUSE」の状態になっておりました。
・　cluster000のみがDownの状態になっていました。
　 それ以外のノードは、Freeの状態でした。
　
これは、cluster000のpbs_momが正常にあがっていないことを
意味するのですよね。
（私は、/etc/init.d/pbs_momデーモンは起動していた時点で、
てっきり正常動作しているものかと思っていました。）

>From: Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp>
>Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
>Date: Wed, 17 Mar 2004 13:23:16 +0900
>Message-ID: <4057D2B4.4090708 ＠ dtc.co.jp>
>
>kodama> 児玉で御座います。
>kodama> 
>kodama> ＞　qstat の結果はどうなっているでしょうか?
>kodama> 
>kodama>         Job id        Name           User         Time Use S Queue
>kodama> 	------------- ------------- ------------- -------- - -----
>kodama> 	1.cluster001.test.jp      cg.B.4       test      00:00:00 Q default
>kodama> 	2.cluster001.test.jp      test.sh       test      00:00:00 Q default
>kodama> 
>kodama> 下は、# qsub test.sh　コマンドを実行した結果になります。
>kodama> どちらもステータスは「Q」となっており、ジョブが実行できていない
>kodama> ように感じます。
>kodama> 
>kodama> ＞多分,
>kodama> ＞    /var/scored/pbs/*logs/*
>kodama> ＞をみればもう少し情報がつかめると思いますが...
>kodama> 
>kodama> かしこまりました。
>kodama> こちらの情報を参照し、ご連絡差し上げます。
>  
>
/var/scored/*logs/20040315の内容を抜粋してお送りします。

気になるところとしましては、/var/scored/mom_logs/20040315の内容
で、次のメッセージ（エラー）が頻発していることです。

03/15/2004 15:46:24;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Bad file descriptor (9) in
wait_
request, select failed
03/15/2004 15:46:24;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;pbs_mom, wait_request failed

これは、cluster000の方のpbs_momをもう一度入れ直して済む問題でしょうか。
それとも、他にも原因があるのでしょうか。


以上、よろしくお願い申し上げます。

>kodama> 
>kodama> 以上、よろしくお願い申し上げます。
>kodama> 
>kodama> 
>kodama> ---------------------------------------------------
>kodama> Toshiyuki Kodama
>kodama> kodama.t ＠ olive.livedoor.com
>kodama> 
>kodama> 
>kodama> 
>kodama> _______________________________________________
>kodama> SCore-users-jp mailing list
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>kodama> 
>kodama> 
>------
>Shinji Sumimoto, Fujitsu Labs
>
-- 
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Toshiyuki Kodama
kodama.t ＠ olive.livedoor.com


--------------020906030705020506020409
Content-Type: text/plain;
 name="pbs_log.txt"
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: inline;
 filename="pbs_log.txt"

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MDAyOyBwYnNfc2NoZWQ7U3ZyO0xvZztMb2cgb3BlbmVkDQowMy8xNS8yMDA0IDE4OjI3OjM1
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b3NlZA0KW3Jvb3RAY2x1c3RlcjAwMCBtb21fbG9nc10jIA==
--------------020906030705020506020409--



From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar 17 18:49:55 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 17 Mar 2004 18:49:55 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: Your message of "Wed, 17 Mar 2004 16:23:14 JST."
             <4057FCE2.5040803@dtc.co.jp>
Message-ID: <20040317094639.A8A1C12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <4057FCE2.5040803 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
> ・　ジョブを実行した直後、4nodeのPBS_MOMが正常に
> 　「INUSE」の状態になっておりました。
> ・　cluster000のみがDownの状態になっていました。
> 　 それ以外のノードは、Freeの状態でした。
> 　
> これは、cluster000のpbs_momが正常にあがっていないことを
> 意味するのですよね。

そうですね.
で, computer host では scrun コマンドが
install されていない可能性があるので SCore の job は必ず master node
の pbs_mom を使用して起動するため, 全く実行してくれない
ということだと推測します.

> /var/scored/*logs/20040315の内容を抜粋してお送りします。
> 
> 気になるところとしましては、/var/scored/mom_logs/20040315の内容
> で、次のメッセージ（エラー）が頻発していることです。
> 
> 03/15/2004 15:46:24;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Bad file descriptor (9) in
> wait_
> request, select failed
> 03/15/2004 15:46:24;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;pbs_mom, wait_request failed

なんか, 監視すべき file descriptor が close() したかなんか
しているようですね.

> これは、cluster000の方のpbs_momをもう一度入れ直して済む問題でしょうか。

とりあえず, pbs_mom を立ち上げ直すと動くかもしれません.

                       from Kameyama Toyohisa


From kodama ＠ dtc.co.jp  Wed Mar 17 19:11:45 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Wed, 17 Mar 2004 19:11:45 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: <20040317094639.A8A1C12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <20040317094639.A8A1C12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <40582461.6030002@dtc.co.jp>

児玉です。

様が書きました。

>亀山です.
>
>In article <4057FCE2.5040803 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
>  
>
>>・　ジョブを実行した直後、4nodeのPBS_MOMが正常に
>>　「INUSE」の状態になっておりました。
>>・　cluster000のみがDownの状態になっていました。
>>　 それ以外のノードは、Freeの状態でした。
>>　
>>これは、cluster000のpbs_momが正常にあがっていないことを
>>意味するのですよね。
>>    
>>
>そうですね.
>で, computer host では scrun コマンドが
>install されていない可能性があるので SCore の job は必ず master node
>の pbs_mom を使用して起動するため, 全く実行してくれない
>ということだと推測します.
>
正常にあがらない仕組みは分かってきました。
確かに、亀山様のおっしゃるとおり、scrunコマンドはインストールしておりま
せん。
（EITインストールでは、scrunインストールされないですよね。）
computer hostにscrunが入っていたら、何か動きが違うのでしょうか。

>>/var/scored/*logs/20040315の内容を抜粋してお送りします。
>>
>>気になるところとしましては、/var/scored/mom_logs/20040315の内容
>>で、次のメッセージ（エラー）が頻発していることです。
>>
>>03/15/2004 15:46:24;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Bad file descriptor (9) in
>>wait_
>>request, select failed
>>03/15/2004 15:46:24;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;pbs_mom, wait_request failed
>>    
>>
>
>なんか, 監視すべき file descriptor が close() したかなんか
>しているようですね.
>
>>これは、cluster000の方のpbs_momをもう一度入れ直して済む問題でしょうか。
>>    
>>
>とりあえず, pbs_mom を立ち上げ直すと動くかもしれません.
>  
>
pbs_momを起動しなおし（デーモンの再起動）、入れなおし（OpenPBSの再インス
トール）を
行ってみましたが、（cluster000だけDOWNする）現象は変わりませんでした。
ただ、切り分けをしていて一つ気になったのは、rootユーザでxpbsmonコマンド
を実行し
たところ、全てのノードのpbs_momが正常に起動するのです。
xpbsmonコマンドを発行した時の動きは、「ユーザに依らず」全てのコンピュータの
pbs_momが「INUSED」もしくは「FREE」として起動するしくみだと思っているの
ですが、
この見解は間違っていますか？
もしその見解が間違っていないとしたら、pbs_mom云々の話よりも、
pbs_momに関連する何かの設定がおかしいのでしょうか？

>                       from Kameyama Toyohisa
>

-- 
------------------------------------------------
デジタルテクノロジー株式会社
テクニカルサポート部　技術一課
児玉　俊幸
〒116-0014
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TEL:03-5604-7979  FAX:03-3802-3400
E-mail:kodama ＠ dtc.co.jp
http://www.dtc.co.jp
------------------------------------------------




From kodama ＠ dtc.co.jp  Wed Mar 17 23:27:34 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Wed, 17 Mar 2004 23:27:34 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: <40582461.6030002@dtc.co.jp>
References: <20040317094639.A8A1C12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp> <40582461.6030002@dtc.co.jp>
Message-ID: <40586056.3020307@dtc.co.jp>

亀山様、住元様

児玉です。

Toshiyuki Kodama wrote:

>児玉です。
>
>  
>
>>亀山です.
>>
>>In article <4057FCE2.5040803 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
>> 
>>
>>>ジョブを実行した直後、4nodeのPBS_MOMが正常に
>>>　「INUSE」の状態になっておりました。
>>>・　cluster000のみがDownの状態になっていました。
>>>　 それ以外のノードは、Freeの状態でした。
>>>　
>>>これは、cluster000のpbs_momが正常にあがっていないことを
>>>意味するのですよね。
>>>
>>そうですね.
>>で, computer host では scrun コマンドが
>>install されていない可能性があるので SCore の job は必ず master node
>>の pbs_mom を使用して起動するため, 全く実行してくれない
>>ということだと推測します.
>>
>正常にあがらない仕組みは分かってきました。
>確かに、亀山様のおっしゃるとおり、scrunコマンドはインストール
>しておりません。
>（EITインストールでは、scrunインストールされないですよね。）
>computer hostにscrunが入っていたら、何か動きが違うのでしょうか。
>  
>
合わせてお聞きしたいのですが、computer host に　scrunを入れることで
SCoreの動作上、何かメリットはあるのでしょうか。

>>>/var/scored/*logs/20040315の内容を抜粋してお送りします。
>>>
>>>気になるところとしましては、/var/scored/mom_logs/20040315の内容
>>>で、次のメッセージ（エラー）が頻発していることです。
>>>
>>>03/15/2004 15:46:24;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Bad file descriptor (9) in
>>>wait_
>>>request, select failed
>>>03/15/2004 15:46:24;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;pbs_mom, wait_request failed
>>>
>>なんか, 監視すべき file descriptor が close() したかなんか
>>しているようですね.
>>    
>>
その後、調査しましたところ、下記メッセージの繰り返し現象が起こっています。

03/17/2004 20:16:25;0002; pbs_mom;Svr;pbs_mom;caught signal 15
03/17/2004 20:25:16;0002; pbs_mom;Svr;Log;Log opened
03/17/2004 20:25:16;0002; pbs_mom;n/a;initialize;independent
03/17/2004 20:25:16;0002; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Is up
03/17/2004 20:28:32;0002; pbs_mom;Svr;pbs_mom;caught signal 15
03/17/2004 20:28:32;0002; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Is down
03/17/2004 20:28:32;0002; pbs_mom;Svr;Log;Log closed
03/17/2004 20:28:33;0002; pbs_mom;Svr;Log;Log opened
03/17/2004 20:28:33;0002; pbs_mom;n/a;initialize;independent
03/17/2004 20:28:33;0002; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Is up
03/17/2004 21:15:52;0002; pbs_mom;Svr;pbs_mom;caught signal 15
03/17/2004 21:15:52;0002; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Is down
03/17/2004 21:15:52;0002; pbs_mom;Svr;Log;Log closed
03/17/2004 21:20:23;0002; pbs_mom;Svr;Log;Log opened
03/17/2004 21:20:23;0002; pbs_mom;n/a;initialize;independent
03/17/2004 21:20:23;0002; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Is up
03/17/2004 21:29:36;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Success (0) in rm_request,
bad a
ttempt to connect　
　　　 message refused from port 32780 addr （master server's address）
03/17/2004 21:30:36;0001; pbs_mom;Svr;pbs_mom;Success (0) in rm_request,
bad a
ttempt to connect
message refused from port 32780 addr （master server's address）

>>>これは、cluster000の方のpbs_momをもう一度入れ直して済む問題でしょうか。
>>>
>>とりあえず, pbs_mom を立ち上げ直すと動くかもしれません.
>>
>pbs_momを起動しなおし（デーモンの再起動）、入れなおし（OpenPBSの再インス
>トール）を
>行ってみましたが、（cluster000だけDOWNする）現象は変わりませんでした。
>ただ、切り分けをしていて一つ気になったのは、rootユーザでxpbsmonコマンド
>を実行し
>たところ、全てのノードのpbs_momが正常に起動するのです。
>
>xpbsmonコマンドを発行した時の動きは、「ユーザに依らず」全てのコンピュータの
>pbs_momが「INUSED」もしくは「FREE」として起動するしくみだと思っているの
>ですが、
>この見解は間違っていますか？
>もしその見解が間違っていないとしたら、pbs_mom云々の話よりも、
>pbs_momに関連する何かの設定がおかしいのでしょうか？
>
申し訳ありません。上記文章には誤解させるような記述がありましたので、
再度申し上げます。

xpbsmonコマンドを発行した時の動きは、ユーザに依らず、全てのコンピュータ
において
pbs_momが「INUSED」もしくは「FREE」として起動するしくみだと思っていました。
また、Openpbsのインストール時、rootユーザでしかコンパイルができなかった
こともあり、
一般ユーザでジョブを投入するには、上記の仕組みになっているのではないか
という見解を持ちました。この見解に間違いはないでしょうか。
ちなみに、前回のメールのあと、pbs_momの設定（chmodやソースの中身）の変更を
行ってみましたが、現象は変わりませんでした。


以上、よろしくお願い申し上げます。


--------------------------------------------------------------
Toshiyuki Kodama
kodama.t ＠ olive.livedoor.com



From Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp  Thu Mar 18 10:27:24 2004
From: Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp (Yamamoto Takaya)
Date: Thu, 18 Mar 2004 10:27:24 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
Message-ID: <5.0.2.5.2.20040318101152.00bd3540@localhost>

三菱電機　山本です。
いつもお世話になっております。

EITで計算ホストインストールに失敗しました。
以下の状況ですが、何かアドバイスいただけませんか？
よろしくお願いします。

====================
計算ホストのメッセージが

SIOCSIFADDR: No such device
Try it again
Configure Network fails
done
NFS mount : /mnt/runtime
Cannot mount
exiting

となっていたので、Ctrl-Alt-F3で見たところ

probing buses
finished bus probing
found suggestion of disabled
found suggestion of usb-uhci
found suggestion of usb-uhci
found suggestion of usb-uhci
found suggestion of usb-uhci
found suggestion of usb-ohci
found nothing
writing /tmp/modules.conf
going to insmod sunrpc.o (path is NULL)
going to insmod lockd.o (path is NULL)
going to insmod nfs.o (path is NULL)

でした。NICが認識できていないと思い、
PCCホームページにあるFAQの「EITでサポートされていないNIC用のEIT boot floppyの 
作成」
を参考に、ブートフロッピーを作り直しました。
この結果、計算ホストのメッセージは変わらず、Ctrl-Alt-F3のメッセージが

probing buses
finished bus probing
found suggestion of disabled
found suggestion of e100
found e100 device
found suggestion of usb-uhci
found suggestion of usb-uhci
found suggestion of usb-uhci
found suggestion of usb-uhci
found suggestion of usb-ohci
found devices justProve is 0
writing /tmp/modules.conf
going to insmod sunrpc.o (path is NULL)
going to insmod lockd.o (path is NULL)
going to insmod nfs.o (path is NULL)

となりました。どこを直せばいいでしょうか？
よろしくお願いします。

----------
サーバノードをRedHat8.0にして、SCore5.6をインストールしようとしています。
マザーボードはASUSのP4P800-VMで、LANはオンボード。
サーバノードのインストールでLANを認識できなかったので、
Intelのホームページからドライバe100.oをダウンロードして使っています。
ブートフロッピー修正もこのドライバを使いました。

以上 



From kameyama ＠ pccluster.org  Thu Mar 18 10:38:37 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Thu, 18 Mar 2004 10:38:37 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: Your message of "Wed, 17 Mar 2004 23:27:34 JST."
             <40586056.3020307@dtc.co.jp>
Message-ID: <20040318013519.8918E12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <40586056.3020307 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
> 合わせてお聞きしたいのですが、computer host に　scrunを入れることで
> SCoreの動作上、何かメリットはあるのでしょうか。

すみません.
誤解をさせるだけの表現でした.
scrun を入れるメリットはありません.

SCore では compute host はできるだけ実際の計算に集中させるため
SCore プログラムを起動できないようにしています.

また, PBS および OpenPBS はそのことを考慮して SCore プログラムを
起動するホストを限定しています.
     http://www.pccluster.org/score/dist/score/html/ja/reference/pbs/admin.html#execution-host
つまり, PBS/OpenPBS を使用する場合, 起動ホストの pbs_mom が動かないと
SCore プログラムが起動できないということになります.
ということを書きたかったのですけど, 誤解させるだけの表現でした.

> bad attempt to connect　
> 　　　 message refused from port 32780 addr （master server's address）

どうも, connect してきた host が
   /var/scored/pbs/mom_priv/config
に登録されていないときに現れるようです.
master server's address を逆引きしたとき cluster000.test.jp に
なるでしょうか?

逆引きの結果は以下のコマンドでわかると思います.
     perl -MSocket -e '$n = gethostbyaddr(inet_aton("address"), AF_INET);print "$n\n"'

                       from Kameyama Toyohisa


From kameyama ＠ pccluster.org  Thu Mar 18 11:19:18 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Thu, 18 Mar 2004 11:19:18 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: Your message of "Thu, 18 Mar 2004 10:27:24 JST."
             <5.0.2.5.2.20040318101152.00bd3540@localhost>
Message-ID: <20040318021600.C8F9812894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <5.0.2.5.2.20040318101152.00bd3540 ＠ localhost> Yamamoto Takaya <Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
> サーバノードをRedHat8.0にして、SCore5.6をインストールしようとしています。

SCore 5.6 の rpm は redhat 7.3 のものなんで, server を redhat 8 にした
場合, 多分うまく動かないと思います.

> マザーボードはASUSのP4P800-VMで、LANはオンボード。
> サーバノードのインストールでLANを認識できなかったので、
> Intelのホームページからドライバe100.oをダウンロードして使っています。
> ブートフロッピー修正もこのドライバを使いました。

device driver の同じ version の kernel でコンパイルする必要があるのですが...
CTL-Alt-F4 で kernel の log をみればわかると思いますが,
多分, kernel の load に失敗していると思います.

Ctrl-Alt-F3 の最初の画面で NIC が認識できなくて, floppy を作り直したら
e100 がみつかったということは, pcitable を更新したと思いますが,
その情報はどこから持ってきましたか?
drvnet の中にあったとしたら, drvnet のなかの e100 がその NIC
をサポートしている可能性が高いです.
(e100 の version は 2.3.27 です.)
drvnet のなかの e100 を使用してみてください.

                       from Kameyama Toyohisa


From Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp  Thu Mar 18 12:43:02 2004
From: Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp (Yamamoto Takaya)
Date: Thu, 18 Mar 2004 12:43:02 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: <20040318021600.C8F9812894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <"Your message of Thu, 18 Mar 2004 10:27:24 JST."<5.0.2.5.2.20040318101152.00bd3540@localhost>
Message-ID: <5.0.2.5.2.20040318122551.00c31590@localhost>

亀山様

山本です。
ありがとうございます。

> > サーバノードをRedHat8.0にして、SCore5.6をインストールしようとしています。
>
>SCore 5.6 の rpm は redhat 7.3 のものなんで, server を redhat 8 にした
>場合, 多分うまく動かないと思います.

そうですか。
RedHat7.3を探したら見つかりましたので、そちらで試してみます。

以下、参考までに回答します。

> > マザーボードはASUSのP4P800-VMで、LANはオンボード。
> > サーバノードのインストールでLANを認識できなかったので、
> > Intelのホームページからドライバe100.oをダウンロードして使っています。
> > ブートフロッピー修正もこのドライバを使いました。
>
>device driver の同じ version の kernel でコンパイルする必要があるのですが...
>CTL-Alt-F4 で kernel の log をみればわかると思いますが,
>多分, kernel の load に失敗していると思います.

e100.oは、ソースをダウンロードしてきて、RedHat8.0でコンパイルしました。
version は 2.3.28です。

「kernelのloadに失敗している」、ログがどれか分かりませんでした。

>Ctrl-Alt-F3 の最初の画面で NIC が認識できなくて, floppy を作り直したら
>e100 がみつかったということは, pcitable を更新したと思いますが,
>その情報はどこから持ってきましたか?
>drvnet の中にあったとしたら, drvnet のなかの e100 がその NIC
>をサポートしている可能性が高いです.
>(e100 の version は 2.3.27 です.)
>drvnet のなかの e100 を使用してみてください.

pcitableの情報は、
/opt/score5.6/setup/RedHat/instimage/usr/share/hwdata/pcitable
からとってきました。


以上



From kameyama ＠ pccluster.org  Thu Mar 18 12:54:32 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Thu, 18 Mar 2004 12:54:32 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: Your message of "Thu, 18 Mar 2004 12:43:02 JST."
             <5.0.2.5.2.20040318122551.00c31590@localhost>
Message-ID: <20040318035114.8139312894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <5.0.2.5.2.20040318122551.00c31590 ＠ localhost> Yamamoto Takaya <Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
> >device driver の同じ version の kernel でコンパイルする必要があるのですが...
> >CTL-Alt-F4 で kernel の log をみればわかると思いますが,
> >多分, kernel の load に失敗していると思います.
> 
> e100.oは、ソースをダウンロードしてきて、RedHat8.0でコンパイルしました。
> version は 2.3.28です。
> 
> 「kernelのloadに失敗している」、ログがどれか分かりませんでした。

CTL-Alt-F4 で出る画面が kernel の log です.
そこで e100 を load しようとした message があると思います.

> pcitableの情報は、
> /opt/score5.6/setup/RedHat/instimage/usr/share/hwdata/pcitable
> からとってきました。

では drvnet の e100 で...
と思ったら drvnet をいれていませんでした.
CD-ROM image の
    RedHat/RPMS/ernel-BOOT-2.4.21-1SCORE.i386.rpm
を install して
    /lib/modules/2.4.21-1SCOREBOOT/kernel/drivers/net/e100/e100.o
を使用してください.

                       from Kameyama Toyohisa


From Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp  Thu Mar 18 17:09:41 2004
From: Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp (Yamamoto Takaya)
Date: Thu, 18 Mar 2004 17:09:41 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: <20040318035114.8139312894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <"Your message of Thu, 18 Mar 2004 12:43:02 JST."<5.0.2.5.2.20040318122551.00c31590@localhost>
Message-ID: <5.0.2.5.2.20040318170326.00c53870@localhost>

山本です。

サーバにRedHat7.3を入れなおしましたが、同様の問題が発生します。

まず、サーバでNICを使用可能にするため、

>CD-ROM image の
>     RedHat/RPMS/ernel-BOOT-2.4.21-1SCORE.i386.rpm
>を install して
>     /lib/modules/2.4.21-1SCOREBOOT/kernel/drivers/net/e100/e100.o

を使用したのですが、再起動時にドライバは検出されて
/etc/modules.confにeth0が追加されましたが、NICは認識されていないようです。
それで、RedHat8.0でしたときと同じように、Intelからダウンロードしてきた
ドライバソースをコンパイルしてやると、NICが使えるようになりました。

しかし、EITでSCoreをインストールしようとすると、計算ホストインストール時に、
最初のメールと同様の現象が発生してしまいました。

>CTL-Alt-F4 で出る画面が kernel の log です.
>そこで e100 を load しようとした message があると思います.

このようなメッセージは見つかりませんでした。

以上


At 12:54 04/03/18 +0900, kameyama ＠ pccluster.org wrote:
>亀山です.
>
>In article <5.0.2.5.2.20040318122551.00c31590 ＠ localhost> Yamamoto Takaya 
><Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
> > >device driver の同じ version の kernel でコンパイルする必要があるのですが...
> > >CTL-Alt-F4 で kernel の log をみればわかると思いますが,
> > >多分, kernel の load に失敗していると思います.
> >
> > e100.oは、ソースをダウンロードしてきて、RedHat8.0でコンパイルしました。
> > version は 2.3.28です。
> >
> > 「kernelのloadに失敗している」、ログがどれか分かりませんでした。
>
>CTL-Alt-F4 で出る画面が kernel の log です.
>そこで e100 を load しようとした message があると思います.
>
> > pcitableの情報は、
> > /opt/score5.6/setup/RedHat/instimage/usr/share/hwdata/pcitable
> > からとってきました。
>
>では drvnet の e100 で...
>と思ったら drvnet をいれていませんでした.
>CD-ROM image の
>     RedHat/RPMS/ernel-BOOT-2.4.21-1SCORE.i386.rpm
>を install して
>     /lib/modules/2.4.21-1SCOREBOOT/kernel/drivers/net/e100/e100.o
>を使用してください.
>
>                        from Kameyama Toyohisa
>_______________________________________________
>SCore-users-jp mailing list
>SCore-users-jp ＠ pccluster.org
>http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users-jp



From kameyama ＠ pccluster.org  Thu Mar 18 17:48:55 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Thu, 18 Mar 2004 17:48:55 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: Your message of "Thu, 18 Mar 2004 17:09:41 JST."
             <5.0.2.5.2.20040318170326.00c53870@localhost>
Message-ID: <20040318084536.F0CFB12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <5.0.2.5.2.20040318170326.00c53870 ＠ localhost> Yamamoto Takaya <Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
> サーバにRedHat7.3を入れなおしましたが、同様の問題が発生します。
> 
> まず、サーバでNICを使用可能にするため、
> 
> >CD-ROM image の
> >     RedHat/RPMS/ernel-BOOT-2.4.21-1SCORE.i386.rpm
> >を install して
> >     /lib/modules/2.4.21-1SCOREBOOT/kernel/drivers/net/e100/e100.o
> 
> を使用したのですが、再起動時にドライバは検出されて
> /etc/modules.confにeth0が追加されましたが、NICは認識されていないようです。
> それで、RedHat8.0でしたときと同じように、Intelからダウンロードしてきた
> ドライバソースをコンパイルしてやると、NICが使えるようになりました。

はい, redhat 7.3 で動いている kernel は 2.4.21-1SCOREBOOT では
ありませんので...

> しかし、EITでSCoreをインストールしようとすると、計算ホストインストール時に、
> 最初のメールと同様の現象が発生してしまいました。
> 

pcitable と e100.o をいれてやってもだめだったのでしょうか?

> >CTL-Alt-F4 で出る画面が kernel の log です.
> >そこで e100 を load しようとした message があると思います.
> 
> このようなメッセージは見つかりませんでした。

すみません.
FAQ が間違っていました.
module-info に追加するところですが,
2 番目の行の eth0 を eth に変更してください.

                       from Kameyama Toyohisa


From t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp  Fri Mar 19 13:38:31 2004
From: t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp (kimura toshinori)
Date: Fri, 19 Mar 2004 13:38:31 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] ネットワークトランキングハード接続構成？
Message-ID: <20040319043831.65836.qmail@web1001.mail.yahoo.co.jp>

岡山科学技術専門学校の木村と申します。

ネットワークトランキングのハード接続構成はどのようになる
のでしょうか？

例えばサーバ１台，計算ホスト８台，各PCにLANカード２枚装
着したとして，
・２枚のLANカードは同じハブに接続するのでしょうか？別々
のハブに接続するのでしょうか？

・２枚のLANカードのIPアドレスは同一ネットワークになるの
でしょうか？別ネットワークになるようにするのでしょうか？

・ユーザホストを設けた場合，ユーザホストをネットワークト
ランキングする必要があるのでしょうか？

・ネットワークトランキングについて説明してあるサイト等あ
れば教えていただけないでしょうか？



From kameyama ＠ pccluster.org  Fri Mar 19 13:51:51 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Fri, 19 Mar 2004 13:51:51 +0900
Subject: [SCore-users-jp] ネットワークトランキングハード接続構成？
In-Reply-To: Your message of "Fri, 19 Mar 2004 13:38:31 JST."
             <20040319043831.65836.qmail@web1001.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <20040319044830.86B4D12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <20040319043831.65836.qmail ＠ web1001.mail.yahoo.co.jp> kimura toshinori <t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp> wrotes:
> 例えばサーバ１台，計算ホスト８台，各PCにLANカード２枚装
> 着したとして，
> ・２枚のLANカードは同じハブに接続するのでしょうか？別々
> のハブに接続するのでしょうか？

どちらでも構いません.
要は PM/ethernet で通信する NIC どうしが通信できればよいです.

> ・２枚のLANカードのIPアドレスは同一ネットワークになるの
> でしょうか？別ネットワークになるようにするのでしょうか？

PM/ethernet 自体は IP アドレスを使用しませんので,
通常の network 通信に使用する NIC のほうだけ IP アドレスがあれば
よいです.

> ・ユーザホストを設けた場合，ユーザホストをネットワークト
> ランキングする必要があるのでしょうか？

PM による通信は計算ホストのみで使用するので, サーバおよび
ユーザホストでは PM/ethernet の設定は不要です.

> ・ネットワークトランキングについて説明してあるサイト等あ
> れば教えていただけないでしょうか？

いまのところ
    http://www.pccluster.org/score/dist/score/html/ja/reference/pm/ether-trunking.html
ぐらいしかありません.
(/opt/score/doc/html/ja/reference/pm/ether-trunking.html と同じものです.)

                       from Kameyama Toyohisa


From mnv ＠ hotmail.com  Mon Mar 22 06:52:09 2004
From: mnv ＠ hotmail.com (=?iso-2022-jp?b?bW52IBskQiF3GyhCIGhvdG1haWwuY29t?=)
Date: Mon, 22 Mar 2004 05:52:09 +0800
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] Email Marketing
Message-ID: <200403212150.i2LLoiA16574@pccluster.org>

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Chemicals                                  3,445,565 
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Construction & Real Estate                 3,443,544 
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Environment                                656,533                       
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Gems & Jewellery                           565,438 
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SCore-users ＠ pccluster.org
http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users


From Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp  Mon Mar 22 16:42:23 2004
From: Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp (Yamamoto Takaya)
Date: Mon, 22 Mar 2004 16:42:23 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: <20040318084536.F0CFB12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <"Your message of Thu, 18 Mar 2004 17:09:41 JST."<5.0.2.5.2.20040318170326.00c53870@localhost>
Message-ID: <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00@localhost>

亀山様

山本です。

>すみません.
>FAQ が間違っていました.
>module-info に追加するところですが,
>2 番目の行の eth0 を eth に変更してください.

私もこれに気づき、変更したら、計算ホストのインストールができました。
ですが、以下の問題が発生しました。

サーバーセットアップも終わって、無事SCoreインストール完了と思ったら、
再起動後、scorehostsが実行できませんでした。
メッセージから、scoreboardが動いていないと思い、チェックすると、
/opt/score/etc/ndconfの下に、0が存在していませんでした。
3台構成のPCクラスタ（サーバーは計算ホスト兼用）を作ったのですが、
1と2だけが存在していました。

自分で0を作った結果、scorehosts、scoutなどが動きました。
しかし、PMテストに失敗。イーサーとMyrinetのIRQがかぶっていました。

マザーボードはASUSのP4P800-VMを使っているのですが、BIOSが以前と違っていて、
手動でIRQを設定するやり方がわからず、今はここで止まっています。

で、質問ですが（IRQの問題は別として）、
・EITインストールで、上記ndconfの下に0が存在しないことがあるという現象は、
　原因はわかっているでしょうか？
・自分で0を作る以外に、何か設定をする必要があるでしょうか？


以上




From kameyama ＠ pccluster.org  Mon Mar 22 17:10:44 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Mon, 22 Mar 2004 17:10:44 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: Your message of "Mon, 22 Mar 2004 16:42:23 JST."
             <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00@localhost>
Message-ID: <20040322080713.2360E12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00 ＠ localhost> Yamamoto Takaya <Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
> サーバーセットアップも終わって、無事SCoreインストール完了と思ったら、
> 再起動後、scorehostsが実行できませんでした。
> メッセージから、scoreboardが動いていないと思い、チェックすると、
> /opt/score/etc/ndconfの下に、0が存在していませんでした。
> 3台構成のPCクラスタ（サーバーは計算ホスト兼用）を作ったのですが、
> 1と2だけが存在していました。

0 はサーバと兼用のものでしょうか?
兼用だとすると
     /opt/score/setup/install/hostinfo
はありますでしょうか?

> ・EITインストールで、上記ndconfの下に0が存在しないことがあるという現象は、
> 　原因はわかっているでしょうか？

そのような減少は報告されていないような気がします.

> ・自分で0を作る以外に、何か設定をする必要があるでしょうか？

このファイルから /opt/score/etc/pm-ethernetnet.conf を作成しているので,
中身に 0 があるかどうか確認してください.
なければ,
    # cd /opt/score/etc/ndconf
    # /opt/score/setup/install/mkpmethernetconf pmethernetconf-skelton /opt/score/etc/pm-ethernet.conf
を実行してください.

                       from Kameyama Toyohisa


From kodama ＠ dtc.co.jp  Mon Mar 22 20:20:33 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Mon, 22 Mar 2004 20:20:33 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
References: <20040318013519.8918E12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <405ECC01.5090704@dtc.co.jp>

亀山様

デジタルテクノロジーの児玉です。
お世話になります。

kameyama ＠ pccluster.org 様が書きました。

>亀山です.
>
>In article <40586056.3020307 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
>  
>
>>合わせてお聞きしたいのですが、computer host に　scrunを入れることで
>>SCoreの動作上、何かメリットはあるのでしょうか。
>>    
>>
>
>すみません.
>誤解をさせるだけの表現でした.
>scrun を入れるメリットはありません.
>
>SCore では compute host はできるだけ実際の計算に集中させるため
>SCore プログラムを起動できないようにしています.
>
>また, PBS および OpenPBS はそのことを考慮して SCore プログラムを
>起動するホストを限定しています.
>     http://www.pccluster.org/score/dist/score/html/ja/reference/pbs/admin.html#execution-host
>つまり, PBS/OpenPBS を使用する場合, 起動ホストの pbs_mom が動かないと
>SCore プログラムが起動できないということになります.
>ということを書きたかったのですけど, 誤解させるだけの表現でした.
>  
>
上記の意味、了解いたしました。

>>bad attempt to connect　
>>　　　 message refused from port 32780 addr （master server's address）
>>    
>>
>どうも, connect してきた host が
>   /var/scored/pbs/mom_priv/config
>に登録されていないときに現れるようです.
>master server's address を逆引きしたとき cluster000.test.jp に
>なるでしょうか?
>
>逆引きの結果は以下のコマンドでわかると思います.
>     perl -MSocket -e '$n = gethostbyaddr(inet_aton("address"), AF_INET);print "$n\n"'
>  
>
上記コマンドを実行いたしましたが、何も実行結果は返ってきませんでした。

[root ＠ cluster000 mom_logs]# perl -MSocket -e '$n
=gethostbyaddr(inet_aton("address")
,AF_INET);print "$n\n"'

[root ＠ cluster000 mom_logs]


以上、宜しくお願い申し上げます。


>                       from Kameyama Toyohisa
>
>
>  
>

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デジタルテクノロジー株式会社
テクニカルサポート部 技術一課
児玉　俊幸
〒116-0014 東京都荒川区東日暮里5-7-18 コスモパークビル
TEL:03-5604-7979 FAX:03-3802-3400
E-mail:kodama ＠ dtc.co.jp
http://www.dtc.co.jp
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From kameyama ＠ pccluster.org  Tue Mar 23 08:47:24 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Tue, 23 Mar 2004 08:47:24 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: Your message of "Mon, 22 Mar 2004 20:20:33 JST."
             <405ECC01.5090704@dtc.co.jp>
Message-ID: <20040322234351.2A8E512894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <405ECC01.5090704 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
> >逆引きの結果は以下のコマンドでわかると思います.
> >     perl -MSocket -e '$n = gethostbyaddr(inet_aton("address"), AF_INET);pri
> nt "$n\n"'
> >  
> >
> 上記コマンドを実行いたしましたが、何も実行結果は返ってきませんでした。
> 
> [root ＠ cluster000 mom_logs]# perl -MSocket -e '$n
> =gethostbyaddr(inet_aton("address")
> ,AF_INET);print "$n\n"'

address の部分は log file に書かれている IP address を入れてください.

                       from Kameyama Toyohisa


From t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp  Tue Mar 23 11:16:48 2004
From: t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp (kimura toshinori)
Date: Tue, 23 Mar 2004 11:16:48 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] NIS サーバでクライアントは不要？
Message-ID: <20040323021648.68176.qmail@web1004.mail.yahoo.co.jp>

岡山科学技術専門学校の木村と申します。
今，EITを使わないで，RPMファイルを使って，SCoreのサーバ
，計算ホストをインストールしようとしています。
サーバ起動時ypbindがエラーを出すのですが，サーバでNISの
サーバを動かしていると，NISクライアントは動かす必要が無
いのでしょうか？
初歩的な質問だと思いますがよろしくお願い致します。


From kameyama ＠ pccluster.org  Tue Mar 23 12:19:58 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Tue, 23 Mar 2004 12:19:58 +0900
Subject: [SCore-users-jp] NIS サーバでクライアントは不要？
In-Reply-To: Your message of "Tue, 23 Mar 2004 11:16:48 JST."
             <20040323021648.68176.qmail@web1004.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <20040323031625.10E6012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <20040323021648.68176.qmail ＠ web1004.mail.yahoo.co.jp> kimura toshinori <t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp> wrotes:
> 今，EITを使わないで，RPMファイルを使って，SCoreのサーバ
> ，計算ホストをインストールしようとしています。
> サーバ起動時ypbindがエラーを出すのですが，サーバでNISの
> サーバを動かしていると，NISクライアントは動かす必要が無
> いのでしょうか？

運用次第ですが, 通常は動かしたほうが好ましいと思います.

ypbind のエラーですが, ypserv が動いているということは domainname の
設定はできていると推測できますので /etc/yp.conf の設定を見直す必要が
あると思います.

                       from Kameyama Toyohisa


From kodama ＠ dtc.co.jp  Tue Mar 23 15:12:54 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Tue, 23 Mar 2004 15:12:54 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
References: <20040322234351.2A8E512894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <405FD566.4090005@dtc.co.jp>

亀山様

デジタルテクノロジーの児玉です。
お世話になります。

kameyama ＠ pccluster.org wrote:

>亀山です.
>
>In article <405ECC01.5090704 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
>  
>
>>>逆引きの結果は以下のコマンドでわかると思います.
>>>    perl -MSocket -e '$n = gethostbyaddr(inet_aton("address"), AF_INET);pri
>>>      
>>>
>>nt "$n\n"'
>>    
>>
>>> 
>>>
>>>      
>>>
>>上記コマンドを実行いたしましたが、何も実行結果は返ってきませんでした。
>>
>>[root ＠ cluster000 mom_logs]# perl -MSocket -e '$n
>>=gethostbyaddr(inet_aton("address")
>>,AF_INET);print "$n\n"'
>>    
>>
>
>address の部分は log file に書かれている IP address を入れてください.
>
失礼致しました。

下記コマンドを実行したところ、マスタノードのホスト名が表示されました。

[root ＠ cluster000 mom_logs]# perl -MSocket -e '$n =gethostbyaddr(inet_aton("x.x.x.x")
,AF_INET);print "$n\n"'

cluster000.test.jp

これからすると、逆引きはできているような気がします。

一つ気になるのは、rootユーザではpbs_momが正常に起動し、一般ユーザでは
pbs_momを起動しようとすると、

[test ＠ master test]$ /etc/init.d/pbs_mom start
Starting pbs_mom: pbs_mom: is not installed [失敗]

と出ます。これはpbs_momのアクセス権の問題かと思いまして、
pbs_momのchmodも行いましたが、現象は同じでした。

以上、宜しくお願い申し上げます。


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E-mail:kodama ＠ dtc.co.jp
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From shhan ＠ crk.co.kr  Tue Mar 23 18:07:56 2004
From: shhan ＠ crk.co.kr (=?ks_c_5601-1987?B?x9G8rsjx?=)
Date: Tue, 23 Mar 2004 18:07:56 +0900
Subject: [SCore-users-jp] [SCore-users] compile problem
Message-ID: <014a01c410b6$60be8f10$e79e4b86@shhanevo>

Dear all,

I setup SCore cluster, 1 dual Pentium-4 server node and 2 dual Athlon cluster nodes,
and I tested to compile mpi program.
There was PGI compiler, specially "pgf77", on server node and I tried to compile MM5 v3.

There is a part of compile time error message.
##########################################################
/opt/score/bin/mpicc -c -I../../MPP -I../../MPP/RSL -I../../pick -I../../MPP/debug -I../../MPP/R
SL/RSL -DMPP1 -DIOR=2 -DIWORDSIZE=4 -DRWORDSIZE=4 -DLWORDSIZE=4 -DASSUME_HOMOGENEOUS_ENVIRONMENT
=1 -DMPI -I/opt/score/mpi/mpich-1.2.5/i386-redhat7-linux2_4_gnu/include -I/opt/score/include  mi
lliclock.c
/opt/score/bin/mpif77 -o mm5.mpp addall.o addrx1c.o addrx1n.o bdyin.o bdyrst.o bdyten.o bdyval.o
 cadjmx.o coef_diffu.o condload.o consat.o convad.o couple.o date.o dcpl3d.o dcpl3dwnd.o decoupl
e.o define_comms.o diffu.o dm_io.o dots.o dtfrz.o fillcrs.o fkill_model.o gamma.o gauss.o hadv.o
 init.o initsav.o initts.o kfbmdata.o kill_model.o lb_alg.o lbdyin.o mhz.o mm5.o mp_equate.o mp_
initdomain.o mp_shemi.o mparrcopy.o mpaspect.o nconvp.o nudge.o output.o outsav.o outtap.o outts
.o outts_c.o param.o paramr.o rdinit.o savread.o settbl.o sfcrad.o shutdo.o slab.o solar1.o solv
e.o sound.o subch.o trans.o transm.o upshot_mm5.o vadv.o vecgath.o write_big_header.o write_fiel
drec.o write_flag.o                               exmoisr.o                                    c
upara6.o dtfrznew.o envirtht.o                  kfpara.o prof5.o tpdd.o tpmix.o
       mrfpbl.o tridi2.o                     in4dgd.o mpblw.o conv3.o smther.o unity.o mpmapsmp.
o                  qsatgd.o nopro.o bufslgd.o nudgd.o blnudgd.o                  intpsgd.o setup
gd.o bufvdgd.o blbrgd.o julgmt.o  setfd.o fdaoff.o         lwrad.o swrad.o            milliclock
.o ../../MPP/RSL/RSL/librsl.a -O2 -Mcray=pointer -tp athlon -pc 32 -Mnoframe -byteswapio -Mvect=
sse -Mcache_align   -L/opt/score/mpi/mpich-1.2.5/i386-redhat7-linux2_4_pgi/lib -lfmpich -lmpich
/opt/score5.6.0/mpi/mpich-1.2.5/i386-redhat7-linux2_4_pgi/lib/libmpich.a(global_ops.o): In funct
ion `MPIR_LAND':
global_ops.o(.text+0x12d2): undefined reference to `__mth_i_kcmpz'
global_ops.o(.text+0x12ec): undefined reference to `__mth_i_kcmpz'
/opt/score5.6.0/mpi/mpich-1.2.5/i386-redhat7-linux2_4_pgi/lib/libmpich.a(global_ops.o): In funct
ion `MPIR_LOR':
global_ops.o(.text+0x1b62): undefined reference to `__mth_i_kcmpz'
global_ops.o(.text+0x1b7c): undefined reference to `__mth_i_kcmpz'
/opt/score5.6.0/mpi/mpich-1.2.5/i386-redhat7-linux2_4_pgi/lib/libmpich.a(global_ops.o): In funct
ion `MPIR_LXOR':
global_ops.o(.text+0x2432): undefined reference to `__mth_i_kcmpz'
/opt/score5.6.0/mpi/mpich-1.2.5/i386-redhat7-linux2_4_pgi/lib/libmpich.a(global_ops.o)(.text+0x2
44c): more undefined references to `__mth_i_kcmpz' follow
make[1]: [all] ?? 1 (???)
/bin/mv mm5.mpp ../../Run/mm5.mpp
/bin/mv: cannot stat `mm5.mpp': ?? ???? ????? ??
make[1]: [all] ?? 1 (???)
make[1]: ?? `/home/shhan/RDPS/.SRC/MM5/MPP/build' ????
##########################################################

Has anybody experienced like this message?
If someone has similar experience, could you give me any advice?

Regards,
Seok-Hee, Han
-------------- next part --------------
HTMLの添付ファイルを保管しました...
URL: <http://new1.pccluster.org/pipermail/score-users-jp/attachments/20040323/55b05ee7/attachment.html>

From kameyama ＠ pccluster.org  Tue Mar 23 18:38:11 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Tue, 23 Mar 2004 18:38:11 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: [SCore-users] compile problem
In-Reply-To: Your message of "Tue, 23 Mar 2004 18:07:56 JST."
             <014a01c410b6$60be8f10$e79e4b86@shhanevo>
Message-ID: <20040323093436.8AA4812894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

In article <014a01c410b6$60be8f10$e79e4b86 ＠ shhanevo> =?ks_c_5601-1987?B?x9G8rsjx?= <shhan ＠ crk.co.kr> wrotes:
> /opt/score/bin/mpicc -c -I../../MPP -I../../MPP/RSL -I../../pick \
> -I../../MPP/debug -I../../MPP/RSL/RSL -DMPP1 -DIOR=2 -DIWORDSIZE=4 \
> -DRWORDSIZE=4 -DLWORDSIZE=4 -DASSUME_HOMOGENEOUS_ENVIRONMENT=1 -DMPI \
> -I/opt/score/mpi/mpich-1.2.5/i386-redhat7-linux2_4_gnu/include \
> -I/opt/score/include  milliclock.c

If you use pgi compiler, you shuld use /opt/score/mpi/mpich-1.2.5/i386-redhat7-linux2_4_pgi/include header files.
(In general, you may not specify mpi header and library path.)

> /opt/score/bin/mpif77 -o mm5.mpp ...

> global_ops.o(.text+0x12d2): undefined reference to `__mth_i_kcmpz'

Please check default compiler for mpicc and mpif77.
__mth_i_kcmpz is in libpgc.a on PGI library.
I want this library is linked by pgf77.
If you use realy pgi compiler, and your libpgc.a dose not __mth_i_kcmpz
symbol, you must re-compile MPI library.
(We use PGI version 3.3, If you use different version, you may be could not
use the library.)

                       from Kameyama Toyohisa
_______________________________________________
SCore-users mailing list
SCore-users ＠ pccluster.org
http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users


From kameyama ＠ pccluster.org  Tue Mar 23 19:27:35 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Tue, 23 Mar 2004 19:27:35 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて
In-Reply-To: Your message of "Tue, 23 Mar 2004 15:12:54 JST."
             <405FD566.4090005@dtc.co.jp>
Message-ID: <20040323102401.1D5CE12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <405FD566.4090005 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
> 失礼致しました。
> 
> 下記コマンドを実行したところ、マスタノードのホスト名が表示されました。
> 
> [root ＠ cluster000 mom_logs]# perl -MSocket -e '$n =gethostbyaddr(inet_aton("x.
> x.x.x")
> ,AF_INET);print "$n\n"'
> 
> cluster000.test.jp
> 
> これからすると、逆引きはできているような気がします。

すみません.
別のところを見ていました.
多分, この log の発生時刻は一般 user が xpbsmon の起動時刻と一致していると
思います.
pbs_mom は特権 port 以外からきて config file に
    $restricted hostname
の記述のないホストからの接続を拒否するようです.
そして, 特権 port をもつためには root 権限が必要です.
そのため一般 user から起動するプロセスからの接続を拒否します.

> 一つ気になるのは、rootユーザではpbs_momが正常に起動し、一般ユーザでは
> pbs_momを起動しようとすると、
> 
> [test ＠ master test]$ /etc/init.d/pbs_mom start
> Starting pbs_mom: pbs_mom: is not installed [失敗]
> 
> と出ます。これはpbs_momのアクセス権の問題かと思いまして、
> pbs_momのchmodも行いましたが、現象は同じでした。

一般に /etc/rc.d/init.d/* の script は root 以外で立ち上げることを
想定していません.
root 以外で立ち上げてもトラブルのもとになるだけだと思います.
(エラー自体はアクセス権の問題で,
    /opt/score5.6.0/pbs/i386-redhat7-linux2_4/sbin/pbs_mom
をその user で実行可能にすればこのエラーはなくなるとは思いますけど...)

                       from Kameyama Toyohisa


From kameyama ＠ pccluster.org  Tue Mar 23 19:48:09 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Tue, 23 Mar 2004 19:48:09 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: Your message of "Mon, 22 Mar 2004 16:42:23 JST."
             <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00@localhost>
Message-ID: <20040323104434.68CEE12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00 ＠ localhost> Yamamoto Takaya <Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
> しかし、PMテストに失敗。イーサーとMyrinetのIRQがかぶっていました。
> 
> マザーボードはASUSのP4P800-VMを使っているのですが、BIOSが以前と違っていて、
> 手動でIRQを設定するやり方がわからず、今はここで止まっています。

もしかすると, SMP kernel を使用すると IO-APIC が有効になって
IRQ が分散するかもしれません.

全く別の chipset (Intel E7501, Xeon * 2) ですが,
EIT 中の kernel (uni processor) をみると IRQ がかぶっていたのですが,
EIT が終了し, 本番用の SMP kernel が動いたら IRQ が分散しました.
P4P800-VM の chipset 865G も IO-APIC がついているので, 分散するかも
しれません.

                       from Kameyama Toyohisa


From s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp  Tue Mar 23 20:04:35 2004
From: s-sumi ＠ flab.fujitsu.co.jp (Shinji Sumimoto)
Date: Tue, 23 Mar 2004 20:04:35 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: <20040323104434.68CEE12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00@localhost>
	<20040323104434.68CEE12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <20040323.200435.27800962.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>

富士通研の住元です。

カーネルのmake menucofnigの画面のIP-APICの部分はどうなっていますでしょ
うか? 以下のようにしてカーネルを再構築すれば大丈夫かと思います。

[ ] Symmetric multi-processing support                               │ │
[*] Local APIC support on uniprocessors                              │ │
[*] IO-APIC support on uniprocessors                                 │ │
[ ] Unsynced TSC support                                             │ │

From: kameyama ＠ pccluster.org
Subject: Re: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
Date: Tue, 23 Mar 2004 19:48:09 +0900
Message-ID: <20040323104434.68CEE12894E ＠ neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

kameyama> 亀山です.
kameyama> 
kameyama> In article <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00 ＠ localhost> Yamamoto Takaya <Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
kameyama> > しかし、PMテストに失敗。イーサーとMyrinetのIRQがかぶっていました。
kameyama> > 
kameyama> > マザーボードはASUSのP4P800-VMを使っているのですが、BIOSが以前と違っていて、
kameyama> > 手動でIRQを設定するやり方がわからず、今はここで止まっています。
kameyama> 
kameyama> もしかすると, SMP kernel を使用すると IO-APIC が有効になって
kameyama> IRQ が分散するかもしれません.
kameyama> 
kameyama> 全く別の chipset (Intel E7501, Xeon * 2) ですが,
kameyama> EIT 中の kernel (uni processor) をみると IRQ がかぶっていたのですが,
kameyama> EIT が終了し, 本番用の SMP kernel が動いたら IRQ が分散しました.
kameyama> P4P800-VM の chipset 865G も IO-APIC がついているので, 分散するかも
kameyama> しれません.
kameyama> 
kameyama>                        from Kameyama Toyohisa
kameyama> _______________________________________________
kameyama> SCore-users-jp mailing list
kameyama> SCore-users-jp ＠ pccluster.org
kameyama> http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users-jp
kameyama> 
------
Shinji Sumimoto, Fujitsu Labs


From t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp  Wed Mar 24 13:17:29 2004
From: t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp (kimura toshinori)
Date: Wed, 24 Mar 2004 13:17:29 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] NIS サーバでクライアントは不要？
In-Reply-To: <20040323031625.10E6012894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <20040324041729.19790.qmail@web1001.mail.yahoo.co.jp>

岡山科学技術専門学校の木村です。
ypbindがエラーを出していたのは，
NISサーバの初期化を行っていなかったのが原因のようです。
/usr/lib/yp/ypinit -m
を実行するとエラーを出さなくなりました。
お世話になりました。

--- kameyama ＠ pccluster.org からのメッセージ：
> 亀山です.
> 
> In article
> <20040323021648.68176.qmail ＠ web1004.mail.yahoo.co.jp>
> kimura toshinori <t_ki_mu_ra ＠ yahoo.co.jp> wrotes:
> >
> 今，EITを使わないで，RPMファイルを使って，SCoreのサー
バ
> > ，計算ホストをインストールしようとしています。
> >
> サーバ起動時ypbindがエラーを出すのですが，サーバでNIS
の
> >
> サーバを動かしていると，NISクライアントは動かす必要が
無
> > いのでしょうか？
> 
> 運用次第ですが,
> 通常は動かしたほうが好ましいと思います.
> 
> ypbind のエラーですが, ypserv
> が動いているということは domainname の
> 設定はできていると推測できますので /etc/yp.conf
> の設定を見直す必要が
> あると思います.
> 
>                        from Kameyama Toyohisa
> _______________________________________________
> SCore-users-jp mailing list
> SCore-users-jp ＠ pccluster.org
> http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users-jp



From Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp  Wed Mar 24 19:29:58 2004
From: Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp (Yamamoto Takaya)
Date: Wed, 24 Mar 2004 19:29:58 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: <20040322080713.2360E12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <"Your message of Mon, 22 Mar 2004 16:42:23 JST."<5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00@localhost>
Message-ID: <5.0.2.5.2.20040324192823.00c4de00@localhost>

亀山様

山本です。

> > サーバーセットアップも終わって、無事SCoreインストール完了と思ったら、
> > 再起動後、scorehostsが実行できませんでした。
> > メッセージから、scoreboardが動いていないと思い、チェックすると、
> > /opt/score/etc/ndconfの下に、0が存在していませんでした。
> > 3台構成のPCクラスタ（サーバーは計算ホスト兼用）を作ったのですが、
> > 1と2だけが存在していました。
>
>0 はサーバと兼用のものでしょうか?
>兼用だとすると
>      /opt/score/setup/install/hostinfo
>はありますでしょうか?

0はサーバと兼用です。
hostinfoはありました。

> > ・EITインストールで、上記ndconfの下に0が存在しないことがあるという現象は、
> > 　原因はわかっているでしょうか？
>
>そのような減少は報告されていないような気がします.
>
> > ・自分で0を作る以外に、何か設定をする必要があるでしょうか？
>
>このファイルから /opt/score/etc/pm-ethernetnet.conf を作成しているので,
>中身に 0 があるかどうか確認してください.
>なければ,
>     # cd /opt/score/etc/ndconf
>     # /opt/score/setup/install/mkpmethernetconf pmethernetconf-skelton 
> /opt/score/etc/pm-ethernet.conf
>を実行してください.

pm-ethernet.confの中身に0はありました。

以上



From Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp  Wed Mar 24 19:32:30 2004
From: Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp (Yamamoto Takaya)
Date: Wed, 24 Mar 2004 19:32:30 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: <20040323.200435.27800962.s-sumi@flab.fujitsu.co.jp>
References: <20040323104434.68CEE12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
 <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00@localhost>
 <20040323104434.68CEE12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <5.0.2.5.2.20040324191833.00c3c4c8@localhost>

亀山様、住元様

山本です。
コメントありがとうございます。
以下のようにいろいろ試した結果、何とかセットアップが完了できました。

----------
まず、コメントをもらう前に、Myrinetを挿入するPCIスロットの場所を変更してみま 
したが、
Myrinetが認識されませんでした。
（最初にセットアップしたときも、他のスロットでは認識されていなかった）

次に、コメントを参考に、
SMP kernelで起動しましたが、IO-APIC有効でもIRQはかぶっていました。
次に、カーネル再構築しようとしたのですが、make modulesでエラー発生。
SMP kernelでもだめだったのと時間がなかったので、
深入りはせずにIO-APICのテストはここでやめました。

次に、BIOSで、USB全ポートとパラレルポートをdisableにしたところ、
ようやくIRQの重複が解消されました。
この結果、PMテスト、mandelデモが問題なく動くようになりました。


どうもありがとうございました。


以上


At 20:04 04/03/23 +0900, Shinji Sumimoto wrote:
>富士通研の住元です。
>
>カーネルのmake menucofnigの画面のIP-APICの部分はどうなっていますでしょ
>うか? 以下のようにしてカーネルを再構築すれば大丈夫かと思います。
>
>[ ] Symmetric multi-processing support                               │ │
>[*] Local APIC support on uniprocessors                              │ │
>[*] IO-APIC support on uniprocessors                                 │ │
>[ ] Unsynced TSC support                                             │ │
>
>From: kameyama ＠ pccluster.org
>Subject: Re: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
>Date: Tue, 23 Mar 2004 19:48:09 +0900
>Message-ID: <20040323104434.68CEE12894E ＠ neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
>
>kameyama> 亀山です.
>kameyama>
>kameyama> In article <5.0.2.5.2.20040322163250.00c38d00 ＠ localhost> 
>Yamamoto Takaya <Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
>kameyama> > しかし、PMテストに失敗。イーサーとMyrinetのIRQがかぶっていました。
>kameyama> >
>kameyama> > マザーボードはASUSのP4P800-VMを使っているのですが、BIOSが以前と 
>違っていて、
>kameyama> > 手動でIRQを設定するやり方がわからず、今はここで止まっています。
>kameyama>
>kameyama> もしかすると, SMP kernel を使用すると IO-APIC が有効になって
>kameyama> IRQ が分散するかもしれません.
>kameyama>
>kameyama> 全く別の chipset (Intel E7501, Xeon * 2) ですが,
>kameyama> EIT 中の kernel (uni processor) をみると IRQ がかぶっていたのですが,
>kameyama> EIT が終了し, 本番用の SMP kernel が動いたら IRQ が分散しました.
>kameyama> P4P800-VM の chipset 865G も IO-APIC がついているので, 分散するかも
>kameyama> しれません.
>kameyama>
>kameyama>                        from Kameyama Toyohisa
>kameyama> _______________________________________________
>kameyama> SCore-users-jp mailing list
>kameyama> SCore-users-jp ＠ pccluster.org
>kameyama> http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users-jp
>kameyama>
>------
>Shinji Sumimoto, Fujitsu Labs
>_______________________________________________
>SCore-users-jp mailing list
>SCore-users-jp ＠ pccluster.org
>http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users-jp



From kameyama ＠ pccluster.org  Wed Mar 24 19:41:03 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Wed, 24 Mar 2004 19:41:03 +0900
Subject: [SCore-users-jp] 計算ホストインストールに失敗
In-Reply-To: Your message of "Wed, 24 Mar 2004 19:29:58 JST."
             <5.0.2.5.2.20040324192823.00c4de00@localhost>
Message-ID: <20040324103725.9B20712894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <5.0.2.5.2.20040324192823.00c4de00 ＠ localhost> Yamamoto Takaya <Yamamoto.Takaya ＠ wrc.melco.co.jp> wrotes:
> >0 はサーバと兼用のものでしょうか?
> >兼用だとすると
> >      /opt/score/setup/install/hostinfo
> >はありますでしょうか?
> 
> 0はサーバと兼用です。
> hostinfoはありました。
> 
> >このファイルから /opt/score/etc/pm-ethernetnet.conf を作成しているので,
> >中身に 0 があるかどうか確認してください.
> >なければ,
> >     # cd /opt/score/etc/ndconf
> >     # /opt/score/setup/install/mkpmethernetconf pmethernetconf-skelton 
> > /opt/score/etc/pm-ethernet.conf
> >を実行してください.
> 
> pm-ethernet.confの中身に0はありました。

ということは, pm-ethernet.conf を作成するときには 0 のファイルがあって
そのあとに消えたように思われます.
理由は不明ですけど...

                       from Kameyama Toyohisa


From kodama ＠ dtc.co.jp  Thu Mar 25 15:33:59 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Thu, 25 Mar 2004 15:33:59 +0900
Subject: [SCore-users-jp] Re: OpenPBSについて（解決）
References: <20040323102401.1D5CE12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <40627D57.3000607@dtc.co.jp>

亀山様

デジタルテクノロジーの児玉です。
お世話になっております。

結論から言いますと、本件、解決いたしました。

kameyama ＠ pccluster.org 様が書きました。

>亀山です.
>
>In article <405FD566.4090005 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
>  
>
>>失礼致しました。
>>
>>下記コマンドを実行したところ、マスタノードのホスト名が表示されました。
>>
>>[root ＠ cluster000 mom_logs]# perl -MSocket -e '$n =gethostbyaddr(inet_aton("x.
>>x.x.x")
>>,AF_INET);print "$n\n"'
>>
>>cluster000.test.jp
>>
>>これからすると、逆引きはできているような気がします。
>>    
>>
>
>すみません.
>別のところを見ていました.
>多分, この log の発生時刻は一般 user が xpbsmon の起動時刻と一致していると
>思います.
>pbs_mom は特権 port 以外からきて config file に
>    $restricted hostname
>の記述のないホストからの接続を拒否するようです.
>
ここの記述がヒントになりました。
/var/scored/pbs/mom_priv/config　ファイルを以下のように
編集し、/etc/init.d/pbs_momデーモンを再起動させました。

$logevent 0x1ff
$clienthost master.cluster.net
$clienthost client01.cluster.net
$clienthost client02.cluster.net
$restricted master.cluster.net　←　ここの部分を追加しました。

その後、一般ユーザにてxpbsmonコマンドを実行したところ、
pbs_momが正常に起動し（全て「FREE」の状態になりました）
下記の手順にて、OpenPBSの正常動作も確認出来ました。

   #  msgb -group xxxxx (xxxxxはScoreのグループ名)
   #  cd /opt/score.image/NPB
   #  tar zxvf NPB.binary.tar.gz
   #  sc_qsub -nodes=4 cg.B.4


どうもありがとうございました。
今後とも宜しくお願い申し上げます。

------------------------------------------------
デジタルテクノロジー株式会社
テクニカルサポート部 技術一課
児玉　俊幸
〒116-0014 東京都荒川区東日暮里5-7-18 コスモパークビル
TEL:03-5604-7979 FAX:03-3802-3400
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------------------------------------------------ 





From matsuzaka ＠ st-systems.co.jp  Fri Mar 26 15:10:17 2004
From: matsuzaka ＠ st-systems.co.jp (Teiji Matsuzaka)
Date: Fri, 26 Mar 2004 15:10:17 +0900
Subject: [SCore-users-jp] SCore-D:PANIC Network freezing timed out
Message-ID: <20040326150904.F6B1.MATSUZAKA@st-systems.co.jp>

松阪と申します。

1ノード2CPUの112ノード構成のLinuxクラスタを構築し
Open PBS/SCoreからNPB2.4のsp.A.25を何回か実行した
ところ次の様なエラーが発生しました。
scored を使用して別の計算を行った時も同じエラーが
発生します。正常終了する場合もあります。
SCoreの方で同じような現象が有りませんでしょうか。
又、対処方法など教えて頂けませんでしょうか。
宜しくお願い致します。

<10> SCore-D:PANIC Network freezing timed out !!
SCORE: Killing ...

【ネットワークモジュール】
昨年6月に導入した70ノード：　broadcom5703
(安定稼動していたシステムです)
増設分　         42ノード：　broadcom5704
(増設後に今回のエラーが発生しております)

112ノード構成時にドライバは両方ともbcm5700を使い、
scstestが24時間以上問題なく稼動している状態です。

【実行コマンド】
$ qsub sp.A.25.sh

【実行スクリプトと実行ログ】
-[sp.A.25.sh]-----------------------------------------------
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=13:score
#PBS -l ncpus=25

LANG=C
export LANG

cd /home/npb-score/exec.log
logfile="sp.A.25.run.$$"

(date
/usr/bin/time \
        scout -wait -F ${PBS_NODEFILE} -e scrun -nodes=25 \
        /home/npb-score/bin/sp.A.25
date) >& ${logfile}

-[sp.A.25.run.xxxx]-----------------------------------------
Fri Mar 26 01:08:53 JST 2004
SCOUT: Spawning done.
SCore-D 5.6.1 connected.
<0:0> SCORE: 25 nodes (13x2) ready.


 NAS Parallel Benchmarks 2.4 -- SP Benchmark

 No input file inputsp.data. Using compiled defaults
 Size:  64x 64x 64
 Iterations: 400    dt:   0.001500
 Number of active processes:    25

 Time step    1
 Time step   20
 Time step   40
 Time step   60
 Time step   80
<10> SCore-D:PANIC Network freezing timed out !!
SCORE: Killing ...
------------------------------------------------------------

以上



From kodama ＠ dtc.co.jp  Sat Mar 27 04:15:13 2004
From: kodama ＠ dtc.co.jp (Toshiyuki Kodama)
Date: Sat, 27 Mar 2004 04:15:13 +0900
Subject: [SCore-users-jp] PBSでのジョブ投入について
Message-ID: <40648141.2070800@dtc.co.jp>

PCClusterサポート御中

デジタルテクノロジーの児玉と申します。
何時もお世話になっております。

先日は、OpenPBSの件についてご対応いただき、ありがとうございました。
しかしながら、OpenPBS絡みで、新たにお聞きしたいことがございます。

PBSでジョブを投入する時に、スクリプト（test.sh）を作成し、
そのスクリプトをqsubコマンドを用いて、ジョブとして投
入するのですが、

$ psub test.sh

下記スクリプトでは、ジョブが正常に投入されるにもかかわらず

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:score
#PBS -l ncpus=1
　　export LANG=C
　　hostname
　　date
　　scout -wait -F ${PBS_NODEFILE} -e scrun -nodes=1
/opt/score.image/NPB/bt.A.1

下記スクリプトに変更すると、ジョブが正常に投入されず、
「1:cluster000.test.jp」のような表示がなされるだけです。
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1
#PBS -l ncpus=1
　　export LANG=C
　　hostname
　　date
　　scout -wait -F ${PBS_NODEFILE} -e scrun -nodes=1
/opt/score.image/NPB/bt.A.1

両者の違いは、pbs -l　コマンド実行時の、「score」という
オプション（SCore 用の並列プログラムが投入されることを意味する）
の有無だけです。
確か、SCore5.4でのPBSの時は、どちらでも正常にジョブが
投入されたかと思いますが、SCore5.6.1ではscoreオプションを
つけないと、ジョブの投入は正常に行われない仕組みになっているのでしょうか。
それとも、何かジョブ設定に関する記述が足りないのでしょうか。

なお、ジョブの投入が正常に行われなかった際のログを下記に示します。

- /var/scored/server_logs/20040326
03/26/2004 22:01:55;0100;PBS_Server;Req;;Type 49 request received from
npb-score ＠ cluster000.test.jp, sock=10
03/26/2004 22:01:55;0100;PBS_Server;Req;;Type 1 request received from
npb-score ＠ cluster000.test.jp, sock=9
　　　　　　　　　　　　　　　　　・
　　　　　　　　　　　　　　　　　・
03/26/2004
22:01:55;0100;PBS_Server;Job;1009.cluster000.test.jp;enqueuing into
default, state 1 hop 1
03/26/2004 22:01:55;0008;PBS_Server;Job;1009.cluster000.test.jp;Job
Queued at request of npb-score ＠ cluster000.test.jp, owner =
npb-score ＠ cluster000.test.jp, job name = test.sh, queue = default
03/26/2004 22:01:55;0040;PBS_Server;Svr;cluster000.test.jp;Scheduler
sent command 1
03/26/2004 22:01:55;0100;PBS_Server;Req;;Type 21 request received from
Scheduler ＠ cluster000.test.jp, sock=10
　　　　　　　　　　　　　　　　　・
　　　　　　　　　　　　　　　　　・
03/26/2004 22:01:55;0008;PBS_Server;Job;1009.cluster000.test.jp;Job
Modified at request of Scheduler ＠ cluster000.test.jp
03/26/2004 22:01:55;0100;PBS_Server;Req;;Type 15 request received from
Scheduler ＠ cluster000.test.jp, sock=10
　　　　　　　　　　　　　　　　　・
　　　　　　　　　　　　　　　　　・
03/26/2004
22:01:55;0010;PBS_Server;Job;1009.cluster000.test.jp;Exit_status=127
resources_used.cput=00:00:00 resources_used.mem=0kb
resources_used.vmem=0kb resources_used.walltime=00:00:00
03/26/2004 22:02:03;0100;PBS_Server;Req;;Type 49 request received from
npb-score ＠ cluster000.test.jp, sock=11
03/26/2004 22:02:03;0100;PBS_Server;Req;;Type 58 request received from
npb-score ＠ cluster000.test.jp, sock=9

- /var/scored/server_logs/20040326
(client側)
03/26/2004 21:19:08;0080; pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
/opt/score5.6.0/pbs/i386-redhat7-linux2_4/sbin/pbs_rcp -r
/var/scored/pbs/spool/1006.istbs0.ER
npb-score ＠ cluster000.test.jp:/home/npb-score/work/test.sh.e1006
status=1, try=3
03/26/2004 21:19:08;0080; pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
/opt/score5.6.0/pbs/i386-redhat7-linux2_4/sbin/pbs_rcp -r
/var/scored/pbs/spool/1006.istbs0.ER
npb-score ＠ cluster000.test.jp:/home/npb-score/work/test.sh.e1006
status=1, try=4

(server側)
03/26/2004 16:03:45;0008; pbs_mom;Job;629.cluster000.test.jp;Terminated
03/26/2004 16:03:45;0008; pbs_mom;Job;629.cluster000.test.jp;kill_job
03/26/2004 16:03:45;0008; pbs_mom;Job;632.cluster000.test.jp;Terminated
03/26/2004 16:03:45;0080; pbs_mom;Job;629.cluster000.test.jp;Obit sent
03/26/2004 16:03:45;0008; pbs_mom;Job;632.cluster000.test.jp;kill_job
03/26/2004 16:03:48;0100; pbs_mom;Req;;Type 54 request received from
PBS_Serve
r ＠ localhost.localdomain, sock=35

- /var/spool/npb-score
Unable to copy file 1006.istbs0.ER to
cluster000.test.jp:/home/npb-score/work/test.sh.e1006
>>> error from copy
rcmd: socket: Permission denied
>>> end error output
Output retained on that host in: /var/scored/pbs/undelivered/1006.istbs0.ER

以上の情報で不足している場合は、ご連絡を頂ければ幸いで御座います。


よろしくお願いします。

 
------------------------------------------------
デジタルテクノロジー株式会社
児玉　俊幸
E-mail:kodama ＠ dtc.co.jp
http://www.dtc.co.jp
------------------------------------------------




From kameyama ＠ pccluster.org  Sat Mar 27 12:52:07 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Sat, 27 Mar 2004 12:52:07 +0900
Subject: [SCore-users-jp] PBSでのジョブ投入について
In-Reply-To: Your message of "Sat, 27 Mar 2004 04:15:13 JST."
             <40648141.2070800@dtc.co.jp>
Message-ID: <20040327034820.E449F12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <40648141.2070800 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp> wrotes:
> 下記スクリプトに変更すると、ジョブが正常に投入されず、
> 「1:cluster000.test.jp」のような表示がなされるだけです。
> #!/bin/bash
> #PBS -l nodes=1
> #PBS -l ncpus=1
> 　　export LANG=C
> 　　hostname
> 　　date
> 　　scout -wait -F ${PBS_NODEFILE} -e scrun -nodes=1
> /opt/score.image/NPB/bt.A.1

以前の mail のとおり score をつけないと compute host で実行されますので,
scout コマンドがみつからず, bt の実行はできず,
hostname と date だけの実行になります.

問題は hostname, date の実行もされないことですが,

> (client側)
> 03/26/2004 21:19:08;0080; pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
> /opt/score5.6.0/pbs/i386-redhat7-linux2_4/sbin/pbs_rcp -r
> /var/scored/pbs/spool/1006.istbs0.ER
> npb-score ＠ cluster000.test.jp:/home/npb-score/work/test.sh.e1006
> status=1, try=3

pbs_rcp の実行に失敗しているようです.
client 側に pbs_rcp は存在しているでしょうか?
また, pbs_rcp は owner root で setuid bit が立っている必要があるのですが,
パーミッションは適切でしょうか?

                       from Kameyama Toyohisa


From kodama.t ＠ olive.livedoor.com  Mon Mar 29 22:08:49 2004
From: kodama.t ＠ olive.livedoor.com (=?iso-2022-jp?b?a29kYW1hLnQgGyRCIXcbKEIgb2xpdmUubGl2ZWRvb3IuY29t?=)
Date: Mon, 29 Mar 2004 22:08:49 +0900 (JST)
Subject: [SCore-users-jp] PBSでのジョブ投入について
Message-ID: <200403291308.i2TD8nAH066709@SMTP.MyNET.JP>

亀山様

デジタルテクノロジーの児玉です。
お世話になっております。

kameyama ＠ pccluster.org 様が書きました。

>亀山です.
>
>In article <40648141.2070800 ＠ dtc.co.jp> Toshiyuki Kodama <kodama ＠ dtc.co.jp>
wrotes:
>  
>
>>下記スクリプトに変更すると、ジョブが正常に投入されず、
>>「1:cluster000.test.jp」のような表示がなされるだけです。
>>#!/bin/bash
>>#PBS -l nodes=1
>>#PBS -l ncpus=1
>>　　export LANG=C
>>　　hostname
>>　　date
>>　　scout -wait -F ${PBS_NODEFILE} -e scrun -nodes=1
>>/opt/score.image/NPB/bt.A.1
>>    
>>
>
>以前の mail のとおり score をつけないと compute host で実行されますので,
>scout コマンドがみつからず, bt の実行はできず,
>hostname と date だけの実行になります.
>  
>
はい。これは、scoreオプションをつけないと、ジョブの実行ができないと
いうことで理解しましたが、これで間違いないでしょうか。

>問題は hostname, date の実行もされないことですが,
>
>>(client側)
>>03/26/2004 21:19:08;0080; pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
>>/opt/score5.6.0/pbs/i386-redhat7-linux2_4/sbin/pbs_rcp -r
>>/var/scored/pbs/spool/1006.istbs0.ER
>>npb-score ＠ cluster000.test.jp:/home/npb-score/work/test.sh.e1006
>>status=1, try=3
>>
>
>pbs_rcp の実行に失敗しているようです.
>client 側に pbs_rcp は存在しているでしょうか?

はい。クライアント側には、pbs_rcpは存在しています。

>また, pbs_rcp は owner root で setuid bit が立っている必要があるのですが,
>パーミッションは適切でしょうか?
>  
>
実行結果をお送りします。

/opt/score/pbs/*/sbin　ディレクトリの下
[root ＠ istbs000 sbin]# ls -al
合計 844
drwxr-xr-x    2 root     root         4096  3月 17 21:16 .
drwxr-xr-x    7 root     root         4096  3月  5 15:19 ..
-rwxr-xr-x    1 root     root        17213  3月 17 21:16 pbs_demux
-rwsr-xr-x    1 root     root        41279  3月 17 21:16 pbs_iff
-rwx------    1 root     root       271965  3月 17 21:16 pbs_mom
-rwsr-xr-x    1 root     root        30107  3月 17 21:16 pbs_rcp
-rwx------    1 root     root       155216  3月 17 21:16 pbs_sched
-rwx------    1 root     root       312549  3月 17 21:16 pbs_server

/opt/score/deploy　ディレクトリの下
[root ＠ istbs000 deploy]# ls -la
合計 52
drwxr-xr-x    3 root     root         4096  3月 17 21:16 .
drwxr-xr-x   23 root     root         4096  3月 17 17:27 ..
-rwxr-xr-x    1 root     root          589 10月 17 16:41 .wrapper
drwxr-xr-x    2 root     root         4096  2月 27 23:08 bin.i386-redhat7-linux
2
_4
-rwxr-xr-x    1 root     root          300  3月 17 21:16 chk_tree
-rwxr-xr-x    1 root     root         1415 10月 17 16:41 chkxinetd
-rwxr-xr-x    1 root     root         7853 11月 14 16:03 config.guess
-rwxr-xr-x    1 root     root         3794 11月 14 16:03 config.nickname
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 hostname-check -> .wra
p
per
-rwxr-xr-x    1 root     root         3774 11月 14 16:03 linux_distribution
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 mkpmethernetconf -> .w
r
apper
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:08 mkpmmyrinetconf -> .wr
a
pper
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 officialname -> .wrapp
e
r
-rwxr-xr-x    1 root     root          301  3月 17 21:16 pbs_mom
-rwxr-xr-x    1 root     root          301  3月 17 21:16 pbs_rcp
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 pmroute -> .wrapper
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 scare -> .wrapper
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 scbfile -> .wrapper
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 scbinfo -> .wrapper
-rwxr-xr-x    1 root     root         2135 10月 17 16:41 score_system_check
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 scored -> .wrapper
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 scored_dev -> .wrapper
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 scstest -> .wrapper
lrwxrwxrwx    1 root     root            8  2月 27 23:04 skill -> .wrapper

ところで、一つご質問なのですが、nodes=1のジョブをsc_qsubコマンドで100回
実行させた時、100ノード分のマシンがあれば、ノード１からノード１００
まで、分散してジョブが振り分けられるというイメージで宜しいのでしょうか。

 

以上、よろしくお願い申し上げます。


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From kameyama ＠ pccluster.org  Tue Mar 30 09:09:52 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Tue, 30 Mar 2004 09:09:52 +0900
Subject: [SCore-users-jp] PBSでのジョブ投入について
In-Reply-To: Your message of "Mon, 29 Mar 2004 22:08:49 JST."
             <200403291308.i2TD8nAH066709@SMTP.MyNET.JP>
Message-ID: <20040330000556.ECB7712894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <200403291308.i2TD8nAH066709 ＠ SMTP.MyNET.JP> kodama.t ＠ olive.livedoor.com wrotes:
> >以前の mail のとおり score をつけないと compute host で実行されますので,
> >scout コマンドがみつからず, bt の実行はできず,
> >hostname と date だけの実行になります.
> >  
> >
> はい。これは、scoreオプションをつけないと、ジョブの実行ができないと
> いうことで理解しましたが、これで間違いないでしょうか。

正確には, score オプションをつけないと起動 host が compute host
になってしまうため, scout, scrun などのコマンドが使用できない,
そのため, score program が実行できない, ということになります.

> >問題は hostname, date の実行もされないことですが,
> >
> >>(client側)
> >>03/26/2004 21:19:08;0080; pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
> >>/opt/score5.6.0/pbs/i386-redhat7-linux2_4/sbin/pbs_rcp -r
> >>/var/scored/pbs/spool/1006.istbs0.ER
> >>npb-score ＠ cluster000.test.jp:/home/npb-score/work/test.sh.e1006
> >>status=1, try=3
> >>
> >
> >pbs_rcp の実行に失敗しているようです.
> >client 側に pbs_rcp は存在しているでしょうか?

(中略)

> drwxr-xr-x    2 root     root         4096  3月 17 21:16 .
> drwxr-xr-x    7 root     root         4096  3月  5 15:19 ..
> -rwxr-xr-x    1 root     root        17213  3月 17 21:16 pbs_demux
> -rwsr-xr-x    1 root     root        41279  3月 17 21:16 pbs_iff
> -rwx------    1 root     root       271965  3月 17 21:16 pbs_mom
> -rwsr-xr-x    1 root     root        30107  3月 17 21:16 pbs_rcp
> -rwx------    1 root     root       155216  3月 17 21:16 pbs_sched
> -rwx------    1 root     root       312549  3月 17 21:16 pbs_server

パーミッションは良さそうですね.
pbs_rcp は基本的には rcp と同じなので, compute host から pbs を実行した
host に rcp できる設定が必要なようです.
cluster000 のほうの /etc/hosts.equiv に compute host が書かれているか確認して
ください.

> ところで、一つご質問なのですが、nodes=1のジョブをsc_qsubコマンドで100回
> 実行させた時、100ノード分のマシンがあれば、ノード１からノード１００
> まで、分散してジョブが振り分けられるというイメージで宜しいのでしょうか。

はい, 起動 host で 100 個の scout/scrun が動くことになりますので,
起動 host がそれに耐えられるのであれば並列して実行されると思います.

                       from Kameyama Toyohisa


From kameyama ＠ pccluster.org  Tue Mar 30 09:35:12 2004
From: kameyama ＠ pccluster.org (=?iso-2022-jp?b?a2FtZXlhbWEgGyRCIXcbKEIgcGNjbHVzdGVyLm9yZw==?=)
Date: Tue, 30 Mar 2004 09:35:12 +0900
Subject: [SCore-users-jp] SCore-D:PANIC Network freezing timed out
In-Reply-To: Your message of "Fri, 26 Mar 2004 15:10:17 JST."
             <20040326150904.F6B1.MATSUZAKA@st-systems.co.jp>
Message-ID: <20040330003116.C433A12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>

亀山です.

In article <20040326150904.F6B1.MATSUZAKA ＠ st-systems.co.jp> Teiji Matsuzaka <matsuzaka ＠ st-systems.co.jp> wrotes:
> 1ノード2CPUの112ノード構成のLinuxクラスタを構築し
> Open PBS/SCoreからNPB2.4のsp.A.25を何回か実行した
> ところ次の様なエラーが発生しました。
> scored を使用して別の計算を行った時も同じエラーが
> 発生します。正常終了する場合もあります。

正常終了する場合としない場合で, machine 構成に
違いはないでしょうか?

> 【ネットワークモジュール】
> 昨年6月に導入した70ノード：　broadcom5703
> (安定稼動していたシステムです)
> 増設分　         42ノード：　broadcom5704
> (増設後に今回のエラーが発生しております)

112 host ということは多分, 複数の switch を使用している
わけですよね?

その switch 間の速度がでない状態で,
割り当てられた 13 台が複数の host に分散されているため,
data 転送がつまってしまっているということはありませんでしょうか?

                       from Kameyama Toyohisa


From matsuzaka ＠ st-systems.co.jp  Wed Mar 31 17:19:55 2004
From: matsuzaka ＠ st-systems.co.jp (Teiji Matsuzaka)
Date: Wed, 31 Mar 2004 17:19:55 +0900
Subject: [SCore-users-jp] SCore-D:PANIC Network freezing timed out
In-Reply-To: <20040330003116.C433A12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
References: <20040326150904.F6B1.MATSUZAKA@st-systems.co.jp> <20040330003116.C433A12894E@neal.il.is.s.u-tokyo.ac.jp>
Message-ID: <20040331161710.3D44.MATSUZAKA@st-systems.co.jp>

亀山様

松阪で御座います。
ご返答有難う御座います。

(1) machine 構成について
    同機種で揃えておりますが購入時期が異なるためにスペックが
    変更されております。

    既存分 70ノード： マスターノード(0番)+計算ノード(1〜69番)
        CPU                   ：Xeon × 2 (周波数は確認致します)
        メモリ                ：2GB
        ネットワークモジュール：broadcom5703

    増設分 42ノード： 計算ノード(70〜111番)
        CPU                   ：Xeon 3GHz × 2 (周波数は確認致します)
        メモリ                ：2GB
        ネットワークモジュール：broadcom5703

    残っているログの一部を見ると次の様になっておりまして既存
    ノードと増設ノードを使用して計算が成功しておりました。

        成功  ： 使用ノード 65〜77
        エラー： 使用ノード 91〜103

(2) switch 間の速度について
    既存の構成から変更した部分でもありますので確認を行おうと
    思います。また質問することも有ると思いますが宜しくお願い
    致します。有難う御座いました。

以上

On Tue, 30 Mar 2004 09:35:12 +0900
kameyama ＠ pccluster.org wrote:

> 亀山です.
> 
> In article <20040326150904.F6B1.MATSUZAKA ＠ st-systems.co.jp> Teiji Matsuzaka <matsuzaka ＠ st-systems.co.jp> wrotes:
> > 1ノード2CPUの112ノード構成のLinuxクラスタを構築し
> > Open PBS/SCoreからNPB2.4のsp.A.25を何回か実行した
> > ところ次の様なエラーが発生しました。
> > scored を使用して別の計算を行った時も同じエラーが
> > 発生します。正常終了する場合もあります。
> 
> 正常終了する場合としない場合で, machine 構成に
> 違いはないでしょうか?
> 
> > 【ネットワークモジュール】
> > 昨年6月に導入した70ノード：　broadcom5703
> > (安定稼動していたシステムです)
> > 増設分　         42ノード：　broadcom5704
> > (増設後に今回のエラーが発生しております)
> 
> 112 host ということは多分, 複数の switch を使用している
> わけですよね?
> 
> その switch 間の速度がでない状態で,
> 割り当てられた 13 台が複数の host に分散されているため,
> data 転送がつまってしまっているということはありませんでしょうか?
> 
>                        from Kameyama Toyohisa
> _______________________________________________
> SCore-users-jp mailing list
> SCore-users-jp ＠ pccluster.org
> http://www.pccluster.org/mailman/listinfo/score-users-jp