[SCore-users-jp] PETScのインストール方法

[金城 尚志]

亀山様：　劉様：


琉球大の金城です。
亀山様、劉様アドバイスありがとうございます！

どうやら、PETSｃのインストールできたようです。
が、、、、、プログラム実行時に問題が残っているようです。。。


、とりあえず、
結局その後、変更した点は以下です。。。

■　config/configure_options.linux
　　--disable-share　を記入

■　/opt/score/bin/bin.i386-*/　にある
　　scorecc.exe , scoref77.exe, scorec++.exe　を編集

■　/home/kinjo/petsc-2.1.3/lib/libg/linux
　　　と、パス名の変更と　# ldconfig


の、以上です。


で、実際にサンプルプログラム
${PETSC_DIR}/src/sles/examples/tutorials　の
中の、ex1 プログラムをコンパイルしたところ、
次のようなメッセージが帰ってきました。
とりあえず、OKだと僕は認識しています。

━━━━コンパイル時のメッセージ━━━━
━━━━　　　　　始まり　　　　　　━━━━
[kinjo ＠ scic99 tutorials]$ make BOPT=g ex1
scorecc -fPIC -c -g -I/home/kinjo/petsc-2.1.3 -I/home/kinjo/petsc-2.1.3/bmak
e/linux -I/home/kinjo/petsc-2.1.3/include -I/opt/score5.0.0/mpi/mpich-1.2.0/
i386-redhat7-linux2_4/include -DPETSC_HAVE_X11 -DPETSC_USE_DEBUG -DPETSC_USE
_LOG -DPETSC_USE_BOPT_g -DPETSC_USE_STACK -D__SDIR__="src/sles/examples/tuto
rials/" ex1.c
scorecc -g  -Wl,-rpath,/home/kinjo/petsc-2.1.3/lib/libg/linux  -o ex1
x1.o  -L/home/kinjo/petsc-2.1.3/lib/libg/linux -lpetscsles -lpetscdm -lpetsc
mat -lpetscvec -lpetsc                                                      
             -L/usr/X11R6/lib -lX11                                         
                                                                            
                            -L/home/kinjo/petsc-2.1.3/blaslapack -lflapack -
lfblas -L/opt/score5.0.0/mpi/mpich-1.2.0/i386-redhat7-linux2_4/lib -lmpich -
ldl -lc -lg2c -lm
rm -f ex1.o
━━━━　　　　　終わり　　　　　　━━━━
━━━━コンパイル時のメッセージ━━━━





次に、コンパイルしたプログラム(ex1)を実行してみました。

$ mpirun -np 8 ./ex1

SCore-D 5.0.1 connected.
<0:0> SCORE: 8 nodes (8x1) ready.
<0:0> SCORE: 8 nodes (8x1) ready.
<4:0>SCore: *** SIGNAL EXCEPTION eip=0x401aa75a, cr2=0x       0 ***
<5:0>SCore: *** SIGNAL EXCEPTION eip=0x401aa75a, cr2=0x       0 ***
<1:0>SCore: *** SIGNAL EXCEPTION eip=0x401aa75a, cr2=0x       0 ***
<2:0>SCore: *** SIGNAL EXCEPTION eip=0x401aa75a, cr2=0x       0 ***
<3:0>SCore: *** SIGNAL EXCEPTION eip=0x401aa75a, cr2=0x       0 ***
<6:0>SCore: *** SIGNAL EXCEPTION eip=0x401aa75a, cr2=0x       0 ***
<4:0>SCore: gs=0x0000, fs=0x0000, es=0x002b, ds=0x002b
<4:0>SCore: edi=0xffffffff, esi=0x00000000, ebp=0xbfffc078, esp=0xbfffbfb0
<4:0>SCore: ebx=0x401b9300, edx=0x00000012, ecx=0x00000000, eax=0x00000000
<4:0>SCore: trapno=0x0000000e, err=0x00000004, eip=0x401aa75a, cs=0x0023
<4:0>SCore: esp_at_signal=0xbfffbfb0, ss=0x002b, oldmask=0x00000000,
cr2=0x00000000
<4:0> Trying to attach GDB (DISPLAY=scic99.sci.u-ryukyu.ac.jp:0.0):
Exception signal (SIGSEGV)
<7:0>SCore: *** SIGNAL EXCEPTION eip=0x401aa75a, cr2=0x       0 ***
<5:0>SCore: gs=0x0000, fs=0x0000, es=0x002b, ds=0x002b
<5:0>SCore: edi=0xffffffff, esi=0x00000000, ebp=0xbfffc078, esp=0xbfffbfb0
<5:0>SCore: ebx=0x401b9300, edx=0x00000012, ecx=0x00000000, eax=0x00000000
<5:0>SCore: trapno=0x0000000e, err=0x00000004, eip=0x401aa75a, cs=0x0023
<5:0>SCore: esp_at_signal=0xbfffbfb0, ss=0x002b, oldmask=0x00000000,
cr2=0x00000000
<5:0> Trying to attach GDB (DISPLAY=scic99.sci.u-ryukyu.ac.jp:0.0):
Exception signal (SIGSEGV)
<1:0>SCore: gs=0x0000, fs=0x0000, es=0x002b, ds=0x002b
<1:0>SCore: edi=0xffffffff, esi=0x00000000, ebp=0xbfffc078, esp=0xbfffbfb0
<1:0>SCore: ebx=0x401b9300, edx=0x00000012, ecx=0x00000000, eax=0x00000000
<1:0>SCore: trapno=0x0000000e, err=0x00000004, eip=0x401aa75a, cs=0x0023
<1:0>SCore: esp_at_signal=0xbfffbfb0, ss=0x002b, oldmask=0x00000000,
cr2=0x00000000
<1:0> Trying to attach GDB (DISPLAY=scic99.sci.u-ryukyu.ac.jp:0.0):
Exception signal (SIGSEGV)
<2:0>SCore: gs=0x0000, fs=0x0000, es=0x002b, ds=0x002b
<2:0>SCore: edi=0xffffffff, esi=0x00000000, ebp=0xbfffc078, esp=0xbfffbfb0
<2:0>SCore: ebx=0x401b9300, edx=0x00000012, ecx=0x00000000, eax=0x00000000
<2:0>SCore: trapno=0x0000000e, err=0x00000004, eip=0x401aa75a, cs=0x0023
<2:0>SCore: esp_at_signal=0xbfffbfb0, ss=0x002b, oldmask=0x00000000,
cr2=0x00000000
<2:0> Trying to attach GDB (DISPLAY=scic99.sci.u-ryukyu.ac.jp:0.0):
Exception signal (SIGSEGV)
<3:0>SCore: gs=0x0000, fs=0x0000, es=0x002b, ds=0x002b
<3:0>SCore: edi=0xffffffff, esi=0x00000000, ebp=0xbfffc078, esp=0xbfffbfb0
<3:0>SCore: ebx=0x401b9300, edx=0x00000012, ecx=0x00000000, eax=0x00000000
<3:0>SCore: trapno=0x0000000e, err=0x00000004, eip=0x401aa75a, cs=0x0023
<3:0>SCore: esp_at_signal=0xbfffbfb0, ss=0x002b, oldmask=0x00000000,
cr2=0x00000000
<3:0> Trying to attach GDB (DISPLAY=scic99.sci.u-ryukyu.ac.jp:0.0):
Exception signal (SIGSEGV)
<6:0>SCore: gs=0x0000, fs=0x0000, es=0x002b, ds=0x002b
<6:0>SCore: edi=0xffffffff, esi=0x00000000, ebp=0xbfffc078, esp=0xbfffbfb0
<6:0>SCore: ebx=0x401b9300, edx=0x00000012, ecx=0x00000000, eax=0x00000000
<6:0>SCore: trapno=0x0000000e, err=0x00000004, eip=0x401aa75a, cs=0x0023
<6:0>SCore: esp_at_signal=0xbfffbfb0, ss=0x002b, oldmask=0x00000000,
cr2=0x00000000
<6:0> Trying to attach GDB (DISPLAY=scic99.sci.u-ryukyu.ac.jp:0.0):
Exception signal (SIGSEGV)
<7:0>SCore: gs=0x0000, fs=0x0000, es=0x002b, ds=0x002b
<7:0>SCore: edi=0xffffffff, esi=0x00000000, ebp=0xbfffc078, esp=0xbfffbfb0
<7:0>SCore: ebx=0x401b9300, edx=0x00000012, ecx=0x00000000, eax=0x00000000
<7:0>SCore: trapno=0x0000000e, err=0x00000004, eip=0x401aa75a, cs=0x0023
<7:0>SCore: esp_at_signal=0xbfffbfb0, ss=0x002b, oldmask=0x00000000,
cr2=0x00000000
<7:0> Trying to attach GDB (DISPLAY=scic99.sci.u-ryukyu.ac.jp:0.0):
Exception signal (SIGSEGV)
SCORE: Program aborted.





なにか、Xの設定に問題があるようです。
一応、設定として、
$ xhost +
$ export DISPLAY=scic99.sci.u-ryukyu.ac.jp:0.0
は、やっています。




とりあえず、報告まで。

これから、
/home/kinjo/petsc-2.1.3/bmake/linux/package
などのXの設定について調べてみます。



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　　琉球大学理学部　物質地球科学科
　　金城　尚志　（キンジョウヒサシ）
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