[SCore-users-jp] PETScのインストール方法

[金城 尚志]

琉球大の金城です。



PETSｃのインストールができたようです。
（使い方がまだわからないので、確認できないのです）

先ほどまででていた、プログラム実行時のエラーが
発生しなくなりました。

亀山様、劉様、本当にありがとうございました。
アドバイスがなかったら、僕には設定が
できなかったと思います。

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1週間前からしこしこと取り組んでいましたが、
僕はまったくインストールの設定ができなかったのです。
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以下に、PETScのインストール手順をまとめておきます。
（インストールがうまくできているかどうか自信はありませんが。。。）





(1/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
http://www-fp.mcs.anl.gov/petsc/docs/installation/unix.htm
を参照する。


(2/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
petsc.tar.gz , fblaslapack.tar.gz、パッチファイルを取得し、
それぞれ展開しておく。


(3/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
環境変数を設定する
$ export PETSC_DIR=/home/kinjo/petsc-2.1.3
$ export PETSC_ARCH=linux


(4/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
取得したパッチファイルをpetscディレクトリ内で当てる。
$ patch -Np1 < patchfile


(5/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
fblaslapackディレクトリで、make し
libfblas.a , libflapack.aを　作成する。


(6/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
＃　/home/kinjo/petsc-2.1.3に libflapack.a libblas.aを格納するための
＃　blaslapackというディレクトリを作成
[kinjo ＠ scic99 petsc-2.1.3]$ mkdir blaslapack


(7/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
＃　libflapack.a libblas.a　を上のblasalpackディレクトリへ移動
[kinjo ＠ scic99 fblaslapack]$ cp libflapack.a libfblas.a
../petsc-2.1.3/blaslapack/


(8/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
＃　/home/kinjo/petsc-2.1.3/bmake/linux/packageを編集
$ emacs package

＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃
＃　packageファイルの以下の記述を編集（抜粋）
＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃

＃　先ほどのライブラリファイルのディレクトリを指定
#BLASLAPACK_LIB = -L/home/petsc/software/blaslapack/linux -lflapack -lfblas
#BLASLAPACK_LIB
= -L/home/petsc/software/mkl_linux/LIB -lmkl32_lapack -lmkl32_def -lpthre\
ad
BLASLAPACK_LIB = -L/home/kinjo/petsc-2.1.3/blaslapack -lflapack -lfblas

＃　MPIのディレクトリを変更
#MPI_HOME       = /home/petsc/software/mpich-1.2.0/linux
MPI_HOME       = /opt/score5.0.0/mpi/mpich-1.2.0/i386-redhat7-linux2_4
MPI_LIB        = -L${MPI_HOME}/lib -lmpich
MPI_INCLUDE    = -I${MPI_HOME}/include
MPIRUN         =  ${MPI_HOME}/bin/mpirun -machinefile
${PETSC_DIR}/maint/hosts.local

＃　最後の行付近、共有ライブラリは使用しないと思い、コメントアウト
#C_DYLIBPATH     = ${CLINKER_SLFLAG}/home/alice/software/egcs/linux/lib
${CLINKER_SLFLAG}/\
home/petsc/software/BlockSolve95/lib/libO/linux
#F_DYLIBPATH     = ${FLINKER_SLFLAG}/home/alice/software/egcs/linux/lib
${FLINKER_SLFLAG}/\
home/petsc/software/BlockSolve95/lib/libO/linux




(9/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
bmake/linux/variablesの編集
このファイルの中にある gcc, g77, g++ をそれぞれ,
scorecc, scoref77, scorec++ に変更する


(10/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
/opt/score/bin/bin.i386-*/にあるに
scorecc.exe, scoref77.exe, scorec++.exeを編集
staticの値を1から0に変更


(11/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
# emacs /etc/ld.so.conf
で、/home/kinjo/petsc-2.1.3/lib/libg/linux
を追加記入し、
# ldconfig


(12/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
/home/kinjo/petsc-2.1.3
において、
$ make BOPT=g all


(13/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
config/configure_options.linux
に
--disable-share
を入れる。


(14/14)━━━━━━━━━━━━━━━━
$ msgb -group almond &
$ scout -g almond
＃( alomond = グループ名 )

/home/kinjo/petsc-2.1.3
において、
$ make BOPT=g testexamples >& examples_log


以上の設定で、【おそらく】　大丈夫かも。。。



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　　琉球大学理学部　物質地球科学科
　　金城　尚志　（キンジョウヒサシ）
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