2. ソースからのコンパイル

SCore 5.8.3 で kernel を make しようとすると pm_mlock.h が無いといわれる

pm_mlock.h は

    make bzImage
    make modules

の順番で実行することによって生成されます。

インストールガイドにしたがって、 PM 関連のドライバを module に指定

    make BzImage
    make modules
    make modules_install
    make install

の順に実行してください。

SCore の make を行なうと install まで行なってしまう。

SCore のソースはいくつかのモジュールに分れています。
モジュールには依存関係があり、あるモジュールをコンパイルするためには、別のモジュールをインストールしておく必要があります。

たとえば、Omni をコンパイルするためには SCASH をインストールする必要があり、SCASH をコンパイルするためには SCore をインストールする必要があります。

そのため、他のソフトと違い、SCore では make したときに install まで行なっています。

SCoreのMPICHにGNU以外のコンパイラを使用することができますか?

使用できます。
site ファイルを編集したあと mpiのソースだけを展開して

# cd /opt/score/score-src/runtime/mpi
# smake
# smake install

でインストールできます。